스킬 rdkit
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rdkit

콘텐츠 리비전 r2 높은 위험 📁 파일 시스템 접근⚡ 스크립트 포함⚙️ 외부 명령어

RDKit으로 분자 분석

화학정보학 작업에는 정확한 분자 파싱, 디스크립터, 핑거프린트, 하위 구조 로직이 필요한 경우가 많습니다. 이 스킬은 연구 워크플로를 위한 RDKit 지침과 재사용 가능한 스크립트를 제공합니다.

지원: Claude Codex Code(CC)
Maintain this Skill? Claim it ⚠️ 38 나쁨

내 에이전트로 설치

이 요청을 에이전트에 복사하세요. 공식 Skill 페이지와 매니페스트가 포함되어 있습니다.

에이전트 요청
Review the Skillstore skill "rdkit" from https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-rdkit/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

에이전트는 계속해서 계획을 표시하고 보안 정책에서 요구하는 확인을 요청해야 합니다.

에이전트가 읽기 쉬운 리소스

AI 에이전트, 크롤러, 스크립트가 전체 페이지 대신 정리된 컨텍스트만 필요할 때 이 링크를 사용하세요.

Markdown 상세 GET /skills/davila7-rdkit.md 서명된 manifest GET /api/skills/davila7-rdkit/manifest 서명된 lockfile GET /api/skills/davila7-rdkit/lockfile

테스트해 보기

"rdkit" 사용 중입니다. aspirin, caffeine, ethanol에 대한 SMILES 목록.

예상 결과:

분자식, 분자량, LogP, TPSA, 수소 결합 수, Lipinski 통과 상태가 포함된 디스크립터 요약.

"rdkit" 사용 중입니다. benzene 쿼리 분자와 화합물 라이브러리 파일.

예상 결과:

화합물 이름, canonical SMILES, Tanimoto 점수가 포함된 순위별 유사도 검색 결과 목록.

"rdkit" 사용 중입니다. 분자 파일과 PAINS 및 반응성 그룹에 대한 SMARTS 패턴.

예상 결과:

일치한 패턴 이름과 함께 포함, 제외, 미일치 분자를 구분하는 필터링 요약.

보안 감사

높은 위험
v9 • 2026. 7. 23. 버전별 보고서 열기

All 115 static findings are false positives after contextual review. They represent Markdown syntax, chemistry notation, expected output writes, dictionary keys, or normal error messages. A separate high-severity issue remains because SKILL.md demonstrates unsafe pickle deserialization without a trust warning.

7
스캔된 파일
3,389
분석된 줄 수
0
검토 항목
0
오탐 무시됨

확인된 보안 우려 사항 (1)

높음
SKILL.md:691-693
Unsafe Pickle Deserialization Guidance
The documentation recommends pickle.load without a trust warning. Loading an attacker-controlled pickle can execute arbitrary Python code.
The cited example directly calls pickle.load on a file. Python pickle deserialization is code-execution capable when the input is untrusted.

위험 요인

📁 파일 시스템 접근 (6)
scripts/molecular_properties.py:153 scripts/similarity_search.py:159 scripts/substructure_filter.py:201 scripts/substructure_filter.py:217 SKILL.md:472 SKILL.md:688
⚡ 스크립트 포함 (1)
SKILL.md:86
⚙️ 외부 명령어 (50)
SKILL.md:20-34 SKILL.md:34-40 SKILL.md:40-49 SKILL.md:49-55 SKILL.md:55-81 SKILL.md:81-84 SKILL.md:84 SKILL.md:85-94 SKILL.md:94-109 SKILL.md:109-120 SKILL.md:120-141 SKILL.md:141-145 SKILL.md:145-158 SKILL.md:158-162 SKILL.md:162-173 SKILL.md:173-179 SKILL.md:179-201 SKILL.md:201-205 SKILL.md:205-212 SKILL.md:212-216 SKILL.md:216-224 SKILL.md:224-230 SKILL.md:230-254 SKILL.md:254-258 SKILL.md:258-272 SKILL.md:272-276 SKILL.md:276-289 SKILL.md:289-295 SKILL.md:295-307 SKILL.md:307-311 SKILL.md:311-326 SKILL.md:326-338 SKILL.md:338-353 SKILL.md:353-363 SKILL.md:363-369 SKILL.md:369-375 SKILL.md:375-385 SKILL.md:385-389 SKILL.md:389-410 SKILL.md:410-414 SKILL.md:414-417 SKILL.md:417-423 SKILL.md:423-436 SKILL.md:436-440 SKILL.md:440-451 SKILL.md:451-455 SKILL.md:455-474 SKILL.md:474-478 SKILL.md:478-488 SKILL.md:488-492
감사자: codex 감사 이력 보기 →
이 보고서 공유 및 인용

버전이 지정된 평가 보고서, 중립 배지, 임베드 카드 및 인용을 공유하세요. Skillstore는 근거를 보고하지만 이 Skill의 안전 여부를 판단하지 않습니다.

