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開啟並開始使用
測試它
正在使用「etetoolkit」。 Load tree and show basic statistics
預期結果:
- Tree loaded successfully from 'example.nw'
- Basic statistics:
- - Number of leaves: 25
- - Total nodes: 49
- - Tree depth: 8
- - Total branch length: 2.45
- - Root: Node001
- Tree appears to be bifurcating with good resolution
正在使用「etetoolkit」。 Find orthologs for human gene
預期結果:
- Orthologs of human_gene1:
- - Mouse: mouse_gene1a, mouse_gene1b
- - Chimpanzee: chimpanzee_gene1
- - Gorilla: gorilla_gene1
- - Orangutan: orangutan_gene1
- Duplication events detected: 2
- Speciation events detected: 4
正在使用「etetoolkit」。 Create circular visualization
預期結果:
- Tree visualization created: 'phylogeny_circular.pdf'
- Layout: Circular mode (360 degrees)
- Leaf coloring: By taxonomic group
- Support highlighting: Values >0.9 in green
- Image size: 1200x1200 pixels, 300 DPI
安全審計
安全The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.
風險因素
📁 檔案系統存取 (1)
⚙️ 外部命令 (2)
品質評分
你能建構什麼
从基因树中识别直系同源基因
分析基因树以寻找物种间的直系同源基因，用于比较基因组学研究。
可视化系统发育关系
创建可用于出版图表，显示具有自定义样式和注释的进化关系。
程序化处理树数据集
批量处理数百个系统发育树，用于大规模进化分析。
試試這些提示
从 'tree.nw' 加载系统发育树并显示基本统计信息，包括叶子数量、节点总数和树深度。
分析此基因树以识别 'human_gene1' 的直系同源基因，并创建一个表格显示每个物种中的直系同源基因。
创建圆形树可视化，按分类组对物种名称进行着色，并将支持值 >0.9 的分支高亮显示为绿色。
处理目录中的所有 .nw 文件：对每棵树进行中点根化，移除支持值 <0.9 的分支，并保存为 'processed_[文件名].nw'
最佳實務
- 对基因家族和进化事件检测使用 PhyloTree 类进行分析
- 修剪树时保留分支长度以保持系统发育准确性
- 使用矢量格式（PDF/SVG）制作出版图表以确保可缩放性
避免
- 对基因家族和进化分析使用 Tree 而不是 PhyloTree
- 为出版使用位图图像而不是矢量格式
- 当可以使用迭代器时将整个大树加载到内存中