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biorxiv-database

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Buscar preprints en bioRxiv por palabras clave, autores y fechas

Auch verfügbar von: davila7

Los investigadores pierden horas buscando manualmente en bioRxiv preprints relevantes. Esta habilidad automatiza el descubrimiento de literatura con filtrado preciso por palabras clave, autores, rangos de fechas y categorías científicas.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
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3

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Teste es

Verwendung von "biorxiv-database". Search for COVID-19 vaccine papers from 2021

Erwartetes Ergebnis:

  • Found 342 papers matching your criteria
  • Top result: 'mRNA vaccine efficacy against variants' by Smith et al.
  • DOI: 10.1101/2021.03.15.123456
  • Published: March 15, 2021
  • Abstract: We analyzed vaccine effectiveness...
  • PDF available for download

Verwendung von "biorxiv-database". Find neuroscience papers by author 'Yong' from 2024

Erwartetes Ergebnis:

  • Found 8 papers
  • Recent: 'Neural circuit mapping in vivo' by Yong et al.
  • Date: 2024-08-20
  • Category: neuroscience
  • PDF ready for download

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

The static analyzer flagged 248 issues, but all are false positives. Markdown documentation backticks were misidentified as shell command execution. The Python script is a straightforward bioRxiv API client that makes legitimate requests to https://api.biorxiv.org, saves results to files, and optionally supports API key authentication. No malicious intent, data exfiltration, or suspicious behavior patterns found.

4
Gescannte Dateien
1,425
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/biorxiv_search.py:23
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/biorxiv_search.py:255
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
91
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Revisión de literatura para tesis

Busca preprints recientes en tu campo, descarga artículos relevantes y rastrea citas para revisiones de literatura comprehensivas.

Monitorear investigación de competidores

Rastrea publicaciones de autores o laboratorios específicos para mantenerte actualizado sobre investigaciones competidoras en tu campo.

Análisis de tendencias en ciencias de la vida

Analiza patrones de publicación a lo largo del tiempo para identificar tendencias emergentes de investigación y puntos calientes.

Probiere diese Prompts

Búsqueda básica por palabras clave 
Search bioRxiv for preprints about CRISPR gene editing published in the last 30 days and save results to crispr_recent.json
Seguimiento de autor 
Find all preprints by author 'Zhang F' from 2023-2024 and download the PDFs
Filtrado por categoría 
Search for machine learning papers in the neuroscience category from the last 6 months, include abstracts
Revisión sistemática 
Search bioRxiv for papers matching keywords: 'single-cell RNA-seq', 'spatial transcriptomics', 'multi-omics' published between 2022-2024, filter by bioinformatics category, and export complete metadata

Bewährte Verfahren

  • Usa filtros de categoría para reducir resultados y mejorar la precisión de búsqueda
  • Implementa caché para evitar solicitudes API repetidas para las mismas consultas
  • Respeta los límites de tasa añadiendo retrasos entre operaciones masivas

Vermeiden

  • Evita buscar sin rangos de fechas - esto devuelve resultados excesivos
  • No hagas solicitudes concurrentes - esto viola los límites de tasa de bioRxiv
  • Nunca codifiques DOIs en scripts - siempre usa resultados de búsqueda dinámicamente

Häufig gestellte Fragen

¿Esto también busca preprints de medRxiv?
No, esta habilidad solo busca preprints de bioRxiv para ciencias de la vida. MedRxiv requiere acceso API separado.
¿Cuántos artículos puedo descargar a la vez?
La API devuelve hasta 100 artículos por búsqueda. Descarga PDFs uno a la vez con retrasos de 0.5s entre solicitudes.
¿Puedo buscar contenido de texto completo?
Las búsquedas solo escanean títulos, resúmenes y nombres de autores. La búsqueda de texto completo requiere descargar PDFs por separado.
¿Qué formatos de fecha se aceptan?
Usa formato YYYY-MM-DD (ej. 2024-01-15). También puedes usar --days-back para fechas relativas.
¿Se incluyen artículos publicados?
Los resultados incluyen todos los preprints de bioRxiv independientemente del estado de publicación. Revisa el campo 'published' para información de revista.
¿Cómo cito los artículos encontrados con esta herramienta?
Cada resultado incluye DOI, autores, título y fecha. Usa el DOI para generar citas proper en tu gestor de referencias.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biorxiv-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 biorxiv_search.py

📄 SKILL.md