المهارات sragent
📦

sragent

مخاطر متوسطة ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات🔑 متغيرات البيئة

تحليل بيانات SRA وGEO الوصفية للجينوميات

غالبا ما يحتاج الباحثون إلى ربط سجلات SRA وGEO وBioProject والمنشورات قبل التحليل. ترشد هذه المهارة Claude أو Codex أو Claude Code عبر أوامر SRAgent لتحويل أرقام الوصول، وفحص البيانات الوصفية، واسترجاع الأوراق العلمية.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 50 ضعيف
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

موارد قابلة للقراءة بواسطة Agent

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلاً من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/arcinstitute-sragent.md manifest موقّع GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest lockfile موقّع GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

اختبرها

استخدام "sragent". Convert GSE121737 to SRX accessions.

النتيجة المتوقعة:

جدول موجز يسرد سلسلة GEO، ودراسة SRA المرتبطة، وأرقام وصول تجارب SRX التي تم إرجاعها، مع الإشارة إلى أي تعيينات مفقودة.

استخدام "sragent". Is SRX4967527 single-cell RNA-seq data?

النتيجة المتوقعة:

إجابة قصيرة قائمة على الأدلة تغطي حالة الخلية المفردة، وتحضير المكتبة المكتشف، ومنصة التسلسل، والكائن الحي، وملاحظات الثقة.

استخدام "sragent". Download papers for a list of SRA experiments.

النتيجة المتوقعة:

ملخص لأرقام الوصول التي تمت معالجتها، ومعرفات PubMed المرتبطة، وتوفر DOI، والتنزيلات الناجحة، والتنزيلات الفاشلة، ومواقع الملفات المحفوظة.

التدقيق الأمني

مخاطر متوسطة
v6 • 6/28/2026

Static findings are mostly expected for a research workflow skill that runs the SRAgent CLI, queries public genomics services, and downloads papers. No prompt injection, credential exfiltration, or malicious intent was found, but troubleshooting guidance can expose API keys or .env contents and should be treated as a publication warning.

6
الملفات التي تم فحصها
2,011
الأسطر التي تم تحليلها
9
النتائج
6
إجمالي عمليات التدقيق
مشكلات متوسطة المخاطر (3)
README.md:113-116references/quick-reference.md:343-353
Troubleshooting Guidance Can Reveal Credentials
The skill includes commands that echo API key variables, grep environment variables containing API_KEY, and print .env contents. This is useful for setup debugging, but it can disclose secrets into chat logs or terminal output.
SKILL.md:292-313references/usage-examples.md:196-209
External CLI Execution With User-Supplied Research Inputs
The skill instructs the agent to run SRAgent through shell commands and bash_tool examples. This is central to the skill, but accession values and CSV paths should be validated before being placed in shell commands.
SKILL.md:118-127SKILL.md:191-224references/usage-examples.md:69-92
Network Downloads and Local File Writes Are Expected Behavior
The papers workflow retrieves publications from public sources and writes PDFs or enriched CSV files to output directories. This creates normal network and filesystem exposure for a publication-retrieval skill, not evidence of malicious exfiltration.
مشكلات منخفضة المخاطر (2)
references/quick-reference.md:29-39references/metadata-fields.md:98-109
Static Sensitive-File and Crypto Matches Are False Positives
BioSample accession examples such as SAMN are biological identifiers, not Windows SAM database access. Old instrument names such as LS454 are sequencing platforms, not weak cryptographic algorithms.
README.md:48-56README.md:106-110
Hidden Home Directory Access Is Installation Guidance
The ~/.claude/skills path is used to install the skill for Claude Code. It is not evidence of stealthy hidden-file access or unauthorized reading of user data.

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (4)
README.md:8-20 SKILL.md:292-313 references/usage-examples.md:196-209 references/quick-reference.md:323-350
🌐 الوصول إلى الشبكة (4)
SKILL.md:118-127 SKILL.md:395-424 SKILL.md:477-483 README.md:123-128
📁 الوصول إلى نظام الملفات (4)
README.md:52-55 SKILL.md:309-312 references/usage-examples.md:73-77 references/quick-reference.md:352-353
🔑 متغيرات البيئة (5)
SKILL.md:49-69 README.md:22-37 README.md:113-116 references/quick-reference.md:246-260 references/quick-reference.md:343-353

الأنماط المكتشفة

Shell Command Invocation PatternSecret-Printing Troubleshooting Pattern
تم تدقيقه بواسطة: codex عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

59
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
87
المحتوى
75
المجتمع
46
الأمان
91
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

تحويل معرفات الوصول

حوّل رقم وصول سلسلة GEO أو BioProject إلى أرقام وصول تجارب وتشغيلات SRA لاستخدامها في التحليل اللاحق.

