📦

sragent

Name: sragent
Author: ArcInstitute

مراجعة المحتوى r2 مخاطر عالية 🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات🔑 متغيرات البيئة⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل بيانات SRA الوصفية باستخدام SRAgent

غالبًا ما تتطلب أبحاث SRA وGEO تحويلًا يدويًا للمعرفات، وفحوصات للبيانات الوصفية، والبحث عن الأوراق العلمية. ترشد هذه المهارة سير عمل SRAgent لتحليل مجموعات البيانات، والتنزيلات، ومراجعة تسلسل الخلية المفردة.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 ضعيف

توقف واطلب التأكيد قبل التثبيت.

راجع الخطة واحصل على موافقة صريحة من المستخدم قبل تغيير الملفات.

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "sragent" from https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/arcinstitute-sragent/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/arcinstitute-sragent.md manifest موقَّع GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "sragent". حوّل GSE121737 إلى معرفات SRX.

النتيجة المتوقعة:

تعرض النتيجة دراسة SRA المرتبطة بسلسلة GEO.
ثم تعرض معرفات تجارب SRX ذات الصلة لفحوصات البيانات الوصفية اللاحقة.
تشرح الاستجابة كيفية ارتباط معرفات GEO ودراسة SRA والتجربة والتشغيل.

جارٍ استخدام "sragent". هل SRX4967527 بيانات single-cell RNA-seq؟

النتيجة المتوقعة:

تلخص الاستجابة الأدلة من بيانات SRA الوصفية وأوصاف الدراسة.
تحدد تقنية تحضير المكتبة ومنصة التسلسل المحتملتين.
تشير إلى عدم اليقين عندما تكون حقول البيانات الوصفية غير مكتملة أو متعارضة.

جارٍ استخدام "sragent". نزّل الأوراق العلمية للمعرفات الموجودة في ملف CSV.

النتيجة المتوقعة:

يتحقق سير العمل من عمود المعرفات ويشغّل استرجاع الأوراق العلمية في SRAgent.
تعرض النتيجة PubMed IDs وقيم DOI ومسارات التنزيل وحالات الفشل.
يبقي الأوراق غير المتاحة أو المدفوعة منفصلة عن التنزيلات الناجحة.

التدقيق الأمني

مخاطر عالية

v9 • ٢٣‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

Most matches are false positives caused by Markdown syntax, official URLs, placeholder credentials, and legitimate scientific database queries. Confirmed risks include secret disclosure, mutable source installation, predictable temporary files, command-line credentials, and silent file overwrite. No prompt injection or malicious exfiltration intent was found.

الملفات التي تم فحصها

2,011

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

مرتفع

references/quick-reference.md:353

Environment file access

cat .env

The command prints the entire .env file, which commonly contains API keys and other credentials. Its output can be captured by logs or model context.

عناصر مراجعة القدرات (10)

هذه قدرات محلية حقيقية قد يُتوقع وجودها لهذه المهارة، لذا فهي تتطلب مراجعة ولكن لا تُحتسب كسلوك خبيث مؤكد.

مرتفع

README.md:115

Generic API/secret keys

- Check API keys: `echo $ANTHROPIC_API_KEY`

The troubleshooting command expands and prints the full ANTHROPIC_API_KEY. This can disclose a live credential through terminal output, logs, or agent context.

مرتفع

references/quick-reference.md:344

Generic API/secret keys

env | grep -E "API_KEY|EMAIL|DYNACONF"

The env and grep command prints the full values of every matching API key. This exposes credentials to terminal output, logs, and any observing agent.

مرتفع

SKILL.md:31-42

Ruby/shell backtick execution

```bash

This command block clones the mutable default branch and runs uv pip install . without pinning or integrity verification. Installation can execute repository-controlled build code.

مرتفع

SKILL.md:69-73

Ruby/shell backtick execution

Prompt the user to provide the environment variables if they are not already set as environment vari

The instruction tells the agent to prompt users for environment-variable values, including API secrets. Entering them in chat exposes credentials to model context and logs.

مرتفع

SKILL.md:414-425

Ruby/shell backtick execution

```bash

This executable block passes CORE_API_KEY as a command-line option. Shell expansion exposes the secret in process arguments and possibly execution telemetry.

