pdb-database
存取蛋白質和核酸3D結構
متاح أيضًا من: K-Dense-AI
尋找3D生物結構需要瀏覽多個資料庫和檔案格式。此技能提供對RCSB PDB儲存庫的統一存取，可搜尋、下載及分析超過200,000個實驗測定和計算的分子結構。
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "pdb-database". Find high-resolution human kinase structures with PDB IDs starting with 1-5.
النتيجة المتوقعة:
- Found 45 matching structures:
- - 1ATP - Adenylate kinase - 2.00 A - Homo sapiens
- - 1BXW - cAMP-dependent protein kinase - 1.80 A - Homo sapiens
- - 1CSK - Casein kinase - 2.10 A - Homo sapiens
- - 2DY9 - Tyrosine kinase - 1.95 A - Homo sapiens
- - 3DT5 - Protein kinase - 2.30 A - Homo sapiens
استخدام "pdb-database". Download the structure for hemoglobin (4HHB) and show the experimental method.
النتيجة المتوقعة:
- Downloaded 4HHB.pdb and 4HHB.cif
- Title: Hemoglobin
- Experimental method: X-RAY DIFFRACTION
- Resolution: 1.80 A
- Organism: Homo sapiens
استخدام "pdb-database". Find proteins similar to the KRAS sequence.
النتيجة المتوقعة:
- Found 128 similar structures:
- - 6OB1 - GTPase KRAS - 95 percent identity - 1.50 A
- - 5VP7 - KRAS G12D mutant - 92 percent identity - 1.80 A
- - 4EPT - HRAS protein - 88 percent identity - 2.10 A
- Identity cutoff used: 90 percent
التدقيق الأمني
آمنDocumentation-only skill containing markdown files with code examples for accessing the legitimate public RCSB PDB scientific API. No executable scripts present. All documented network calls target official rcsb.org endpoints for public molecular structure data. Static analyzer findings are false positives arising from misinterpreting documentation code snippets and scientific terminology.
عوامل الخطر
🌐 الوصول إلى الشبكة (5)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (3)
⚙️ الأوامر الخارجية (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
尋找藥物-標靶複合物
搜尋與配體結合的標靶蛋白質結構，用於藥物設計和結合位點分析。
分析序列-結構關係
尋找同源結構並比較突變變體，用於蛋白質工程專案。
下載結構進行研究
擷取和探索3D分子結構，用於教育和視覺化目的。
جرّب هذه الموجهات
Find PDB structures for {protein_name} from human organisms with resolution better than 2.5 angstroms.Search for structures similar to this protein sequence: {sequence}. Use 90 percent identity cutoff.Download the mmCIF file for PDB ID {pdb_id} and show the experimental method and resolution.Get title, resolution, and organism for all hemoglobin structures released in 2024.
أفضل الممارسات
- 安裝官方的rcsb-api Python套件以程式化方式存取所有功能
- 使用適當的檔案格式（mmCIF用於現代結構，PDB用於舊版相容性）
- 進行批次請求時，使用指數退避實現速率限制
تجنب
- 未檢查速率限制錯誤（HTTP 429）就發出請求
- 在迴圈中下載個別檔案而沒有批次或延遲
- 使用已棄用的rcsbsearchapi套件而非目前的rcsb-api