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latex-posters
87LaTeX研究ポスターを作成する
研究ポスターは、LaTeXで印刷用に整形し校正するのが難しいものです。このスキルは、学会提出に対応したポスター向けに、テンプレート、レイアウトガイダンス、PDFチェックを提供します。
デザイン＆クリエイティブ 表示
スキル pydeseq2
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pydeseq2
コンテンツリビジョン r2 高リスク 📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス
PyDESeq2でRNA-Seqカウントを解析
バルクRNA-seq解析には、慎重なフォーマット設定、モデル設計、統計的検定が必要です。このスキルは、カウント表から順位付けされた差次的発現結果まで、PyDESeq2ワークフローを案内します。
対応: Claude Codex Code(CC)
インストール前に停止して確認を求めてください。
計画を確認し、ファイルを変更する前にユーザーの明示的な同意を得てください。
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "pydeseq2" from https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-pydeseq2/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「pydeseq2」を使用しています。 ユーザーがPyDESeq2で処理済みサンプルとコントロールサンプルを比較する方法を尋ねています。
期待される結果:
入力確認、遺伝子フィルタリング、モデルフィッティング、Wald検定、調整済みp値の解釈を含む段階的な解析計画。
「pydeseq2」を使用しています。 ユーザーのメタデータにバッチ効果があり、信頼できる差次的発現結果を求めています。
期待される結果:
batchをconditionの前に配置し、サンプルの対応を検証し、処理済み対コントロールのcontrastを説明するデザイン推奨。
「pydeseq2」を使用しています。 ユーザーが論文掲載に適した要約表とプロットを求めています。
期待される結果:
順位付けされた結果、有意な遺伝子、ボルケーノプロット、MAプロットのエクスポート、およびlog fold-change shrinkageに関する注意点のガイダンス。
セキュリティ監査
高リスクv9 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く
All 74 static findings are false positives involving Markdown, expected output writes, documentation links, or sample-filtering guidance. However, the workflow recommends pickle.load without a trust warning, which can execute malicious payloads. No prompt injection, network requests, credential access, or covert command execution was found.
4
スキャンされたファイル
1,720
解析済み行数
0
レビュー項目
0
誤検知を無視
確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)
高
Unsafe Pickle Deserialization Guidance
The workflow recommends pickle.load for unspecified count, metadata, and fitted-object files without requiring trusted provenance. A malicious pickle can execute arbitrary code.
The cited examples directly call pickle.load on local files and provide no trust-boundary warning. Python pickle deserialization can execute embedded code.
リスク要因
📁 ファイルシステムへのアクセス (4)
⚙️ 外部コマンド (50)
SKILL.md:26-56 SKILL.md:56-68 SKILL.md:68-81 SKILL.md:81-85 SKILL.md:85-94 SKILL.md:94-101 SKILL.md:101-103 SKILL.md:103-106 SKILL.md:106-110 SKILL.md:110-122 SKILL.md:122-135 SKILL.md:135-137 SKILL.md:137-151 SKILL.md:151-163 SKILL.md:163-166 SKILL.md:166-167 SKILL.md:167-168 SKILL.md:168-171 SKILL.md:171-172 SKILL.md:172-173 SKILL.md:173-174 SKILL.md:174-175 SKILL.md:175-176 SKILL.md:176-182 SKILL.md:182-184 SKILL.md:184-197 SKILL.md:197-210 SKILL.md:210-218 SKILL.md:218-227 SKILL.md:227-233 SKILL.md:233-247 SKILL.md:247-253 SKILL.md:253-261 SKILL.md:261-267 SKILL.md:267-276 SKILL.md:276-282 SKILL.md:282-302 SKILL.md:302-312 SKILL.md:312-318 SKILL.md:318-334 SKILL.md:334-338 SKILL.md:338-350 SKILL.md:350-354 SKILL.md:354-372 SKILL.md:372-380 SKILL.md:380-407 SKILL.md:407-413 SKILL.md:413-432 SKILL.md:432-441 SKILL.md:441-449