مرتفع

SKILL.md:430-437

Ruby/shell backtick execution

```bash

The troubleshooting block runs uv pip install . from a local SRAgent checkout without verifying its revision or contents. Package installation may execute untrusted build hooks.

مرتفع

SKILL.md:422

Generic API/secret keys

--core-api-key "$CORE_API_KEY" \

The shell expands CORE_API_KEY into a command-line argument. Other local processes and execution telemetry may capture the secret from the process argument list.

متوسط

references/usage-examples.md:198

Temp directory access

SRAgent entrez "Convert GSE196830 to SRX accessions" > /tmp/srx_list.txt

The workflow writes a predictable shared /tmp filename with shell redirection. An attacker could pre-create a symlink and redirect or corrupt the output on shared systems.

متوسط

references/usage-examples.md:206

Temp directory access

done < /tmp/srx_list.txt > /tmp/metadata.txt

The workflow reads and overwrites predictable shared /tmp filenames. Another local user could replace the input or exploit a symlink to affect output.

متوسط

SKILL.md:260-276

Ruby/shell backtick execution

```bash

This example uses cat > accessions.csv, which silently overwrites an existing file in the working directory. Agent execution could destroy user data without confirmation.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (8)

README.md:10 SKILL.md:33 SKILL.md:441 SKILL.md:479 SKILL.md:481 SKILL.md:482 SKILL.md:483 SKILL.md:480

📁 الوصول إلى نظام الملفات (8)

README.md:54 README.md:55 README.md:109 README.md:54 README.md:55 README.md:109 references/usage-examples.md:198 references/usage-examples.md:206

🔑 متغيرات البيئة (22)

⚙️ الأوامر الخارجية (50)

SKILL.md:23-25 SKILL.md:25-29 SKILL.md:29-31 SKILL.md:31-42 SKILL.md:42-45 SKILL.md:45-47 SKILL.md:47-52 SKILL.md:52-54 SKILL.md:54-56 SKILL.md:56-58 SKILL.md:58-60 SKILL.md:60-62 SKILL.md:62-64 SKILL.md:64-66 SKILL.md:66-69 SKILL.md:69-73 SKILL.md:73-81 SKILL.md:81-87 SKILL.md:87-93 SKILL.md:93-140 SKILL.md:140-150 SKILL.md:150-159 SKILL.md:159-161 SKILL.md:161-177 SKILL.md:177-189 SKILL.md:189-191 SKILL.md:191-200 SKILL.md:200-201 SKILL.md:201 SKILL.md:202-205 SKILL.md:205-220 SKILL.md:220-223 SKILL.md:223-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-236 SKILL.md:236-245 SKILL.md:245-248 SKILL.md:248-257 SKILL.md:257-260 SKILL.md:260-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-288 SKILL.md:288-296 SKILL.md:296-314 SKILL.md:314-320 SKILL.md:320-337 SKILL.md:337-342 SKILL.md:342 SKILL.md:343

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg)](https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/arcinstitute-sragent.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

ArcInstitute. (2026). sragent security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9

اقتباس BibTeX

@techreport{arcinstitute-arcinstitute-sragent-2026,
  author = {ArcInstitute},
  title = {sragent security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "sragent security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "ArcInstitute"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:arcinstitute-sragent:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: متوسط

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

تحويل المعرفات لمراجعة مجموعة البيانات

حوّل معرفات GSE وSRP وPRJNA وSRX وSRR قبل إجراء تحليل أعمق.

التحقق من بيانات تجربة الخلية المفردة الوصفية

تحقق من الكائن الحي، والمنصة، وتحضير المكتبة، وتقنية الخلية المفردة لتجارب التسلسل.

جمع الأوراق العلمية لدراسات SRA

اعثر على المنشورات المرتبطة، واستخرج معلومات DOI، ونزّل المخطوطات المتاحة لقوائم المعرفات.

جرّب هذه الموجّهات

تحويل معرف واحد

حوّل GSE121737 إلى معرفات SRX واشرح العلاقة بين المعرفات.

تلخيص بيانات التجربة الوصفية

لخّص SRX4967527 مع الكائن الحي، ومنصة التسلسل، واستراتيجية المكتبة، ونوع الفحص المحتمل.

العثور على منشورات مجموعة البيانات

اعثر على المنشورات المرتبطة بـ PRJNA498286 واذكر PubMed IDs وحالة DOI وتنزيلات المخطوطات المتاحة.

إضافة تعليقات وصفية دفعيًا إلى دراسة

لكل معرفات SRX من GSE196830، أنشئ جدول بيانات وصفية يتضمن التقنية، والكائن الحي، وروابط الأوراق العلمية، وحالة التنزيل.

أفضل الممارسات

تأكد من تثبيت SRAgent قبل تشغيل سير عمل المعرفات أو الأوراق العلمية.
استخدم فحوصات وجود الأسرار وتجنب طباعة قيم مفاتيح API.
قلل التزامن في الدُفعات احترامًا لحدود معدلات NCBI وCORE وPubMed والناشرين.

تجنب

لا تلصق مفاتيح API أو ملفات حساب الخدمة أو محتويات .env في المحادثة.
لا تشغّل تنزيلات دفعية دون تأكيد مسارات الإخراج وحجم الملفات المتوقع.
لا تعامل فشل تنزيل الأوراق العلمية كأخطاء في مجموعة البيانات دون التحقق من توفر الوصول المفتوح.