スキル biogeobears

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biogeobears

Name: biogeobears
Author: brunoasm

コンテンツリビジョン r2 安全 📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス

BioGeoBEARS 生物地理解析を実行する

系統生物地理学のワークフローは、整形や再現が難しい場合があります。このスキルは入力を検証し、BioGeoBEARS スクリプトを準備し、R でのモデル比較を支援します。

対応: Claude Codex Code(CC)

🥇 83 ゴールド

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "biogeobears" from https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/brunoasm-biogeobears/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/brunoasm-biogeobears.md 署名済み manifest GET /api/skills/brunoasm-biogeobears/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/brunoasm-biogeobears/lockfile

テストする

「biogeobears」を使用しています。研究者がルート化済みの系統樹と、種ごとの地域分布表を提供します。

期待される結果:

このスキルは種名と地理エンコーディングを検証します。
入力、RMarkdown 解析、結果パス、README を含むプロジェクトフォルダを準備します。
解析の実行方法と HTML レポートの確認方法を説明します。

「biogeobears」を使用しています。ユーザーが、島嶼の鳥類分布を最もよく説明するモデルを尋ねます。

期待される結果:

このスキルは DEC、DIVALIKE、BAYAREALIKE、および +J バリアントの比較を推奨します。
AIC、AICc、尤度比検定を使用したモデル比較表を準備します。
分散、絶滅、創始者イベント推定の解釈方法を説明します。

セキュリティ監査

安全

v8 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く

All 110 static findings were adjudicated as false positives. Most detections are Markdown or RMarkdown backticks and intentional relative paths within the generated analysis directory. The explicit file write uses a user-selected output path, with no hidden network access, reconnaissance, or untrusted command evaluation.

スキャンされたファイル

1,868

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

リスク要因

📁 ファイルシステムへのアクセス (12)

README.md:222 scripts/validate_geography_file.py:180 SKILL.md:181 SKILL.md:182 SKILL.md:185 SKILL.md:187 SKILL.md:199 SKILL.md:200 SKILL.md:203 SKILL.md:204 SKILL.md:243 SKILL.md:332

⚙️ 外部コマンド (50)

🌐 ネットワークアクセス (1)

SKILL.md:557

最新の完了済み静的・セマンティック監査では、確認済みのセキュリティ検出事項は見つかりませんでした。これは、スキルに副作用がないことを証明するものではありません。

監査者: codex 監査履歴を表示 →

このレポートを共有・引用

バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。

バージョン別レポートを開く

レポートリンクをコピー

https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/brunoasm-biogeobears/security.svg)](https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/brunoasm-biogeobears/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/brunoasm-biogeobears.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

brunoasm. (2026). biogeobears security audit report (audit version 8) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8

BibTeX形式の引用

@techreport{brunoasm-brunoasm-biogeobears-2026,
  author = {brunoasm},
  title = {biogeobears security audit report (audit version 8)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {8},
  url = {https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "biogeobears security audit report (audit version 8)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "brunoasm"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:brunoasm-biogeobears:audit:8"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

祖先分布域研究を準備する

系統生物地理解析のために、検証済みの入力、スクリプト、ドキュメントをセットアップします。

再現可能な BioGeoBEARS ワークフローを教える

歴史生物地理学を学ぶ学生向けに、明確なフォルダ構成とガイド付き解析手順を作成します。

モデル適合前にデータを確認する

長時間の BioGeoBEARS 最適化ジョブを実行する前に、系統樹と地理データの不一致を見つけます。

これらのプロンプトを試す

基本解析を開始する

BioGeoBEARS 解析の準備を手伝ってください。私の系統樹ファイルは [tree path]、分布ファイルは [data path] で、領域数は [number] です。

地理データを検証する

この系統樹に対して地理ファイルを検証してください。必要であれば BioGeoBEARS 用に再整形し、種の不一致があれば説明してください。

モデルとパラメータを選択する

[area list] にわたる [taxon group] について、BioGeoBEARS モデルと最大分布域サイズを推奨してください。スクリプトを生成する前にトレードオフを説明してください。

出版用ワークフローを構築する

検証、モデル比較、祖先分布域プロット、README メモ、出版向けの解釈ガイダンスを含む、再現可能な BioGeoBEARS ワークフローを作成してください。

ベストプラクティス

最終的な解析スクリプトを生成する前に、系統樹ファイルと地理ファイルを検証します。
元の入力ファイルは、再整形された BioGeoBEARS 入力とは別に保管します。
モデル間で AIC 重みが類似している場合は、モデルの不確実性を報告します。

回避

種名と系統樹のルート化を確認する前に、すべてのモデルを実行しないでください。
計算上便利だからという理由だけで最大分布域サイズを選択しないでください。
専門分野のレビューなしに、最良の AIC モデルを生物学的に正しいものとして扱わないでください。

よくある質問

このスキルにはどの入力が必要ですか？

ルート化された Newick 系統樹と、種名および各領域での存在または不在を含む地理表が必要です。

BioGeoBEARS を単独で実行できますか？

スクリプトと手順を準備します。ユーザーは引き続き R、BioGeoBEARS、および必要なパッケージをインストールしておく必要があります。

どのモデルをセットアップできますか？

DEC、DEC+J、DIVALIKE、DIVALIKE+J、BAYAREALIKE、および BAYAREALIKE+J のワークフローをサポートします。

種名を検証しますか？

はい。同梱の Python バリデーターは、地理データの種名を系統樹のチップラベルと比較できます。

結果はどのように提示されますか？

RMarkdown テンプレートは、モデル表、パラメータ要約、祖先分布域プロット、HTML レポートを作成します。

主な制限は何ですか？

大規模データセットでは実行時間が長くなる可能性があり、生物学的仮定には引き続き専門家によるレビューが必要です。

開発者情報

作成者

brunoasm

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/brunoasm/my_claude_skills/tree/main/biogeobears

参照

a39a91716eadede5f4cdefd78178fed4e837a128

メンテナンスの新しさ

2026/7/24

利用状況

18 ダウンロード · 271 閲覧

ファイル構成

📄 README.md

📁 references/

📄 biogeobears_details.md

📁 scripts/

📄 biogeobears_analysis_template.Rmd

📄 validate_geography_file.py

📄 SKILL.md

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biogeobears

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セキュリティ監査

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Skillstore スコア

作成できるもの

祖先分布域研究を準備する

再現可能な BioGeoBEARS ワークフローを教える

モデル適合前にデータを確認する

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ベストプラクティス

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