🌐 ネットワークアクセス (2)
監査者: codex 監査履歴を表示 →
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バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。
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https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdownバッジ
[](https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2?utm_source=security_passport_badge)HTMLバッジ
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-pydeseq2/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-pydeseq2.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
davila7. (2026). pydeseq2 security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{davila7-davila7-pydeseq2-2026,
author = {davila7},
title = {pydeseq2 security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "pydeseq2 security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-pydeseq2/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-pydeseq2:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
バリアントを比較
インストール可能なバリアント 2 件各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。
このバリアントが首位の理由
Skillstore スコアが最高
作者 / ソース Skillstore スコア 証拠の信頼度 Skillstore 利用状況 更新済み
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 中 64
アーキテクチャ
85
保守性
87
コンテンツ
70
コミュニティ
78
仕様準拠
作成できるもの
処理群を比較する
処理済みおよびコントロールのバルクRNA-seqサンプルを解析し、選択したしきい値未満の調整済みp値を持つ遺伝子を特定します。
バッチ効果を制御する
主要な条件を検定する前に、バッチ、年齢、その他の共変量を調整する多因子デザインを構築します。
標準レポートを自動化する
同梱のスクリプトを使用して、反復的な差次的発現解析の結果表とプロットを作成します。
これらのプロンプトを試す
入力を準備する
PyDESeq2用にバルクRNA-seqカウントとメタデータを準備するのを手伝ってください。私のカウントファイルは遺伝子が行、サンプルが列で、メタデータにはconditionラベルがあります。
基本的な比較を実行する
処理済みサンプルとコントロールサンプルを比較するPyDESeq2ワークフローを作成してください。フィルタリング、design formula、contrast、結果のエクスポート手順を含めてください。
バッチを調整する
バッチを制御しながらconditionを検定するPyDESeq2解析を設計してください。メタデータの確認方法と調整済みp値の解釈方法を説明してください。
複雑なデザインをレビューする
condition、batch、interaction termsを含む私のPyDESeq2デザインをレビューしてください。ランクの問題、contrastの選択、レポート上のリスクを特定してください。
ベストプラクティス
- PyDESeq2を実行する前に、カウントが非負の整数であり、サンプルがメタデータと一致していることを確認します。
- モデルフィッティング前に、低カウント遺伝子と欠損メタデータ値をフィルタリングします。
- 有意性には調整済みp値を使用し、縮小されたfold changeは主に順位付けやプロットに使用します。
回避
- 生のp値を主要な有意性しきい値として使用しないでください。
- 関心のあるconditionと交絡している場合、バッチ効果を無視しないでください。
- 解析中に信頼できないソースからpickleファイルを読み込まないでください。
よくある質問
PyDESeq2にはどのようなデータ形状が必要ですか？
PyDESeq2は、サンプルを行、遺伝子を列として想定しています。多くのカウントファイルは解析前に転置が必要です。
これはバッチ効果に対応できますか？
はい。メタデータがそのモデルをサポートしている場合は、batch plus conditionのようなデザインを使用します。
プロットを作成できますか？
はい。このガイダンスには、matplotlibを使用したボルケーノプロット、MAプロット、診断プロットが含まれます。
これはR DESeq2と同じですか？
いいえ。PyDESeq2はDESeq2の動作に合わせることを目指していますが、バージョンや実装の違いが結果に影響する場合があります。
Claude、Codex、またはClaude Codeで使用できますか？
はい。このレポートには、Claude、Codex、Claude Codeワークフローのサポートが記載されています。
何を避けるべきですか？
信頼できないpickleファイル、サンプル名の不一致、フィルタリングされていない低カウント、不十分な検出力の研究に基づく裏付けのない主張は避けてください。
開発者情報
作成者
davila7ライセンス
MIT
Skillstore リビジョン
r2
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
参照
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
メンテナンスの新しさ
2026/7/29
利用状況
5 ダウンロード · 200 閲覧
ファイル構成
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