技能 geo-database

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geo-database

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探索 NCBI GEO 表达数据

研究人员经常需要可靠的方法来查找和复用公共基因表达数据集。此技能指导 Claude、Codex 和 Claude Code 完成 NCBI GEO 搜索、检索、解析和分析工作流。

支持: Claude Codex Code(CC)

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智能体请求

Review the Skillstore skill "geo-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-geo-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。

Agent 可读资源

当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。

Markdown 详情 GET /skills/k-dense-ai-geo-database.md 已签名 manifest GET /api/skills/k-dense-ai-geo-database/manifest 已签名 lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-geo-database/lockfile

测试它

正在使用“geo-database”。查找人类乳腺癌 RNA-seq 的 GEO 研究。

预期结果:

一份简明的候选 GEO Series 清单，包含物种、技术、样本背景，以及后续元数据审阅步骤。

正在使用“geo-database”。说明我应该为 GSE123456 下载哪些文件。

预期结果:

用通俗语言比较 series matrix、SOFT、MINiML 和补充文件，并说明每种格式在何时有用。

正在使用“geo-database”。为一个 GEO Series 规划差异表达工作流。

预期结果:

一份分步分析计划，涵盖下载、元数据检查、分组分配、表达提取、质量控制、检验和引用说明。

安全审计

安全

v9 • 2026/7/9 打开版本化报告

The skill is primarily documentation and examples for accessing public NCBI GEO data. I confirmed the plaintext FTP guidance as a medium concern because it can expose downloads to tampering. The remaining static findings are false positives involving public URLs, Markdown fences, placeholder keys, local data saves, and GEO identifiers.

2

已扫描文件

1,645

分析行数

7

复核项

0

已忽略误报

能力复核项 (7)

这些是真实的本地能力，对此技能可能是预期行为，因此需要复核，但不会按已确认恶意行为计分。

中

references/geo_reference.md:504

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE{nnn}nnn/GSE{xxxxx}/

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

references/geo_reference.md:541

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM{nnn}nnn/GSM{xxxxx}/

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

references/geo_reference.md:551

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL{nnn}nnn/GPL{xxxxx}/

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

FTP protocol

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/matrix/GSE123456_series_matrix.txt.gz

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

FTP protocol

wget -r -np -nd ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/suppl/

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

FTP protocol

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/soft/GSE123456_family.soft.gz

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

中

FTP protocol

- **GEO FTP Site:** ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.

风险因素

🌐 网络访问 (26)

⚙️ 外部命令 (39)

📁 文件系统访问 (2)

SKILL.md:384 SKILL.md:381

🔑 环境变量 (1)

审计者: codex 查看审计历史 →

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HTML 徽章

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-geo-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

嵌入卡片

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-geo-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学术引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

K-Dense-AI. (2026). geo-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-geo-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {geo-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geo-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-geo-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比较变体

2 个可安装变体

每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。

为什么此变体排名第一

Skillstore 评分最高

作者 / 来源 Skillstore 评分证据置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推荐

davila7-geo-database

Skillstore 评分 73

证据置信度高

Skillstore 使用量 16

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI 当前

k-dense-ai-geo-database

Skillstore 评分 71

证据置信度高

Skillstore 使用量 12

已更新

2026-09-09

Skillstore 评分

评分依据证据置信度: 高

41

架构

75

可维护性

87

内容

70

社区

74

规范符合性

你能构建什么

查找疾病表达研究

在 GEO 中搜索人类疾病数据集，并汇总候选 GSE 记录以供审阅。

准备表达矩阵

下载一个 GEO Series，检查样本元数据，并提取用于下游分析的矩阵。

比较某个基因的研究

定位某个基因的平台探针，并比较所选研究中的表达摘要。

试试这些提示

搜索数据集

查找关于 [condition] 且物种为 [organism] 的 NCBI GEO 数据集。返回可能的 GSE 登录号、研究类型、样本数量，以及每个结果相关的原因。

检索研究元数据

使用 GEO 指南审阅 [GSE accession]。汇总标题、物种、平台、样本、实验设计和可用文件类型。

规划表达分析

创建一个工作流，用于下载 [GSE accession]、提取表达矩阵、区分对照样本和处理样本，并检查数据质量。

设计荟萃分析工作流

为 [gene or pathway] 在 [GSE accessions] 中的可复现 GEO 荟萃分析制定计划。包括元数据统一、探针映射、归一化检查和统计注意事项。

最佳实践

为每个自动化查询设置 Entrez 电子邮件地址，并遵守 NCBI 速率限制。
在比较表达值之前，检查样本元数据、平台注释和处理方法。
将大型下载文件缓存在本地，并记录数据集登录号、版本和引用信息。

避免

不要假设所有 GEO 研究都使用可比较的归一化方法或实验设计。
不要在未检查磁盘空间和文件用途的情况下下载大型补充文件。
不要在没有平台特异性注释映射的情况下，将探针标识符当作基因符号。

常见问题

什么是 NCBI GEO？

NCBI GEO 是一个用于基因表达和功能基因组学数据集的公共存储库。

此技能可以下载 GEO 文件吗？

可以。它提供了使用 GEOparse、E-utilities 以及从 GEO 位置直接下载文件的工作流。

它支持 RNA-seq 和微阵列数据吗？

支持。该指南涵盖了测序实验和芯片实验的 GEO 研究搜索与文件处理。

它会执行最终统计解释吗？

不支持。它可以概述分析步骤，但结果需要统计和生物学审查。

它需要哪些工具？

示例使用 GEOparse、Biopython、pandas、scipy 和可视化包等 Python 库。

我应该如何处理 API keys？

仅在需要时使用 NCBI API keys，安全存储它们，并避免将其提交到共享文件中。

开发者详情

作者

许可证

Unknown

Skillstore 修订

r1

版本提示

作者未声明版本。

仓库

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-database

引用

26421118b848d9f1efc0aa169d8a7a9e7e0a877e

维护新鲜度

2026/7/18

使用量

8 次下载 · 220 次浏览

文件结构

📁 references/

📄 geo_reference.md

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