Habilidades benchling-integration
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benchling-integration
Seguro ⚡
Contiene scripts🌐
Acceso a red🔑
Variables de entorno⚙️
Comandos externos📁
Acceso al sistema de archivos
Integrar con la plataforma de I+D de Benchling
También disponible en: davila7
Automatiza los flujos de trabajo del laboratorio y gestiona datos biológicos integrándote con la plataforma de I+D de Benchling. Accede a secuencias de ADN, datos de proteínas, inventario y cuadernos electrónicos de laboratorio mediante el SDK de Python o la API REST.
Soporta: Claude Codex Code(CC)
1
Descargar el ZIP de la skill
2
Subir en Claude
Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill
3
Activa y empieza a usar
Pruébalo
Usando "benchling-integration". How do I set up authentication with Benchling using environment variables?
Resultado esperado:
- Usa os.environ para recuperar credenciales de variables de entorno para una autenticación segura.
- Enfoque recomendado: Guarda tu clave de API en BENCHLING_API_KEY y la URL del tenant en BENCHLING_TENANT_URL.
- Ejemplo: api_key = os.environ.get('BENCHLING_API_KEY')
- Esto mantiene las credenciales fuera de tu código fuente y respalda prácticas de despliegue seguro.
Usando "benchling-integration". Show me how to create a DNA sequence and register it in the Benchling registry
Resultado esperado:
- Usa DnaSequenceCreate con el parámetro entity_registry_id para registrar durante la creación.
- Ejemplo: Establece naming_strategy='NEW_IDS' para la generación automática de IDs de registro.
- Vincula a entradas de cuaderno usando benchling.entry_links.create() con entry_id y entity_id.
- El SDK maneja la paginación automáticamente con iteración basada en generadores.
Auditoría de seguridad
Segurov4 • 1/17/2026
This is a documentation-only skill containing reference materials for the Benchling R&D platform API. Static analysis flagged 476 patterns in markdown files, but ALL findings are FALSE POSITIVES. The scanner detected markdown code formatting (backticks), example URLs, and placeholder credentials in documentation examples - not actual executable code with security implications.
6
Archivos escaneados
5,064
Líneas analizadas
5
hallazgos
4
Auditorías totales
Factores de riesgo
⚡ Contiene scripts (3)
🌐 Acceso a red (43)
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🔑 Variables de entorno (46)
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⚙️ Comandos externos (336)
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📁 Acceso al sistema de archivos (1)
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →
Puntuación de calidad
45
Arquitectura
100
Mantenibilidad
87
Contenido
20
Comunidad
100
Seguridad
91
Cumplimiento de la especificación
Lo que puedes crear
Automatizar el registro de secuencias
Importa en bloque secuencias de ADN y proteínas desde archivos FASTA directamente al registro de Benchling con el nombre correcto y campos personalizados.
Seguimiento de inventario
Monitorea ubicaciones de muestras, rastrea transferencias de contenedores y audita cambios de inventario en ubicaciones de congeladores y unidades de almacenamiento.
Analítica de investigación
Exporta datos experimentales del Data Warehouse para informes de cumplimiento e integración con herramientas externas de BI.
Prueba estos prompts
Conexión básica
Muéstrame cómo autenticarme con Benchling usando una clave de API y crear una conexión con mi tenant.
Operaciones con secuencias
¿Cómo creo una nueva secuencia de ADN, la registro en el registro y la vinculo a una entrada del cuaderno?
Gestión de inventario
Crea un flujo de trabajo para transferir contenedores entre ubicaciones y rastrear el historial de movimiento.
Script de automatización
Escribe un script para encontrar todas las secuencias con un esquema específico y exportar sus nombres, bases y fechas de creación a CSV.
Mejores prácticas
- Guarda las credenciales de API en variables de entorno o gestores de secretos, nunca las incrustes en scripts
- Usa HTTPS para todas las conexiones a la API: Benchling requiere comunicación segura
- Implementa un manejo de errores adecuado con lógica de reintentos para límites de tasa y fallos transitorios
Evitar
- No subas claves de API ni credenciales a sistemas de control de versiones
- Evita realizar solicitudes sin comprobar los límites de tasa o implementar estrategias de backoff
- No codifiques de forma rígida las URL de tenants: usa archivos de configuración o variables de entorno en su lugar
Preguntas frecuentes
¿Cómo obtengo mis credenciales de API de Benchling?
Inicia sesión en Benchling, ve a Profile Settings y genera una clave de API. Guárdala de forma segura, ya que se muestra solo una vez.
¿Qué versión de Python se requiere?
El SDK de Benchling requiere Python 3.7 o superior. Comprueba tu versión con python --version.
¿Puedo usar esta skill sin conexión?
No, esta skill requiere una conexión a internet activa para comunicarse con la API de Benchling.
¿Cómo manejo los límites de tasa?
El SDK reintenta automáticamente en errores 429 con backoff exponencial. Configura max_retries en RetryStrategy si es necesario.
¿Qué métodos de autenticación se admiten?
Autenticación con clave de API para scripts y OAuth 2.0 Client Credentials para aplicaciones multiusuario.
¿Esta skill incluye el SDK?
No, debes instalar el paquete benchling-sdk por separado usando pip o poetry.
Detalles del desarrollador
Autor
K-Dense-AILicencia
MIT
Repositorio
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/benchling-integrationRef.
main
Estructura de archivos