📦

gene-database

Name: gene-database
Author: davila7

مراجعة المحتوى r1 آمن 🌐 الوصول إلى الشبكة🔑 متغيرات البيئة📁 الوصول إلى نظام الملفات⚙️ الأوامر الخارجية

الاستعلام عن بيانات NCBI Gene

غالبًا ما تتطلب عمليات البحث عن الجينات إجراء استدعاءات متكررة إلى NCBI API واستخدام عوامل تصفية دقيقة للكائن الحي. توفر هذه المهارة نصوصًا برمجية ومسارات عمل للبحث عن شروح الجينات وجلبها ومعالجتها على دفعات.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

🥉 79 برونزي

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "gene-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-gene-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/davila7-gene-database.md manifest موقَّع GET /api/skills/davila7-gene-database/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/davila7-gene-database/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "gene-database". ابحث عن BRCA1 لدى الإنسان.

النتيجة المتوقعة:

ملخص موجز للجين يتضمن Gene ID 672 والرمز BRCA1 والكائن الحي Homo sapiens والكروموسوم 17 والموقع على الخريطة الجينية.

جارٍ استخدام "gene-database". اشرح قائمة من جينات الأورام البشرية.

النتيجة المتوقعة:

ملخص جاهز للاستخدام في جدول يصف كل جين مطابق والرموز غير المطابقة وأي أخطاء حدثت أثناء البحث.

جارٍ استخدام "gene-database". اجلب TP53 مع تفاصيل موسعة.

النتيجة المتوقعة:

سرد منظم يغطي الأسماء البديلة والموقع الكروموسومي ونوع الجين وأمثلة على النسخ الجينية.

التدقيق الأمني

آمن

v14 • ٩‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The executable scripts make intended outbound requests to NCBI Gene APIs and one batch workflow can write results to a user-selected file. API-key and command-execution alerts are false positives from parameter names, placeholders, and Markdown examples; no hardcoded secrets, environment access, prompt injection, or hidden system reconnaissance was found.

الملفات التي تم فحصها

1,837

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

عناصر مراجعة القدرات (19)

هذه قدرات محلية حقيقية قد يُتوقع وجودها لهذه المهارة، لذا فهي تتطلب مراجعة ولكن لا تُحتسب كسلوك خبيث مؤكد.

متوسط

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Python file write/append

with open(args.output, 'w') as f:

batch_gene_lookup.py writes JSON results to args.output supplied on the command line. This is intended output behavior, but an unsafe path could overwrite an arbitrary local file.

منخفض

scripts/batch_gene_lookup.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

This executable script performs outbound HTTPS requests to NCBI public gene APIs using user-provided gene IDs or search terms. The behavior is intended, but it can disclose queries and optional API keys to an external service.

منخفض

scripts/batch_gene_lookup.py:78

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

منخفض

scripts/batch_gene_lookup.py:131

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

منخفض

scripts/batch_gene_lookup.py:53

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

منخفض

scripts/batch_gene_lookup.py:109

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:13

Python HTTP libraries

import urllib.request

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:74

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:75

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:112

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:113

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:146

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, data=data, headers=headers, method='POST')

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:147

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

منخفض

scripts/fetch_gene_data.py:17

Hardcoded URL

DATASETS_API_BASE = "https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha/gene"

منخفض

scripts/query_gene.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

منخفض

scripts/query_gene.py:48

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

منخفض

scripts/query_gene.py:88

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

منخفض

scripts/query_gene.py:123

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

منخفض

scripts/query_gene.py:19

Hardcoded URL

BASE_URL = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (39)

🔑 متغيرات البيئة (50)

📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

⚙️ الأوامر الخارجية (22)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-gene-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-gene-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-gene-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

davila7. (2026). gene-database security audit report (audit version 14) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14

اقتباس BibTeX

@techreport{davila7-davila7-gene-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {gene-database security audit report (audit version 14)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {14},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "gene-database security audit report (audit version 14)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-gene-database:audit:14"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به الحالي

davila7-gene-database

تقييم Skillstore 79

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 9

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-gene-database

تقييم Skillstore 38

موثوقية الأدلة متوسط

استخدام Skillstore 8

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

شرح قوائم الجينات المرتبطة بالأمراض

البحث عن مصطلحات الأمراض واسترداد معرّفات الجينات وأوصافها وكائناتها وكروموسوماتها ومواقعها على الخريطة الجينية.

