スキル gene-database

📦

gene-database

Name: gene-database
Author: davila7

コンテンツリビジョン r1 安全 🌐 ネットワークアクセス🔑 環境変数📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド

NCBI Geneデータを検索

遺伝子検索では、NCBI APIの呼び出しを繰り返し行い、慎重に生物種フィルターを適用する必要があることがよくあります。このスキルは、遺伝子アノテーションの検索、取得、バッチ処理のためのスクリプトとワークフローを提供します。

対応: Claude Codex Code(CC)

🥉 79 ブロンズ

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "gene-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-gene-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/davila7-gene-database.md 署名済み manifest GET /api/skills/davila7-gene-database/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/davila7-gene-database/lockfile

テストする

「gene-database」を使用しています。ヒトのBRCA1を探してください。

期待される結果:

Gene ID 672、シンボルBRCA1、生物種Homo sapiens、染色体17、マップ位置を含む簡潔な遺伝子要約。

「gene-database」を使用しています。ヒトの腫瘍関連遺伝子リストをアノテーションしてください。

期待される結果:

一致した各遺伝子、一致しなかったシンボル、検索エラーを説明する、テーブルに適した要約。

「gene-database」を使用しています。 TP53を詳細情報付きで取得してください。

期待される結果:

別名、染色体上の位置、遺伝子タイプ、転写産物の例を扱う構造化された説明。

セキュリティ監査

安全

v14 • 2026/7/9 バージョン別レポートを開く

The executable scripts make intended outbound requests to NCBI Gene APIs and one batch workflow can write results to a user-selected file. API-key and command-execution alerts are false positives from parameter names, placeholders, and Markdown examples; no hardcoded secrets, environment access, prompt injection, or hidden system reconnaissance was found.

スキャンされたファイル

1,837

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

機能レビュー項目 (19)

これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。

中

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Python file write/append

with open(args.output, 'w') as f:

batch_gene_lookup.py writes JSON results to args.output supplied on the command line. This is intended output behavior, but an unsafe path could overwrite an arbitrary local file.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

This executable script performs outbound HTTPS requests to NCBI public gene APIs using user-provided gene IDs or search terms. The behavior is intended, but it can disclose queries and optional API keys to an external service.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:78

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:131

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:53

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/batch_gene_lookup.py:109

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/fetch_gene_data.py:13

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/fetch_gene_data.py:74

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:75

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:112

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:113

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:146

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, data=data, headers=headers, method='POST')

低

scripts/fetch_gene_data.py:147

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:17

Hardcoded URL

DATASETS_API_BASE = "https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha/gene"

低

scripts/query_gene.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/query_gene.py:48

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:88

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:123

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:19

Hardcoded URL

BASE_URL = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (39)

🔑 環境変数 (50)

📁 ファイルシステムへのアクセス (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

⚙️ 外部コマンド (22)

監査者: codex 監査履歴を表示 →

このレポートを共有・引用

バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。

バージョン別レポートを開く

レポートリンクをコピー

https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-gene-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-gene-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-gene-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

davila7. (2026). gene-database security audit report (audit version 14) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14

BibTeX形式の引用

@techreport{davila7-davila7-gene-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {gene-database security audit report (audit version 14)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {14},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "gene-database security audit report (audit version 14)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-gene-database:audit:14"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

davila7 推奨現在

davila7-gene-database

Skillstore スコア 79

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 9

更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-gene-database

Skillstore スコア 38

証拠の信頼度中

Skillstore 利用状況 8

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

疾患遺伝子リストをアノテーションする

疾患用語を検索し、遺伝子識別子、説明、生物種、染色体、マップ位置を取得します。

遺伝子パネルを検証する

パイプライン解析、レポート、または出版用テーブルの前に、遺伝子シンボルやIDをバッチ確認します。

モデル生物を比較する

対応している分類群間で同じ遺伝子を検索し、識別子、別名、ゲノム上の位置を比較します。

これらのプロンプトを試す

1つの遺伝子を検索

gene-databaseスキルを使用して、ヒトのBRCA1を検索してください。Gene ID、シンボル、説明、生物種、染色体を要約してください。

Gene IDで取得

NCBI Datasetsワークフローを使用してGene ID 672を取得してください。別名、位置、転写産物を含む読みやすい要約を返してください。

パネルをアノテーション

ヒトのBRCA1、TP53、EGFR、KRASについてバッチ検索を使用してください。ステータス、Gene ID、シンボル、生物種、マップ位置を含めてください。

パスウェイクエリを設計

マウスのアポトーシス遺伝子についてNCBI Gene検索を計画してください。下流解析のためのクエリ用語、レート制限、出力フィールドを含めてください。

ベストプラクティス

すべてのシンボル検索で生物種を指定します。
精度が重要な場合はGene IDを使用します。
繰り返し取得する結果はキャッシュし、NCBIのレート制限に従います。

回避

遺伝子アノテーションを臨床的ガイダンスとして扱わないでください。
レート制限なしで大きなリストをバッチ処理しないでください。
共有されたトランスクリプトやログに非公開APIキーを貼り付けないでください。

よくある質問

このスキルにはAPIキーが必要ですか？

いいえ。NCBI APIキーは任意ですが、大規模なワークロードではリクエスト上限を増やせます。

どのAPIを使用しますか？

NCBI E-utilitiesおよびNCBI Datasets Gene APIをドキュメント化し、スクリプト化しています。

多数の遺伝子を一度に処理できますか？

はい。バッチスクリプトは、カンマ区切りのGene IDまたは遺伝子シンボルのファイルを受け付けます。

医学的解釈を提供しますか？

いいえ。参照用の遺伝子データを取得するものであり、医学的助言として使用すべきではありません。

どの出力形式に対応していますか？

スクリプトは、下流ツール向けに読みやすい要約またはJSON出力を表示できます。

どのAIツールで使用できますか？

スキルのメタデータには、Claude、Codex、Claude Codeのサポートが記載されています。

開発者情報

作成者

davila7

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/gene-database

参照

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

メンテナンスの新しさ

2026/7/25

利用状況

7 ダウンロード · 213 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_gene_lookup.py

📄 fetch_gene_data.py

📄 query_gene.py

📄 SKILL.md