Compétences brenda-database
E

brenda-database

Risque faible 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers⚡ Contient des scripts

Enzymdaten aus der BRENDA-Datenbank abfragen

Également disponible depuis: davila7

Umfassende enzymkinetische Daten aus der weltweit größten Enzymdatenbank abrufen. Km-Werte, Reaktionsgleichungen, organismspezifische Parameter und Substratspezifitätsdaten für biochemische Forschung und metabolisches Engineering finden.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥉 72 Bronze
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Utilisation de "brenda-database". Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) for human and yeast

Résultat attendu:

  • Alcohol Dehydrogenase (EC 1.1.1.1) Kinetic Data:
  •  
  • Homo sapiens:
  • - Average Km: 0.34 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 8.0-9.0
  • - Temperature: 25C (data points: 15)
  •  
  • Saccharomyces cerevisiae:
  • - Average Km: 1.2 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 7.0-8.0
  • - Temperature: 30C (data points: 8)
  •  
  • Cofactors: NAD+ required for both organisms

Audit de sécurité

Risque faible
v4 • 1/17/2026

The brenda-database skill is a legitimate scientific tool for accessing enzyme data from the BRENDA database. All 436 static findings are false positives triggered by documentation formatting (backtick characters for code blocks), legitimate BRENDA API authentication (SHA-256 password hashing), and biochemical terminology (NAD+, ATP as cofactors, not C2 commands). The codebase performs authorized SOAP API queries to a public scientific database and exports research data. No malicious behavior, data exfiltration, or unauthorized access patterns were found.

7
Fichiers analysés
4,388
Lignes analysées
3
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (1)
references/api_reference.md:10-12
📁 Accès au système de fichiers (1)
scripts/brenda_queries.py:756-766
⚡ Contient des scripts (1)
scripts/brenda_queries.py:33-64
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

64
Architecture
100
Maintenabilité
81
Contenu
22
Communauté
90
Sécurité
74
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Enzymkinetische Analyse

Km- und kcat-Werte abrufen, um Enzymverhalten zu charakterisieren und über Organismen hinweg zu vergleichen.

Stoffwechselweg-Design

Enzyme für spezifische Reaktionen finden und Bedingungen für den Aufbau von Stoffwechselwegen optimieren.

Literaturdatenextraktion

Enzymparameter aus veröffentlichten BRENDA-Daten für computergestützte Modellierung und Analyse extrahieren.

Essayez ces prompts

Einfache Abfrage 
Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) from BRENDA.
Organismusfilter 
Find Km values for EC 1.1.1.1 in Escherichia coli and Homo sapiens.
Reaktionssuche 
Find all reactions involving glucose and their enzyme EC numbers.
Stoffwechselweg-Builder 
Find the enzymatic pathway to produce lactate from pyruvate including all required cofactors.

Bonnes pratiques

  • BRENDA-Anmeldeinformationen in Umgebungsvariablen für sichere Authentifizierung speichern
  • Ratenbegrenzungsverzögerungen (0,5-1 Sekunde) zwischen API-Aufrufen hinzufügen, um Ratenbegrenzungen zu vermeiden
  • Spezifische EC-Nummern und Organismusfilter verwenden, um das Datenvolumen zu reduzieren und Antwortzeiten zu verbessern

Éviter

  • Gleichzeitige API-Anfragen ohne Verzögerungen führen zur Auslösung der Ratenbegrenzung
  • Verwendung von Wildcards für breite Suchen ohne Ergebnisbegrenzung kann massive Datensätze zurückgeben
  • Ergebnisse für wiederholte Abfragen nicht zu cachen, verschwendet API-Kontingent und verlangsamt die Leistung

Foire aux questions

Benötige ich ein BRENDA-Konto?
Ja, Sie müssen sich unter brenda-enzymes.org registrieren, um API-Anmeldeinformationen zu erhalten.
Was ist eine EC-Nummer?
Enzyme-Commission-Nummern klassifizieren Enzyme (z.B. 1.1.1.1 für Alkoholdehydrogenase).
Was stellt Km dar?
Die Michaelis-Konstante - die Substratkonzentration bei halbmaximaler Reaktionsgeschwindigkeit.
Wie viele Anfragen kann ich stellen?
BRENDA empfiehlt 1 Anfrage pro Sekunde für nachhaltige Nutzung.
Welche Datenformate werden unterstützt?
Export in CSV-, JSON- oder Excel-Formate für nachgelagerte Analysen.
Kann ich nach Organismus suchen?
Ja, filtern Sie Abfragen nach Organismennamen für artspezifische Enzymdaten.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/brenda-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 brenda_queries.py

📄 brenda_visualization.py

📄 enzyme_pathway_builder.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md