gene-database
NCBI Geneデータベースをクエリ
こちらからも入手できます: davila7
配列、注釈、機能情報を含むNCBIの包括的な遺伝子データにアクセスできます。遺伝子シンボル、ID、または生物学的コンテキストで検索し、バイオインフォマティクス研究向けにRefSeq、Gene Ontology、染色体位置、表現型を取得します。
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オンにして利用開始
テストする
「gene-database」を使用しています。 Find information about BRCA1 in human
期待される結果:
- Gene ID: 672
- Symbol: BRCA1
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- Organism: Homo sapiens
- Chromosome: 17
- Location: 17q21.31
「gene-database」を使用しています。 Find genes associated with diabetes in human
期待される結果:
- Gene ID list with symbol, description, and chromosome for diabetes-associated genes
- Search query: diabetes[disease] AND human[organism]
「gene-database」を使用しています。 Get batch gene data for TP53, EGFR, KRAS
期待される結果:
- Batch results with gene ID, symbol, description, organism, chromosome, and map location for each gene
セキュリティ監査
低リスクThis is a legitimate bioinformatics tool for querying NCBI Gene database. All 374 static findings are false positives: markdown backticks in documentation are code formatting (not shell execution), API keys are user-provided CLI arguments (not hardcoded secrets), hardcoded URLs are official NCBI API endpoints, and the network+credential+file pattern is standard API client behavior. No data exfiltration or malicious patterns detected.
リスク要因
🌐 ネットワークアクセス (4)
⚙️ 外部コマンド (3)
🔑 環境変数 (3)
📁 ファイルシステムへのアクセス (1)
品質スコア
作れるもの
遺伝子注釈ワークフロー
機能解析のために、配列、GO用語、表現型を含む包括的な遺伝子データを取得します。
バッチ遺伝子データ収集
大規模ゲノム研究向けに、レート制限を適用して遺伝子リストを効率的に処理します。
遺伝子情報の検索
遺伝子シンボルをクエリし、教育目的で詳細情報を取得します。
これらのプロンプトを試す
{organism}における{gene_symbol}遺伝子の染色体位置と機能を含む情報を探してください。{gene_id}のRefSeqアクセッション番号と遺伝子配列データをJSON形式で取得してください。{organism}由来の以下の遺伝子について遺伝子情報を検索してください: {gene_list}。結果をJSONで返してください。Gene Ontology用語を用いて、{organism}における{biological_process}に関連する遺伝子を見つけてください。ベストプラクティス
- 複数種に存在する遺伝子シンボルによる曖昧さを避けるため、クエリには生物種を含めてください
- 精度が必要な場合はシンボルではなくGene IDを使用してください。遺伝子シンボルは時間とともに変更される可能性があります
- より高速なバッチ処理（最大1秒あたり10リクエスト）のためにNCBI APIキーを含めてください
回避
- レート制限なしにループで個別リクエストを行わないでください。NCBIのレート制限に引っかかります
- 永続的な保存に遺伝子シンボルのみに依存しないでください。正式な命名は変更される可能性があります
- 検証せずに、同一生物内のすべての遺伝子シンボルが一意であると仮定しないでください
よくある質問
NCBIのAPIキーはどうやって取得しますか？
どの遺伝子形式がサポートされていますか？
タンパク質配列を取得できますか？
一度にいくつの遺伝子をクエリできますか？
どの出力形式が利用できますか？
このスキルはデータを保存しますか？
開発者の詳細
作成者
K-Dense-AIライセンス
MIT
リポジトリ
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gene-database参照
main
ファイル構成