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scikit-bio

Name: scikit-bio
Author: davila7

コンテンツリビジョン r2 安全 ⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス

scikit-bio で生物学データを解析する

バイオインフォマティクス作業では、配列、ツリー、多様性、序列化のワークフローを正しく扱うことがしばしば必要です。このスキルは、Claude、Codex、Claude Code が scikit-bio API を使って進められるようにガイドします。

対応: Claude Codex Code(CC)

📊 74 十分

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "scikit-bio" from https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-scikit-bio/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/davila7-scikit-bio.md 署名済み manifest GET /api/skills/davila7-scikit-bio/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/davila7-scikit-bio/lockfile

テストする

「scikit-bio」を使用しています。 BIOM テーブル、サンプルメタデータ、ツリーがあります。グループ差はどのように検定すればよいですか？

期待される結果:

カウント ID を確認し、UniFrac distances を計算し、PCoA を実行し、PERMANOVA を適用し、分散チェックについて注記するワークフロー。

「scikit-bio」を使用しています。 FASTQ レコードを読み込み、ギャップを削除し、配列を翻訳して、FASTA にエクスポートする必要があります。

期待される結果:

scikit-bio readers、grammared sequence classes、degap operations、translation、明示的な出力フォーマットを使用する配列処理計画。

「scikit-bio」を使用しています。 UniFrac 解析の前に、ツリーの tips と feature IDs が一致しません。

期待される結果:

ID の比較、不足しているラベルの検出、ツリーの剪定、テーブルの整合性確認のためのトラブルシューティングチェックリスト。

セキュリティ監査

安全

v9 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く

All 39 static findings are false positives caused by Markdown code fences, inline code formatting, documentation links, or benign scientific terminology. The skill contains educational scikit-bio examples and no command-execution logic, network requests, reconnaissance behavior, or prompt injection.

スキャンされたファイル

1,182

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

最新の完了済み静的・セマンティック監査では、確認済みのセキュリティ検出事項は見つかりませんでした。これは、スキルに副作用がないことを証明するものではありません。

監査者: codex 監査履歴を表示 →

このレポートを共有・引用

バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。

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https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scikit-bio/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scikit-bio/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-scikit-bio.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

davila7. (2026). scikit-bio security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9

BibTeX形式の引用

@techreport{davila7-davila7-scikit-bio-2026,
  author = {davila7},
  title = {scikit-bio security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "scikit-bio security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-scikit-bio:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

davila7 推奨現在

davila7-scikit-bio

Skillstore スコア 74

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 7

更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-scikit-bio

Skillstore スコア 71

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 13

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

マイクロバイオーム多様性ワークフローを構築する

サンプルカウントデータに対して、alpha diversity、beta diversity、ordination、PERMANOVA の手順を計画します。

生物学的配列ファイルを処理する

FASTA、FASTQ、GenBank、アラインメント形式に対して、scikit-bio のクラスとファイルリーダーを選択します。

系統樹解析をレビューする

進化に関する問いに対して、ツリー構築、剪定、根付け、走査、距離メソッドを選択します。

これらのプロンプトを試す

配列ワークフローを選択する

scikit-bio スキルを使用して、DNA 配列の読み込み、品質メタデータの確認、モチーフの検出、結果の書き出しのためのワークフローを推奨してください。

マイクロバイオーム統計を計画する

scikit-bio スキルを使用して、私のサンプルカウントとメタデータに対する alpha diversity、beta diversity、PCoA、PERMANOVA のワークフローを設計してください。

系統樹を比較する

scikit-bio スキルを使用して、私の taxa に対するツリー構築オプション、根付け要件、剪定手順、ツリー距離指標を比較してください。

大規模解析を最適化する

scikit-bio スキルを使用して、私の大規模マイクロバイオームワークフローについて、メモリリスク、generator の使用、BIOM ストレージ、キャッシュ済み中間結果をレビューしてください。

ベストプラクティス

DNA、RNA、またはタンパク質データでアルファベット検証が重要な場合は、grammared sequence classes を使用します。
大きな入力では、メモリ負荷を減らすために generators と BIOM HDF5 files を使用します。
distance matrices におけるグループ差を解釈する際は、PERMANOVA と分散チェックを組み合わせます。

回避

整数カウントデータを必要とする指標には、相対存在量を使用しないでください。
ツリーの tips が feature IDs と一致することを確認する前に、phylogenetic diversity metrics を実行しないでください。
ストリーミングリーダーでレコードを段階的に処理できる場合は、巨大な配列ファイルをメモリに読み込まないでください。

よくある質問

このスキルは scikit-bio をインストールしますか？

いいえ。scikit-bio ワークフローを説明し、インストール例を含みますが、パッケージのインストールはユーザーが制御します。

どのファイル形式を扱いますか？

scikit-bio で説明されている sequence、alignment、tree、table、distance matrix、ordination、metadata、BLAST、GFF3 formats を扱います。

マイクロバイオーム解析に役立ちますか？

はい。alpha diversity、beta diversity、UniFrac、ordination、PERMANOVA、ANOSIM、および関連するマイクロバイオームワークフローを扱います。

タンパク質埋め込みを解析できますか？

はい。scikit-bio の embedding objects、distance conversion、ordination、array または dataframe structures へのエクスポートについて説明します。

科学的レビューを代替しますか？

いいえ。メソッド選択と API 使用をサポートしますが、生物学的解釈には引き続き専門家のレビューが必要です。

Claude Code と Codex に対応していますか？

はい。レポートには Claude、Codex、Claude Code のサポートが記載されています。

開発者情報

作成者

davila7

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/scikit-bio

参照

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

メンテナンスの新しさ

2026/7/24

利用状況

5 ダウンロード · 360 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

Ensemblゲノムデータをクエリする

作成者 K-Dense-AI

ゲノム研究では、Ensemblからの正確な遺伝子、配列、バリアント、オーソロジーデータが必要になることがよくあります。このスキルは、Claude、Codex、Claude CodeがEnsembl REST APIsをクエリし、分析用に結果を構造化するのに役立ちます。

データ＆アナリティクス表示

scikit-bio

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テストする

セキュリティ監査

リスク要因

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BibTeX形式の引用

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作成できるもの

マイクロバイオーム多様性ワークフローを構築する

生物学的配列ファイルを処理する

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