biomni
AIエージェントによるバイオメディカル研究の自動化
こちらからも入手できます: davila7
Biomniは複雑なバイオメディカル研究を自律的に多段階分析タスクを実行することで変革します。研究者は科学的な質問に焦点を当てながら、AIがデータ処理、文献レビュー、およびゲノムクス、創薬、臨床ドメイン全体の計算分析を処理します。
スキルZIPをダウンロード
Claudeでアップロード
設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動
オンにして利用開始
テストする
「biomni」を使用しています。 オートファジー調節因子のためのCRISPRスクリーニングを設計する
期待される結果:
- 19,057遺伝子を標的とした76,230のガイドを含むsgRNAライブラリを生成
- オンターゲットスコアが0.7以上の遺伝子あたり4つのsgRNAを設計
- ポジティブコントロールを含める：ATG5、BECN1、ULK1、mTOR
- パスワーク解析に基づいて347の候補遺伝子を優先順位付け
- スクリーニング解析パイプライン用のPythonコードを提供
「biomni」を使用しています。 腫瘍サンプルからシングルセルRNA-seqを解析する
期待される結果:
- クラスタリングにより12の異なる細胞集団を同定
- 主要な免疫細胞タイプをアノテーション：T細胞、B細胞、マクロファージ
- 未知のマーカーを持つ3つの新規細胞クラスターを発見
- 腫瘍領域で234の上調遺伝子を差次的発現が明らかにした
セキュリティ監査
低リスクThe static analysis flagged 415 patterns, but 95% are FALSE POSITIVES from markdown documentation. The backtick patterns are markdown code delimiters, not shell execution. The API key patterns show example environment variable names in documentation, not actual secrets. The skill is a legitimate Stanford SNAP lab biomedical research framework. The code execution + network + credential combination is the intended design for an AI agent that generates bioinformatics analysis code. Proper security warnings are documented recommending sandboxed execution.
リスク要因
⚙️ 外部コマンド (3)
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
🌐 ネットワークアクセス (1)
品質スコア
作れるもの
ゲノム全体を網羅したCRISPRスクリーニングの設計
機能ゲノムクス研究のためのsgRNAライブラリの設計、遺伝子の優先順位付け、ノックアウト効果解析を自動化
シングルセルシークエンシングデータの処理
品質管理、クラスタリング、細胞タイプアノテーション、および差次的発現解析を実施
化合物ADMET特性の予測
創薬候補の吸収、分布、代謝、排泄、および毒性を評価
これらのプロンプトを試す
HEK293細胞においてオートファジーを調節する遺伝子を同定するCRISPRノックアウトスクリーニングを設計してください。sgRNAライブラリの設計、ポジティブ/ネガティブコントロール、およびパスワーク関連性に基づく遺伝子の優先順位付けを含めること。
このシングルセルRNA-seqデータセットを解析してください：QCの実施、クラスタリングによる細胞集団の同定、マーカー遺伝子を使用した細胞タイプのアノテーション、および差次的発現。ファイル：path/to/data.h5ad
2型糖尿病のGWAS結果を解釈してください：ゲノム全体で有意な変異を同定し、原因遺伝子にマッピングし、パスワークエンリッチメントを実施し、機能的帰結を予測する
これらの化合物のADMET特性を予測してください：[SMILES文字列]。Caco-2透過性、血漿タンパク質結合、CYP450相互作用、クリアランス、およびhERG毒性に焦点を当てること
ベストプラクティス
- 生物学的コンテキスト（生物種、細胞タイプ、実験条件）を指定する
- データセットを解析する際にはデータファイルパスを提供する
- 複雑な解析に対して計算リソースの制約を設定する
- 再現性のために会話履歴を保存する
回避
- 本番環境で生成されたコードを確認せずに実行する
- 共有環境でのAPIキーや資格情報を共有する
- 適切な認可なしに機微な臨床データを処理する
- 長時間解析のタイムアウト設定が無視する