Fähigkeiten flowio
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flowio

Sicher ⚙️ Externe Befehle🌐 Netzwerkzugriff⚡ Enthält Skripte

Ler e escrever arquivos FCS de citometria de fluxo

Auch verfügbar von: davila7

Dados de citometria de fluxo exigem manipulação de arquivos especializada. O FlowIO analisa arquivos FCS, extrai dados de eventos como arrays NumPy e permite conversão para formatos CSV para pipelines de análise posteriores.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Angemessen
1

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "flowio". Read my flow cytometry file and show the channel information

Erwartetes Ergebnis:

  • File: sample.fcs (245 KB)
  • FCS Version: 3.1
  • Events: 10,234
  • Channels: 8
  • Channel [0] FSC-A | Forward Scatter | scatter
  • Channel [1] SSC-A | Side Scatter | scatter
  • Channel [2] FL1-A | FITC | fluoro
  • Channel [3] FL2-A | PE | fluoro
  • Time channel: Index 7

Verwendung von "flowio". Convert this FCS file to CSV format

Erwartetes Ergebnis:

  • Loaded sample.fcs with 15,000 events and 12 channels
  • Converted event data to Pandas DataFrame
  • Exported to sample.csv (2.3 MB)
  • Columns: FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, FL3-A, FL4-A, FL5-A, Time

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The scanner misidentified markdown documentation artifacts and legitimate scientific terminology as security issues. Shell command patterns are installation instructions in code blocks. 'Weak cryptographic algorithm' detections refer to 'PnE' (Parameter n Exponential), a legitimate flow cytometry data format term for amplification exponents. No actual executable code or malicious patterns exist in this skill.

3
Gescannte Dateien
1,962
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (2)
references/api_reference.md:9-11 SKILL.md:31-33
🌐 Netzwerkzugriff (1)
skill-report.json:6
⚡ Enthält Skripte (1)
SKILL.md:350-355
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Pré-processar dados de citometria

Extrair eventos de arquivos FCS e preparar dados para pipelines de análise com ferramentas de compensação e gating.

Inspecionar arquivos de experimento

Visualizar rapidamente contagens de canais, contagens de eventos e metadados de experimentos de citometria de fluxo sem software especializado.

Converter em lote para CSV

Processar diretórios de arquivos FCS e exportar para formato CSV para fluxos de trabalho de machine learning.

Probiere diese Prompts

Leitura básica de arquivo 
Use FlowIO to read experiment.fcs and show the version, event count, and channel names.
Extrair dados de eventos 
Load sample.fcs using FlowIO and extract the event data as a NumPy array with preprocessing applied.
Criar arquivo FCS 
Create a new FCS file named output.fcs from a NumPy array with 1000 events and 5 channels named FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, Time.
Conversão em lote 
Find all .fcs files in data/ directory, read each one, and export the event data to CSV files with the same basename.

Bewährte Verfahren

  • Use o parâmetro only_text=True quando apenas metadados forem necessários para economizar memória
  • Envolva operações de arquivo em blocos try-except para lidar com erros de parsing de forma elegante
  • Use ignore_offset_discrepancy=True para arquivos com inconsistências de offset

Vermeiden

  • Não tente modificar diretamente os dados de eventos em objetos FlowData
  • Não use o construtor FlowData para arquivos com múltiplos conjuntos de dados - use read_multiple_data_sets()
  • Não assuma que o pré-processamento é sempre desejado - defina o parâmetro preprocess explicitamente

Häufig gestellte Fragen

Quais versões de FCS são suportadas?
O FlowIO oferece suporte às versões FCS 2.0, 3.0 e 3.1 tanto para leitura quanto para escrita.
Como extrair apenas metadados?
Passe only_text=True para o construtor FlowData para pular a análise do segmento DATA e economizar memória.
Posso modificar dados de eventos?
O FlowIO não suporta modificação direta. Extraia os dados com as_array(), modifique-os e depois use create_fcs() para salvar.
Como lidar com arquivos com múltiplos conjuntos de dados?
Use a função read_multiple_data_sets() em vez do construtor FlowData para obter todos os conjuntos de dados como uma lista.
Que pré-processamento é aplicado?
Por padrão, o FlowIO aplica escalonamento de ganho, transformação logarítmica usando valores PnE e escalonamento de tempo.
Isso pode integrar com outras ferramentas?
Sim, combine com FlowKit para compensação/gating ou exporte para Pandas DataFrames para análise.

Entwicklerdetails

Lizenz

BSD-3-Clause license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/flowio

Ref

main

Dateistruktur

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