المهارات omero-integration
🔬

omero-integration

مخاطر منخفضة ⚙️ الأوامر الخارجية📁 الوصول إلى نظام الملفات🔑 متغيرات البيئة🌐 الوصول إلى الشبكة

الوصول إلى بيانات المجهر الإلكتروني OMERO باستخدام Python

متاح أيضًا من: davila7

توفر هذه المهارة واجهة برمجة تطبيقات Python للوصول إلى OMERO، وهي منصة علمية لإدارة الصور المجهرية والفحص عالي المحتوى. يمكنك الاتصال بخوادم OMERO واسترجاع الصور وتحليل بيانات البكسل وإدارة التعليقات التوضيحية برمجياً.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 70 كافٍ
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "omero-integration". كيف يمكنني الاتصال بـ OMERO وسرد جميع مشاريعي؟

النتيجة المتوقعة:

  • - استخدم BlitzGateway مع مدير السياق للتنظيف التلقائي
  • - استدعاء conn.connect() لإنشاء الاتصال
  • - استخدام conn.listProjects() لاسترجاع جميع المشاريع
  • - الوصول إلى أسماء المشاريع باستخدام project.getName()

استخدام "omero-integration". إنشاء صورة من مصفوفة NumPy في OMERO

النتيجة المتوقعة:

  • - استخدام طريقة conn.createImageFromNumpySeq()
  • - تمرير مولد أو قائمة من مصفوفات NumPy
  • - تحديد أبعاد size_z وsize_c وsize_t
  • - اختيارياً، ربط بمجموعة من خلال تمرير كائن المجموعة

التدقيق الأمني

مخاطر منخفضة
v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.

11
الملفات التي تم فحصها
5,433
الأسطر التي تم تحليلها
4
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية
لم يتم تسجيل أي مواقع محددة
📁 الوصول إلى نظام الملفات
لم يتم تسجيل أي مواقع محددة
🔑 متغيرات البيئة
لم يتم تسجيل أي مواقع محددة
🌐 الوصول إلى الشبكة
لم يتم تسجيل أي مواقع محددة
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

45
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
85
المحتوى
29
المجتمع
90
الأمان
83
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

إدارة مجموعات الصور الكبيرة

نظم واسترجع آلاف الصور المجهرية من مستودعات OMERO للتحليل والتقارير.

أتمتة خطوط تحليل الصور

استخرج بيانات البكسل من الصور السلاسل الزمنية وقم بتخزين نتائج القياس مباشرة في OMERO.

عمليات الفحص عالي المحتوى

معالجة بيانات الفحص المستندة إلى الألواح وتتبع النتائج عبر الظروف التجريبية.

جرّب هذه الموجهات

الاتصال الأساسي 
أرني كيفية الاتصال بخادم OMERO باستخدام BlitzGateway مع متغيرات البيئة لبيانات الاعتماد.
استرجاع الصور 
اكتب كود Python لسرد جميع الصور في مجموعة OMERO معينة والحصول على أبعاد البكسل الخاصة بها.
تحليل البكسل 
كيف يمكنني الوصول إلى بيانات البكسل الأولية من صورة OMERO كمصفوفة NumPy وحساب إحصائيات الشدة؟
إدارة مناطق الاهتمام 
أرني كيفية إنشاء مناطق اهتمام مستطيلة على الصورة واستخراج شدات البكسل داخل تلك المناطق وتخزين النتائج في جدول OMERO.

أفضل الممارسات

  • استخدم مديري السياق (مع BlitzConnection) للتنظيف التلقائي للاتصال
  • قم بتخزين بيانات الاعتماد في متغيرات البيئة، ولا تقم بتثبيتها في الكود
  • استخدم معلمة secure=True للاتصالات المشفرة في الإنتاج
  • أغلق الاتصالات عند الانتهاء لتحرير موارد الخادم

تجنب

  • تثبيت بيانات الاعتماد مباشرة في الكود المصدري
  • ترك الاتصالات مفتوحة دون استخدام مديري السياق أو close() الصريح
  • معالجة مجموعات البيانات الكبيرة بدون ترقيم الصفحات أو البث

الأسئلة المتكررة

ما هو OMERO؟
OMERO هي منصة مفتوحة المصدر لإدارة وتصور وتحليل الصور المجهرية والبيانات الوصفية في البحث العلمي.
هل أحتاج إلى خادم OMERO؟
نعم، تتطلب هذه المهارة الوصول إلى خادم OMERO يعمل مع بيانات اعتماد مستخدم صالحة للاتصال وتنفيذ العمليات.
ما لغة البرمجة المستخدمة؟
توفر المهارة أمثلة Python باستخدام مكتبة omero-py (واجهة برمجة تطبيقات BlitzGateway) لجميع العمليات.
هل يمكنني معالجة مجموعات الصور الكبيرة؟
نعم، استخدم ترقيم الصفحات وحدد النتائج، وفكر في البرامج النصية من جانب الخادم لتجنب نقل كميات كبيرة من البيانات محلياً.
كيف يتم التعامل مع بيانات الاعتماد؟
يجب تحميل بيانات الاعتماد من متغيرات البيئة (os.environ.get) أو ملفات التكوين الآمنة، ولا تقم بتثبيتها في الكود.
ما تنسيقات الصور المدعومة؟
يدعم OMERO العديد من التنسيقات بما في ذلك TIFF وPNG وJPEG وتنسيقات المجهرية المملوكة من خلال Bio-Formats.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/omero-integration

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 advanced.md

📄 connection.md

📄 data_access.md

📄 image_processing.md

📄 metadata.md

📄 rois.md

📄 scripts.md

📄 tables.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md