scanpy
Single-Cell-RNA-Seq mit Scanpy analysieren
Single-Cell-RNA-seq-Workflows erfordern sorgfältige Qualitätskontrolle, Normalisierung, Clustering und Dokumentation. Dieser Skill stellt Scanpy-Workflows, Skripte, Vorlagen und Referenzen für reproduzierbare Analysen bereit.
Mit meinem Agent installieren
Kopieren Sie diese Anfrage in Ihren Agent. Sie enthält die maßgebliche Skill-Seite und das Manifest.
Review the Skillstore skill "scanpy" from https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-scanpy/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Ihr Agent sollte weiterhin seinen Plan anzeigen und alle von der Sicherheitsrichtlinie verlangten Bestätigungen anfordern.
Agent-lesbare Ressourcen
Verwenden Sie diese Links, wenn ein KI-Agent, Crawler oder Skript sauberen Kontext benötigt, statt die vollständige Seite zu lesen.
Testen
„scanpy“ wird verwendet. Nutzer bittet um QC für eine PBMC-h5ad-Datei.
Erwartetes Ergebnis:
Die Antwort listet QC-Metriken, Diagrammnamen, Schwellenwertbereiche, Filterschritte und gespeicherte Ausgaben gefilterter Daten auf.
„scanpy“ wird verwendet. Nutzer fragt, wie Cluster annotiert werden.
Erwartetes Ergebnis:
Die Antwort empfiehlt Markergene, Dot Plots, UMAP-Prüfungen, eine Cluster-zu-Zelltyp-Tabelle und Validierungshinweise.
„scanpy“ wird verwendet. Nutzer bittet um Publikationsabbildungen.
Erwartetes Ergebnis:
Die Antwort schlägt UMAP, Heatmap, Dot Plot, Violin Plot und Exporteinstellungen für abbildungsfertige Dateien vor.
Sicherheitsaudit
SicherThe flagged Ruby or shell execution patterns are Markdown code fences, inline documentation, or user-run examples. The filesystem and network findings are expected local output creation and public documentation links.
Risikofaktoren
📁 Dateisystemzugriff (2)
⚙️ Externe Befehle (50)
🌐 Netzwerkzugriff (3)
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Teile den versionierten Bewertungsbericht, das neutrale Badge, die Einbettungskarte und Zitate. Skillstore berichtet Nachweise, ohne zu entscheiden, ob dieser Skill sicher ist.
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https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdown-Badge
[](https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy?utm_source=security_passport_badge)HTML-Badge
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scanpy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>Einbettungskarte
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-scanpy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Wissenschaftliche Zitate (APA · BibTeX · CFF)
APA-Zitat
davila7. (2026). scanpy security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9BibTeX-Zitat
@techreport{davila7-davila7-scanpy-2026,
author = {davila7},
title = {scanpy security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "scanpy security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-scanpy:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Varianten vergleichen
2 installierbare VariantenJeder Autor bleibt ein eigener installierbarer Skill. Die empfohlene Variante wird nach Skillstore-Nachweisen bewertet.
Warum diese Variante zuerst steht
davila7-scanpy
2026-09-09
k-dense-ai-scanpy
2026-09-09
Skillstore-Score
Warum dieser Score Evidenzvertrauen: HochWas Sie erstellen können
Erste Datensatz-QC ausführen
Qualitätskontrolle und Clustering für einen neuen 10X- oder h5ad-Datensatz ausführen.
Reproduzierbare Workflows erstellen
Einen Scanpy-Workflow mit gespeicherten Ausgaben und dokumentierten Parametern erstellen.
Analyseabbildungen vorbereiten
Marker, Trajektorien und Bedingungseffekte vergleichen, bevor Abbildungen vorbereitet werden.
Diese Prompts ausprobieren
Verwende den Scanpy-Skill, um QC für meine h5ad-Datei zu planen. Beziehe Metriken, Schwellenwerte, Diagramme und erwartete Ausgaben ein.
Erstelle einen Scanpy-Workflow zum Laden von 10X-Daten, Normalisieren von Zellen, Clustering und Speichern der Ergebnisse. Erkläre jede Analyseentscheidung.
Überprüfe meine Scanpy-Ergebnisse und schlage Clustering-Auflösungen, PCA-Dimensionen und Nachbarschaftseinstellungen vor, die als Nächstes getestet werden sollten. Beziehe Validierungsprüfungen ein.
Entwirf einen fortgeschrittenen Scanpy-Analyseplan mit Marker-Ranking, Annotationsvalidierung, differentieller Expression, Trajektorienprüfungen und Publikationsabbildungen.
Bewährte Praktiken
- Rohzählwerte speichern, bevor Gene gefiltert werden.
- QC-Schwellenwerte anhand datensatzspezifischer Diagramme anpassen.
- Annotationen mit mehreren Markergenen validieren.
Vermeiden
- Schwellenwerte nicht wiederverwenden, ohne die Datenqualität zu prüfen.
- Clusternummern nicht als biologische Labels behandeln.
- Zwischenausgaben bei langen Workflows nicht überspringen.
Häufig gestellte Fragen
Welche Datenformate unterstützt es?
Kann es QC automatisch ausführen?
Installiert es Scanpy?
Kann es Zelltypen annotieren?
Verwendet es Netzwerkdienste?
Kann es große Datensätze verarbeiten?
Entwicklerdetails
Autor
davila7Lizenz
MIT
Skillstore-Revision
r1
Versionshinweis
Der Autor hat keine Version angegeben.
Ref.
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
Aktualität der Wartung
24.7.2026
Nutzung
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Dateistruktur