التحقق من لوحات الجينات

التحقق على دفعات من رموز الجينات أو معرّفاتها قبل تحليلها في مسار المعالجة أو تضمينها في التقارير أو جداول المنشورات.

مقارنة الكائنات النموذجية

البحث عن الجين نفسه عبر الأصناف المدعومة ومقارنة المعرّفات والأسماء البديلة والمواقع الجينومية.

جرّب هذه الموجّهات

البحث عن جين واحد

استخدم مهارة gene-database للبحث عن BRCA1 لدى الإنسان. لخّص Gene ID والرمز والوصف والكائن الحي والكروموسوم.

الجلب حسب Gene ID

استخدم مسار عمل NCBI Datasets لجلب Gene ID 672. أعِد ملخصًا سهل القراءة يتضمن الأسماء البديلة والموقع والنسخ الجينية.

شرح لوحة جينات

استخدم البحث على دفعات عن BRCA1 وTP53 وEGFR وKRAS لدى الإنسان. ضمّن الحالة وGene ID والرمز والكائن الحي والموقع على الخريطة الجينية.

تصميم استعلام لمسار حيوي

خطط لعملية بحث في NCBI Gene عن جينات الاستماتة لدى الفأر. ضمّن مصطلحات الاستعلام وحدود معدل الطلبات وحقول الإخراج اللازمة للتحليل اللاحق.

أفضل الممارسات

حدّد الكائن الحي في كل عملية بحث باستخدام الرمز.
استخدم Gene IDs عندما تكون الدقة مهمة.
خزّن النتائج المتكررة مؤقتًا والتزم بحدود معدل الطلبات لدى NCBI.

تجنب

لا تتعامل مع شروح الجينات على أنها إرشادات سريرية.
لا تعالج القوائم الكبيرة على دفعات دون تحديد معدل الطلبات.
لا تلصق مفاتيح API keys الخاصة في النصوص المشتركة أو السجلات.

الأسئلة المتكررة

هل تتطلب هذه المهارة API key؟

لا. مفاتيح NCBI API keys اختيارية، لكنها تزيد حدود الطلبات لأعباء العمل الأكبر.

ما واجهات API التي تستخدمها؟

توثق هذه المهارة NCBI E-utilities وNCBI Datasets Gene API وتوفر نصوصًا برمجية لاستخدامهما.

هل يمكنها معالجة عدة جينات في الوقت نفسه؟

نعم. يقبل النص البرمجي للمعالجة على دفعات قائمة Gene IDs مفصولة بفواصل أو ملفًا يحتوي على رموز الجينات.

هل توفر تفسيرًا طبيًا؟

لا. تسترد بيانات الجينات المرجعية ويجب عدم استخدامها بوصفها نصيحة طبية.

ما تنسيقات الإخراج المدعومة؟

يمكن للنصوص البرمجية طباعة ملخصات سهلة القراءة أو إخراج JSON للأدوات اللاحقة.

ما أدوات الذكاء الاصطناعي التي يمكنها استخدامها؟

تدرج البيانات الوصفية للمهارة دعم Claude وCodex وClaude Code.

تفاصيل المطور

المؤلف

davila7

الترخيص

MIT

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/gene-database

مرجع

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

حداثة الصيانة

٢٤‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

7 تنزيلات · 213 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_gene_lookup.py

📄 fetch_gene_data.py

📄 query_gene.py

📄 SKILL.md

gene-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

شرح قوائم الجينات المرتبطة بالأمراض

التحقق من لوحات الجينات

مقارنة الكائنات النموذجية

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من davila7

latex-posters

content-creator

treatment-plans

clinical-reports

exploratory-data-analysis

diffdock

bioservices

nature-experiment-log

opentargets-database

openclaw-medical-skills

pdb-database

etetoolkit

gene-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

شرح قوائم الجينات المرتبطة بالأمراض

التحقق من لوحات الجينات

مقارنة الكائنات النموذجية

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من davila7

latex-posters

content-creator

treatment-plans

clinical-reports

exploratory-data-analysis

diffdock

مهارات ذات صلة

bioservices

nature-experiment-log

opentargets-database

openclaw-medical-skills

pdb-database

etetoolkit