Fähigkeiten brenda-database
E

brenda-database

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff⚡ Enthält Skripte

Enzymdaten aus der BRENDA-Datenbank abfragen

Auch verfügbar von: davila7

Umfassende enzymkinetische Daten aus der weltweit größten Enzymdatenbank abrufen. Km-Werte, Reaktionsgleichungen, organismspezifische Parameter und Substratspezifitätsdaten für biochemische Forschung und metabolisches Engineering finden.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Angemessen
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Verwendung von "brenda-database". Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) for human and yeast

Erwartetes Ergebnis:

  • Alcohol Dehydrogenase (EC 1.1.1.1) Kinetic Data:
  •  
  • Homo sapiens:
  • - Average Km: 0.34 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 8.0-9.0
  • - Temperature: 25C (data points: 15)
  •  
  • Saccharomyces cerevisiae:
  • - Average Km: 1.2 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 7.0-8.0
  • - Temperature: 30C (data points: 8)
  •  
  • Cofactors: NAD+ required for both organisms

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko
v4 • 1/17/2026

The brenda-database skill is a legitimate scientific tool for accessing enzyme data from the BRENDA database. All 436 static findings are false positives triggered by documentation formatting (backtick characters for code blocks), legitimate BRENDA API authentication (SHA-256 password hashing), and biochemical terminology (NAD+, ATP as cofactors, not C2 commands). The codebase performs authorized SOAP API queries to a public scientific database and exports research data. No malicious behavior, data exfiltration, or unauthorized access patterns were found.

7
Gescannte Dateien
4,388
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
references/api_reference.md:10-12
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/brenda_queries.py:756-766
⚡ Enthält Skripte (1)
scripts/brenda_queries.py:33-64
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
81
Inhalt
21
Community
90
Sicherheit
74
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Enzymkinetische Analyse

Km- und kcat-Werte abrufen, um Enzymverhalten zu charakterisieren und über Organismen hinweg zu vergleichen.

Stoffwechselweg-Design

Enzyme für spezifische Reaktionen finden und Bedingungen für den Aufbau von Stoffwechselwegen optimieren.

Literaturdatenextraktion

Enzymparameter aus veröffentlichten BRENDA-Daten für computergestützte Modellierung und Analyse extrahieren.

Probiere diese Prompts

Einfache Abfrage 
Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) from BRENDA.
Organismusfilter 
Find Km values for EC 1.1.1.1 in Escherichia coli and Homo sapiens.
Reaktionssuche 
Find all reactions involving glucose and their enzyme EC numbers.
Stoffwechselweg-Builder 
Find the enzymatic pathway to produce lactate from pyruvate including all required cofactors.

Bewährte Verfahren

  • BRENDA-Anmeldeinformationen in Umgebungsvariablen für sichere Authentifizierung speichern
  • Ratenbegrenzungsverzögerungen (0,5-1 Sekunde) zwischen API-Aufrufen hinzufügen, um Ratenbegrenzungen zu vermeiden
  • Spezifische EC-Nummern und Organismusfilter verwenden, um das Datenvolumen zu reduzieren und Antwortzeiten zu verbessern

Vermeiden

  • Gleichzeitige API-Anfragen ohne Verzögerungen führen zur Auslösung der Ratenbegrenzung
  • Verwendung von Wildcards für breite Suchen ohne Ergebnisbegrenzung kann massive Datensätze zurückgeben
  • Ergebnisse für wiederholte Abfragen nicht zu cachen, verschwendet API-Kontingent und verlangsamt die Leistung

Häufig gestellte Fragen

Benötige ich ein BRENDA-Konto?
Ja, Sie müssen sich unter brenda-enzymes.org registrieren, um API-Anmeldeinformationen zu erhalten.
Was ist eine EC-Nummer?
Enzyme-Commission-Nummern klassifizieren Enzyme (z.B. 1.1.1.1 für Alkoholdehydrogenase).
Was stellt Km dar?
Die Michaelis-Konstante - die Substratkonzentration bei halbmaximaler Reaktionsgeschwindigkeit.
Wie viele Anfragen kann ich stellen?
BRENDA empfiehlt 1 Anfrage pro Sekunde für nachhaltige Nutzung.
Welche Datenformate werden unterstützt?
Export in CSV-, JSON- oder Excel-Formate für nachgelagerte Analysen.
Kann ich nach Organismus suchen?
Ja, filtern Sie Abfragen nach Organismennamen für artspezifische Enzymdaten.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/brenda-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 brenda_queries.py

📄 brenda_visualization.py

📄 enzyme_pathway_builder.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md