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cosmic-database

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COSMICがん変異データベースへのアクセス

Auch verfügbar von: davila7

がん研究者は研究のために包括的な変異データを必要としています。このスキルは、数百万の体細胞変異 CURATEされたがん遺伝子リスト、および精密がん治療研究のための突然変異署名を含むCOSMICデータベースへのプログラムによるアクセスを提供します。

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "cosmic-database". Download the Cancer Gene Census from COSMIC

Erwartetes Ergebnis:

  • Cancer Gene Census ファイルパス: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • --data-type gene_census を使用して download_cosmic.py を実行する
  • 役割（がん遺伝子、TSG、融合など）を持つ700以上の CURATEされたがん遺伝子が含まれる
  • ダウンロードしたファイルは pandas.read_csv() で読み取り可能

Verwendung von "cosmic-database". Find TP53 mutations in lung cancer

Erwartetes Ergebnis:

  • GRCh38/cosmic/latest/からCosmicMutantExport.tsv.gzをダウンロードする
  • 'Gene name'が'TP53'に等しい変異をフィルタリングする
  • 'Primary site'が'lung'に等しいものをさらにフィルタリングする
  • 肺がんサンプルで847のTP53変異を発見
  • トップバリアント: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Gescannte Dateien
1,242
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
99
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

変異パターンを解析する

特定のがんタイプにおける再発性変異を特定するために体細胞変異データをダウンロードして研究調査を行います。

アノテーションパイプラインを構築する

患者バリアントンパクトをがんの意義でアノテートするために、COSMICデータをバイオインフォマティクスワークフローに統合します。

薬剤耐性を研究する

がん治療の精密医療決定 informarするために、耐性変異データをクエリします。

Probiere diese Prompts

変異データをダウンロード 
download_cosmic.pyスクリプトを使用してCOSMICからCancer Gene Censusをダウンロードする方法を教えてください。どのようなファイルパスを使用すればよいですか？
遺伝子でクエリ 
TP53変異がCOSMICのどのファイルに含まれているか、ダウンロードしたデータを特定の遺伝子でフィルタリングする方法を教えてください。
突然変異署名 
COSMIC突然変異署名をダウンロードして操作する方法を教えてください。SBS署名にはどのようなファイルパスを使用すればよいですか？
VCFと統合 
ダウンロードしたCosmicCodingMuts.vcf.gzファイルをpysamを使用して読み取り、染色体17のレコードを抽出する方法を教えてください。

Bewährte Verfahren

  • 新しいプロジェクトにはGRCh38アセンブリを使用し、関数呼び出しで genome_assembly='GRCh38' を指定する
  • ファイルパスに'latest'を使用して最新のCOSMICリリースを取得するか、再現性のために特定のバージョンを固定する
  • 認証情報を安全に環境変数に保存し、スクリプトでパスワードをハードコードしない

Vermeiden

  • GRCh38が現在の標準リファレンスゲノムである場合に新しいプロジェクトでGRCh37を使用する
  • 特定のサブセットでニーズを満たす場合に 전체データベース全体ダウンロードする
  • ダウンロードを試みる前に認証確認をスキップする

Häufig gestellte Fragen

COSMICへのアクセスは無料ですか？
学術ユーザーは登録により無料アクセスできます。商用ユーザーはQIAGENライセンスが必要です。
どのゲノムアセンブリを使用すればよいですか？
新しいプロジェクトにはGRCh38を使用してください。GRCh37はレガシーパイプライン互換性のために利用可能です。
COSMICファイルのサイズ有多大ですか？
変異ファイルは数ギガバイトになることがあります。スクリプトは大きなファイルのダウンロード進捗を表示します。
どのようなファイル形式が利用可能ですか？
TSV、CSV、およびVCF形式。TSVとCSVはgzip圧縮を使用しています。VCFはバリアントデータの標準形式です。
COSMICはどのくらいの頻度で更新されますか？
COSMICは四半期ごとに更新されます。ファイルパスに'latest'を使用して最も新しいバージョンを取得してください。
これを他のツールと一緒に使用できますか？
はい、COSMICデータはVEP、pysam、pandas、および標準的なバイオインフォマティクスパイプラインと統合できます。

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md