Compétences biorxiv-database
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biorxiv-database

Sûr 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers

Rechercher des prépublications bioRxiv par mots-clés, auteurs et dates

Également disponible depuis: davila7

Les chercheurs perdent des heures à rechercher manuellement sur bioRxiv les prépublications pertinentes. Cette compétence automatise la découverte de la littérature avec un filtrage précis par mots-clés, auteurs, plages de dates et catégories scientifiques.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
1

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3

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Utilisation de "biorxiv-database". Search for COVID-19 vaccine papers from 2021

Résultat attendu:

  • Found 342 papers matching your criteria
  • Top result: 'mRNA vaccine efficacy against variants' by Smith et al.
  • DOI: 10.1101/2021.03.15.123456
  • Published: March 15, 2021
  • Abstract: We analyzed vaccine effectiveness...
  • PDF available for download

Utilisation de "biorxiv-database". Find neuroscience papers by author 'Yong' from 2024

Résultat attendu:

  • Found 8 papers
  • Recent: 'Neural circuit mapping in vivo' by Yong et al.
  • Date: 2024-08-20
  • Category: neuroscience
  • PDF ready for download

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

The static analyzer flagged 248 issues, but all are false positives. Markdown documentation backticks were misidentified as shell command execution. The Python script is a straightforward bioRxiv API client that makes legitimate requests to https://api.biorxiv.org, saves results to files, and optionally supports API key authentication. No malicious intent, data exfiltration, or suspicious behavior patterns found.

4
Fichiers analysés
1,425
Lignes analysées
2
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (1)
scripts/biorxiv_search.py:23
📁 Accès au système de fichiers (1)
scripts/biorxiv_search.py:255
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

64
Architecture
100
Maintenabilité
87
Contenu
21
Communauté
100
Sécurité
91
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Revue de littérature pour thèse

Recherchez des prépublications récentes dans votre domaine, téléchargez les articles pertinents et suivez les citations pour des revues de littérature complètes.

Surveillance de la recherche concurrente

Suivez les publications par auteurs ou laboratoires spécifiques pour rester informé de la recherche concurrente dans votre domaine.

Analyse des tendances en sciences de la vie

Analysez les schémas de publication au fil du temps pour identifier les tendances émergentes et les domaines热点 de recherche.

Essayez ces prompts

Recherche par mots-clés de base 
Recherchez sur bioRxiv les prépublications sur l'édition génétique CRISPR publiées dans les 30 derniers jours et enregistrez les résultats dans crispr_recent.json
Suivi d'auteur 
Trouvez toutes les prépublications de l'auteur 'Zhang F' de 2023-2024 et téléchargez les PDF
Filtrage par catégorie 
Recherchez les articles sur l'apprentissage automatique dans la catégorie neurosciences des 6 derniers mois, incluez les résumés
Revue systématique 
Recherchez sur bioRxiv les articles correspondant aux mots-clés : 'single-cell RNA-seq', 'spatial transcriptomics', 'multi-omics' publiés entre 2022-2024, filtrez par catégorie bioinformatique et exportez les métadonnées complètes

Bonnes pratiques

  • Utilisez les filtres de catégorie pour affiner les résultats et améliorer la précision de recherche
  • Implémentez la mise en cache pour éviter les requêtes API répétées pour les mêmes requêtes
  • Respectez les limites de taux en ajoutant des délais entre les opérations en masse

Éviter

  • Évitez de rechercher sans plages de dates - cela renvoie trop de résultats
  • Ne faites pas de requêtes concurrentes - cela viole les limites de taux de bioRxiv
  • Ne codez jamais les DOI en dur dans les scripts - utilisez toujours les résultats de recherche dynamiquement

Foire aux questions

Cela recherche-t-il aussi les prépublications medRxiv ?
Non, cette compétence recherche uniquement bioRxiv pour les prépublications de sciences de la vie. MedRxiv nécessite un accès API séparé.
Combien d'articles puis-je télécharger à la fois ?
L'API renvoie jusqu'à 100 articles par recherche. Téléchargez les PDF un par un avec des délais de 0,5s entre les requêtes.
Puis-je rechercher dans le contenu intégral ?
Les recherches scannent uniquement les titres, résumés et noms d'auteurs. La recherche de texte intégral nécessite de télécharger les PDF séparément.
Quels formats de date sont acceptés ?
Utilisez le format AAAA-MM-JJ (ex. : 2024-01-15). Vous pouvez aussi utiliser --days-back pour les dates relatives.
Les articles publiés sont-ils inclus ?
Les résultats incluent toutes les prépublications bioRxiv indépendamment du statut de publication. Vérifiez le champ 'published' pour les informations de revue.
Comment citer les articles trouvés avec cet outil ?
Chaque résultat inclut DOI, auteurs, titre et date. Utilisez le DOI pour générer des citations appropriées dans votre gestionnaire de références.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biorxiv-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 biorxiv_search.py

📄 SKILL.md