スキル etetoolkit
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etetoolkit

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Phylogenetische Bäume mit ETE analysieren

Phylogenetische Analysen erfordern häufig spezialisierte Funktionen zum Parsen von Bäumen, zur Taxonomieabfrage und zur Abbildungserstellung. Dieser Skill führt Claude, Codex und Claude Code durch ETE-Workflows für Analyse und Visualisierung.

対応: Claude Codex Code(CC)
🥈 81 シルバー

自分のエージェントでインストール

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エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "etetoolkit" from https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-etetoolkit/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/davila7-etetoolkit.md 署名済み manifest GET /api/skills/davila7-etetoolkit/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/davila7-etetoolkit/lockfile

テストする

「etetoolkit」を使用しています。 Eine Person stellt einen Genbaum bereit und fragt, welche Knoten Duplikationen darstellen.

期待される結果:

Der Skill erstellt eine Ereignisübersicht, die Duplikations- und Artbildungsknoten voneinander trennt, und listet anschließend wahrscheinliche Orthologen- und Paralogengruppen auf.

「etetoolkit」を使用しています。 Eine Person benötigt für ein Manuskript eine Abbildung aus einem Newick-Baum.

期待される結果:

Der Skill empfiehlt einen Baumstil, die Darstellung von Unterstützungswerten und ein Vektorexportformat und prüft die Anforderungen für das Rendern mit Qt.

「etetoolkit」を使用しています。 Eine Person bittet darum, den Blättern eines Baums taxonomische Abstammungslinien hinzuzufügen.

期待される結果:

Der Skill ordnet wissenschaftliche Namen taxids zu, warnt vor dem Download der NCBI-Datenbank und meldet Namen, die manuell geprüft werden müssen.

セキュリティ監査

安全
v15 • 2026/7/9 バージョン別レポートを開く

Most static findings are false positives from Markdown code fences, biological taxonomy IDs, or documented ETE cache behavior. The confirmed issue is privileged system package installation guidance using sudo apt-get in SKILL.md. No prompt-injection, credential exfiltration, or malicious intent was found in the reviewed files.

6
スキャンされたファイル
3,206
解析済み行数
2
レビュー項目
0
誤検知を無視
機能レビュー項目 (2)

これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。

高
SKILL.md:368
sudo privilege escalation
sudo apt-get install python3-pyqt5 python3-pyqt5.qtsvg
The skill recommends sudo apt-get for Qt dependencies, which requires administrator privileges and changes the host package set. This is legitimate setup guidance, but it is a real privileged command risk.
高
SKILL.md:554
sudo privilege escalation
sudo apt-get install python3-pyqt5 python3-pyqt5.qtsvg
The skill recommends sudo apt-get for Qt dependencies, which requires administrator privileges and changes the host package set. This is legitimate setup guidance, but it is a real privileged command risk.

リスク要因

📁 ファイルシステムへのアクセス (5)
references/api_reference.md:72 references/api_reference.md:72 references/workflows.md:749 SKILL.md:376 SKILL.md:376
⚙️ 外部コマンド (50)
SKILL.md:26-46 SKILL.md:46-48 SKILL.md:48-50 SKILL.md:50-65 SKILL.md:65-79 SKILL.md:79-106 SKILL.md:106-110 SKILL.md:110-123 SKILL.md:123-137 SKILL.md:137-154 SKILL.md:154-158 SKILL.md:158-172 SKILL.md:172-187 SKILL.md:187-218 SKILL.md:218-220 SKILL.md:220-222 SKILL.md:222-234 SKILL.md:234-238 SKILL.md:238-264 SKILL.md:264-278 SKILL.md:278-301 SKILL.md:301-315 SKILL.md:315-334 SKILL.md:334-338 SKILL.md:338-353 SKILL.md:353-359 SKILL.md:359-372 SKILL.md:372-376 SKILL.md:376-378 SKILL.md:378-381 SKILL.md:381-385 SKILL.md:385-387 SKILL.md:387-395 SKILL.md:395-421 SKILL.md:421-427 SKILL.md:427-439 SKILL.md:439-445 SKILL.md:445-479 SKILL.md:479-485 SKILL.md:485-510 SKILL.md:510-514 SKILL.md:514-516 SKILL.md:516-517 SKILL.md:517-518 SKILL.md:518-522 SKILL.md:522-531 SKILL.md:531-537 SKILL.md:537-543 SKILL.md:543-547 SKILL.md:547
監査者: codex 監査履歴を表示 →
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セキュリティ評価

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https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit/audits/15?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-etetoolkit/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-etetoolkit/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-etetoolkit.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

davila7. (2026). etetoolkit security audit report (audit version 15) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit/audits/15