تدقيق بيانات التسلسل الوصفية

تحقق مما إذا كانت التجارب العامة تطابق معايير الكائن الحي أو المنصة أو paired-end أو الخلية المفردة المطلوبة.

جمع منشورات مجموعة البيانات

اعثر على سجلات PubMed المرتبطة، ومعرفات DOI، والأوراق العلمية كاملة النص المتاحة لمجموعة من أرقام وصول SRA.

جرّب هذه الموجهات

تحويل رقم وصول واحد 
Use SRAgent to convert GSE121737 into SRA experiment accessions. Summarize the result in a short table.
فحص بيانات التجربة الوصفية 
Use SRAgent to check SRX4967527 for organism, platform, library layout, and whether it is single-cell RNA-seq.
تنزيل الأوراق العلمية المرتبطة 
Use SRAgent to find publications for PRJNA498286 and download available open-access papers into a dedicated output folder.
تشغيل سير عمل تنسيق دفعي 
Given my CSV of SRA accessions, use SRAgent to add organism, sequencing platform, single-cell status, DOI, and download status columns.

أفضل الممارسات

  • تحقق من تنسيقات أرقام الوصول قبل تشغيل أوامر shell أو سير العمل الدفعية.
  • استخدم فحوصات بيئة منقحة بدلا من طباعة قيم مفاتيح API أو محتويات .env.
  • ابدأ بتحويل Entrez، ثم شغّل سير عمل أعمق للبيانات الوصفية أو الأوراق العلمية على أرقام الوصول المؤكدة.

تجنب

  • لا تلصق مفاتيح API الخام أو ملفات حسابات الخدمة أو محتويات .env في المحادثة.
  • لا تشغّل تنزيلات الأوراق العلمية بتزامن عال عندما تكون خدمات المصدر محدودة المعدل.
  • لا تفترض أن كل رقم وصول عام يحتوي على بيانات وصفية كاملة أو منشور متاح بالوصول المفتوح.

الأسئلة المتكررة

هل تثبت هذه المهارة SRAgent تلقائيا؟
لا. يوفر إرشادات للإعداد والاستخدام، ولكن يجب تثبيت SRAgent بشكل منفصل في بيئة العمل.
ما أرقام الوصول التي يمكنه العمل معها؟
يوثق سير عمل لتنسيقات أرقام وصول GEO وSRA وBioProject وBioSample وENA والتجارب والتشغيلات.
هل يمكنه تحديد مجموعات بيانات single-cell RNA-seq؟
نعم. يرشد استعلامات SRAgent التي تجمع بين البيانات الوصفية، ونص البروتوكول، وملخصات المنشورات، وإشارات ملفات التسلسل.
هل يؤدي استرجاع الأوراق العلمية دائما إلى تنزيل ملفات PDF؟
لا. تعتمد التنزيلات على المنشورات المرتبطة، واكتشاف DOI، وتوفر الوصول المفتوح، والوصول إلى الشبكة، وحدود المصادر.
هل يتطلب مفاتيح API؟
تتطلب بعض الميزات مفاتيح موفري النماذج. تحسن بيانات اعتماد NCBI وCORE وGoogle Cloud حدود المعدل أو تتيح خدمات اختيارية.
ما احتياطات الأمان الموصى بها؟
تجنب طباعة الأسرار، وتحقق من المسارات وأرقام الوصول المقدمة من المستخدم، وراجع التنزيلات قبل استخدامها في سير عمل لاحقة.

تفاصيل المطور

المؤلف

ArcInstitute

الترخيص

MIT

المستودع

https://github.com/ArcInstitute/SRAgent/tree/main/claude-skill/

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 example-settings.yml

📄 metadata-fields.md

📄 quick-reference.md

📄 usage-examples.md

📄 README.md

📄 SKILL.md