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보안 평가

보고서 링크 복사

https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdown 배지

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-rdkit/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit?utm_source=security_passport_badge)

HTML 배지

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-rdkit/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

임베드 카드

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-rdkit.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
학술 인용 (APA · BibTeX · CFF)

APA 인용

davila7. (2026). rdkit security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit/audits/9

BibTeX 인용

@techreport{davila7-davila7-rdkit-2026, author = {davila7}, title = {rdkit security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "rdkit security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-rdkit/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-rdkit:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

변형 비교

설치 가능한 변형 2개

각 작성자의 스킬은 별도의 설치 항목으로 유지됩니다. 추천 변형은 Skillstore 근거로 순위가 정해집니다.

이 변형이 1위인 이유

Skillstore 사용량이 더 높음
K-Dense-AI 권장

k-dense-ai-rdkit

Skillstore 점수 38
증거 신뢰도 중간
Skillstore 사용량 19
업데이트됨

2026-09-09

davila7 현재

davila7-rdkit

Skillstore 점수 38
증거 신뢰도 중간
Skillstore 사용량 15
업데이트됨

2026-09-09

Skillstore 점수

이 점수의 이유 증거 신뢰도: 중간
68
아키텍처
85
유지보수성
87
콘텐츠
71
커뮤니티
83
사양 준수

만들 수 있는 것

화합물 라이브러리 스크리닝

SMILES 또는 SDF 파일 전반에서 핑거프린트 유사도 검색과 하위 구조 필터를 실행합니다.

분자 특성 준비

모델링, 클러스터링 또는 품질 관리 워크플로를 위한 디스크립터와 핑거프린트를 생성합니다.

화학 구조 검사

시각적 묘사를 생성하고, 하위 구조를 강조 표시하며, sanitization 문제를 해결합니다.

이 프롬프트를 사용해 보세요

기본 속성 계산 
RDKit 스킬을 사용하여 다음 SMILES에 대한 분자량, LogP, TPSA, HBD, HBA, Lipinski 상태를 계산하세요: [paste molecules].
유사 화합물 찾기 
RDKit Morgan fingerprints를 사용하여 이 쿼리 분자를 내 SMILES 파일과 비교하고 가장 높은 유사도 검색 결과를 설명하세요.
SMARTS로 필터링 
aromatic amines를 포함하고, acyl chlorides를 제외하며, 각 패턴과 일치한 분자를 보고하는 SMARTS 필터링 계획을 작성하세요.
워크플로 설계 
분자를 sanitizing하고, 디스크립터를 생성하고, 핑거프린트로 클러스터링하고, 검토자용 요약을 내보내는 RDKit 워크플로를 설계하세요.

모범 사례

  • 디스크립터나 핑거프린트를 계산하기 전에 모든 분자에 파싱 실패가 있는지 확인하세요.
  • 비정상적인 원자가, 염 또는 라디칼을 다룰 때는 명시적인 sanitization 처리를 사용하세요.
  • 과학적 질문에 맞는 핑거프린트 메서드와 유사도 임계값을 선택하세요.

피하기

  • 검증 데이터 없이 디스크립터 값을 생물학적 활성으로 간주하지 마세요.
  • 신뢰할 수 없는 출처의 pickle 파일을 로드하지 마세요.
  • 의도한 화학과 일치하는지 확인하지 않고 SMARTS 필터를 재사용하지 마세요.

자주 묻는 질문

이 스킬은 무엇을 위한 것인가요?
Claude, Codex, Claude Code가 분자 분석, 검색, 필터링, 반응, 시각화에 RDKit을 활용하도록 돕습니다.
RDKit을 설치하나요?
아니요. 지원되는 Python 환경에 RDKit이 이미 설치되어 있어야 합니다.
SDF 및 SMILES 파일을 처리할 수 있나요?
예. 예제와 스크립트는 SDF, MOL, SMILES, 텍스트 분자 입력을 다룹니다.
분자 이미지를 생성할 수 있나요?
예. 단일 분자, 그리드, 강조 표시된 원자, 핑거프린트 비트를 위한 RDKit drawing utilities를 문서화합니다.
신약 개발 작업에 적합한가요?
예. 디스크립터, 필터, 핑거프린트, 유사도 분석과 같은 계산 지원 작업에 적합합니다.
사용자가 주의해야 할 점은 무엇인가요?
사용자는 분자를 검증하고, 신뢰할 수 없는 pickle 파일을 피하며, 화학적 가정을 도메인 전문가와 검토해야 합니다.

개발자 세부 정보

작성자

davila7

라이선스

MIT

Skillstore 리비전

r2

버전 안내

작성자가 버전을 선언하지 않았습니다.

리포지토리

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/rdkit

참조

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

유지보수 최신성

2026. 7. 26.

사용량

7 다운로드 · 244 조회

파일 구조

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 descriptors_reference.md

📄 smarts_patterns.md

📁 scripts/

📄 molecular_properties.py

📄 similarity_search.py

📄 substructure_filter.py

📄 SKILL.md

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