BibTeX形式の引用

@techreport{davila7-davila7-etetoolkit-2026, author = {davila7}, title = {etetoolkit security audit report (audit version 15)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {15}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit/audits/15}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "etetoolkit security audit report (audit version 15)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-09" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-etetoolkit/audits/15" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-etetoolkit:audit:15" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高
davila7 推奨 現在

davila7-etetoolkit

Skillstore スコア 81
証拠の信頼度 高
Skillstore 利用状況 8
更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-etetoolkit

Skillstore スコア 72
証拠の信頼度 高
Skillstore 利用状況 9
更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由 証拠の信頼度: 高
68
アーキテクチャ
85
保守性
87
コンテンツ
70
コミュニティ
87
仕様準拠

作成できるもの

Orthologengruppen identifizieren

Genbäume analysieren, Duplikationsereignisse erkennen und Orthologen- und Paralogengruppen voneinander trennen.

Artenbäume annotieren

Artnamen NCBI-taxids zuordnen, Abstammungslinien abrufen und Blättern taxonomische Merkmale hinzufügen.

Baumabbildungen erstellen

Rechteckige oder kreisförmige Bäume als publikationsreife PDF-, SVG- oder PNG-Ausgaben rendern.

これらのプロンプトを試す

Eine Baumdatei verstehen 
Verwende den etetoolkit Skill, um zu erklären, welche Informationen du vor der Analyse aus meiner Newick-Datei benötigst. Gestalte den Plan einsteigerfreundlich.
Eine Abbildung vorbereiten 
Verwende ETE, um für diese Newick-Datei eine rechteckige PDF-Baumabbildung zu entwerfen. Berücksichtige Blattbeschriftungen, Astunterstützung und Exporteinstellungen.
Taxonomie annotieren 
Verwende NCBITaxa und hole vor jedem Datenbankdownload eine ausdrückliche Genehmigung ein. Ordne diese Artnamen taxids zu, füge Abstammungslinien hinzu und melde nicht aufgelöste Namen.
Einen Orthologie-Workflow erstellen 
Entwirf für diese Genfamilie einen ETE PhyloTree-Workflow. Erkenne Duplikationen, extrahiere Orthologengruppen, vergleiche Unterstützungswerte und erstelle Abbildungsausgaben.

ベストプラクティス

  • Astlängen beim Beschneiden von Bäumen für phylogenetische Analysen beibehalten.
  • Vor der Verwendung von NCBITaxa nachfragen, da eine große Datenbank heruntergeladen und zwischengespeichert werden kann.
  • Für wiederholte Operationen an großen Bäumen Iteratoren und zwischengespeicherte Inhalte verwenden.

回避

  • Keine privilegierte Installation von Abhängigkeiten ohne ausdrückliche Genehmigung der Benutzerin oder des Benutzers ausführen.
  • Nicht davon ausgehen, dass ein einzelner Parser für Artnamen mit jedem Benennungsschema für Gene funktioniert.
  • Auf Headless-Systemen keine GUI-Abbildungen rendern, bevor die Qt-Unterstützung geprüft wurde.

よくある質問

Wofür wird ETE Toolkit verwendet?
Es unterstützt das Parsen und Bearbeiten phylogenetischer Bäume, die Taxonomieannotation, die Ereigniserkennung und die Visualisierung.
Kann es mit Newick-Dateien arbeiten?
Ja. Der Skill enthält Beispiele zum Lesen, Schreiben, Konvertieren, Beschneiden, Neuwurzeln und Vergleichen von Newick-Bäumen.
Installiert es ETE automatisch?
Nein. Es bietet eine Installationsanleitung. Agenten sollten nachfragen, bevor sie Pakete oder Systemabhängigkeiten installieren.
Warum ist für NCBITaxa ein Warnhinweis erforderlich?
Bei der ersten Taxonomieabfrage können etwa 300 MB heruntergeladen und in einem versteckten Verzeichnis im Benutzerverzeichnis zwischengespeichert werden.
Kann es Abbildungen für Publikationen erstellen?
Ja. Es erläutert das Rendern als PDF, SVG und PNG mit Baumstilen, Knotenstilen und Layoutfunktionen.
Ist dies ausschließlich für die Phylogenetik vorgesehen?
Nein. Es behandelt außerdem hierarchische Clustering-Bäume und die Visualisierung von Datenmatrizen mit ETE ClusterTree.

開発者情報

作成者

davila7

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

r1

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/etetoolkit

参照

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

メンテナンスの新しさ

2026/7/22

利用状況

5 ダウンロード · 206 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 visualization.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 quick_visualize.py

📄 tree_operations.py

📄 SKILL.md

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