スキル pymatgen
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pymatgen
安全 ⚡
スクリプトを含む⚙️
外部コマンド📁
ファイルシステムへのアクセス🌐
ネットワークアクセス🔑
環境変数
pymatgenで結晶構造を解析する
こちらからも入手できます: davila7
結晶構造と材料データを扱います。ファイル形式の変換、相図の計算、対称性解析を行い、計算材料科学の研究のためにMaterials Projectデータベースにアクセスします。
対応: Claude Codex Code(CC)
1
スキルZIPをダウンロード
2
Claudeでアップロード
設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動
3
オンにして利用開始
テストする
「pymatgen」を使用しています。 Read structure from POSCAR and show its properties
期待される結果:
- 化学式: Fe2O3（赤鉄鉱）
- 格子: a=5.04 Å, b=5.04 Å, c=13.77 Å
- 空間群: R-3c (#167)
- 結晶系: 三方晶
- 密度: 5.27 g/cm³
- サイト数: 10
「pymatgen」を使用しています。 Convert CIF to POSCAR format
期待される結果:
- structure.cifをconverted.POSCARに正常に変換しました
- 構造は10原子を含みます (Fe4 O6)
- 形式: POSCAR (VASP形式)
「pymatgen」を使用しています。 Query Materials Project for perovskites
期待される結果:
- 安定なペロブスカイト構造が23件見つかりました
- 例: SrTiO3 (mp-5229) - バンドギャップ 3.2 eV
- 例: BaTiO3 (mp-2987) - バンドギャップ 2.8 eV
- ハル上エネルギー: 全て < 0.01 eV/atom
セキュリティ監査
安全v4 • 1/17/2026
All 537 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax (code blocks, inline code formatting) as shell commands and cryptographic terms in documentation text as weak algorithms. The actual Python code uses secure patterns for API key management (environment variables) and performs legitimate materials science file I/O operations. No malicious code, data exfiltration, or security risks found.
10
スキャンされたファイル
4,081
解析された行数
5
検出結果
4
総監査数
リスク要因
⚡ スクリプトを含む (6)
⚙️ 外部コマンド (447)
references/analysis_modules.md:9-43 references/analysis_modules.md:43-47 references/analysis_modules.md:47-55 references/analysis_modules.md:55-61 references/analysis_modules.md:61-77 references/analysis_modules.md:77-83 references/analysis_modules.md:83-96 references/analysis_modules.md:96-102 references/analysis_modules.md:102-108 references/analysis_modules.md:108-112 references/analysis_modules.md:112-132 references/analysis_modules.md:132-138 references/analysis_modules.md:138-159 references/analysis_modules.md:159-165 references/analysis_modules.md:165-178 references/analysis_modules.md:178-182 references/analysis_modules.md:182-192 references/analysis_modules.md:192-198 references/analysis_modules.md:198-219 references/analysis_modules.md:219-223 references/analysis_modules.md:223-242 references/analysis_modules.md:242-246 references/analysis_modules.md:246-263 references/analysis_modules.md:263-267 references/analysis_modules.md:267-279 references/analysis_modules.md:279-285 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SKILL.md:667-671 SKILL.md:671-683 SKILL.md:683
📁 ファイルシステムへのアクセス (10)
references/core_classes.md:269 references/io_formats.md:115 references/io_formats.md:122 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:414 scripts/structure_analyzer.py:251 scripts/structure_analyzer.py:258
🌐 ネットワークアクセス (14)
references/materials_project_api.md:19 references/materials_project_api.md:504 references/materials_project_api.md:505 references/materials_project_api.md:506 references/materials_project_api.md:507 scripts/phase_diagram_generator.py:42 skill-report.json:6 skill-report.json:207 SKILL.md:370 SKILL.md:675 SKILL.md:676 SKILL.md:677 SKILL.md:678 SKILL.md:679
🔑 環境変数 (23)
references/materials_project_api.md:26 references/materials_project_api.md:26 references/materials_project_api.md:44 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:37 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:40 scripts/phase_diagram_generator.py:41 scripts/phase_diagram_generator.py:43 scripts/phase_diagram_generator.py:45 scripts/phase_diagram_generator.py:56 scripts/phase_diagram_generator.py:56 scripts/phase_diagram_generator.py:64 scripts/phase_diagram_generator.py:175 skill-report.json:46 skill-report.json:191 skill-report.json:207 SKILL.md:70 SKILL.md:70 SKILL.md:371 SKILL.md:655 SKILL.md:657
監査者: claude 監査履歴を表示 →
品質スコア
68
アーキテクチャ
100
保守性
85
コンテンツ
20
コミュニティ
100
セキュリティ
78
仕様準拠
作れるもの
安定化合物の研究
Materials Projectデータベースのデータを使って相図を構築し、安定な材料を特定します。
構造形式の変換
結晶構造ファイルをCIF、POSCAR、XYZなどの形式間で変換し、異なるシミュレーションコード向けに整えます。
結晶対称性の解析
構造ファイルから空間群、対称操作、配位環境を決定します。
これらのプロンプトを試す
構造ファイルを読み込む
Read the structure from file 'POSCAR' and show its composition, lattice parameters, and space group.
形式変換
Convert 'structure.cif' to POSCAR format and save as 'converted.POSCAR'.
相図
Build a phase diagram for the Li-Fe-O system and identify stable compounds.
Materials Project
Search the Materials Project for stable perovskite structures with band gap between 1.5 and 3.0 eV.
ベストプラクティス
- API認証情報には常に環境変数（MP_API_KEY）を使用し、キーをハードコードしない
- 読み込み後に構造を検証し、原子の重なりや不自然な結合長がないか確認する
- 解析前にSpacegroupAnalyzerを使用して構造を原始胞に縮約する
回避
- スクリプトにAPIキーをハードコードしない - 代わりに環境変数を使用する
- 構造比較時に対称性解析を省略しない - 異なる空間群は見た目が似ている場合がある
- 自動形式検出が常に機能すると仮定しない - 不確かな場合は形式を指定する
よくある質問
pymatgenはどのファイル形式をサポートしていますか？
PymatgenはCIF、POSCAR、XYZ、PDB、JSON、YAML、およびVASP、Gaussian、Quantum ESPRESSO、LAMMPSなどの入力/出力を含む100種類以上の形式をサポートしています。
Materials ProjectのAPIキーはどうやって取得しますか？
https://next-gen.materialsproject.org/ でアカウントを作成し、ダッシュボードからAPIキーを生成します。それをMP_API_KEY環境変数として設定してください。
pymatgenは分子動力学の軌道を解析できますか？
はい、Xdatcarを使ってVASPのMD軌道を読み込み、DiffusionAnalyzerでAIMDデータから拡散係数と伝導度を計算できます。
スーパーセルはどうやって生成しますか？
SupercellTransformationをスケーリング行列とともに使用します。例: 2x2x2スーパーセルなら [[2,0,0],[0,2,0],[0,0,2]]。
pymatgenは他のシミュレーションコードと連携できますか？
はい、pymatgenはVASP、Gaussian、Quantum ESPRESSO、LAMMPS、CP2K、ABINITと統合でき、ASE形式との相互変換も可能です。
配位環境はどうやって解析しますか？
一般的なケースではpymatgen.analysis.local_envのCrystalNNを使用し、Voronoiベースの近接探索にはVoronoiNNを使用します。