neuropixels-analysis
安全 81分析 Neuropixels 神經記錄
由 K-Dense-AI
此技能提供對 Neuropixels 高密度神經記錄的全面分析。它處理從原始數據加載到使用 SpikeInterface 和 Kilosort4 算法生成可直接發表的精選單元的完整工作流程。
networkx
安全 71使用 NetworkX 分析和視覺化複雜網路
由 K-Dense-AI
處理圖形和網路資料需要專業工具來建立結構、計算演算法和產生視覺化效果。此技能提供對 NetworkX 功能的全面存取,可用於社交網路分析、生物路徑映射、運輸優化和關係建模。
medchem
安全 75根據類藥五規則過濾分子
由 K-Dense-AI
藥物發現需要過濾大型化合物庫以獲得類藥特性。此技能應用成熟的藥物化學規則,包括類藥五規則、Veber規則和PAINS篩選器,以有效優先處理化合物並識別結構警示。
modal
安全 71在雲端執行 Python 程式碼
由 K-Dense-AI
Modal 是一個用於在雲端執行 Python 程式碼的無伺服器平台。它提供即時存取 GPU、自動擴展,以及按使用量計費。部署 ML 模型、執行批次處理作業,以及提供 API,無需管理基礎設施。
matplotlib
安全 77使用 matplotlib 建立可供發表的專業圖表
由 K-Dense-AI
Matplotlib 提供對每個視覺元素的完整控制,可建立高品質的發表圖表。精通 pyplot 和物件導向介面,從簡單的線圖到複雜的多面板科學視覺化,建立任何類型的圖表。
matlab
安全 70撰寫用於科學計算的 MATLAB 和 Octave 代碼
由 K-Dense-AI
科學家和工程師經常為 MATLAB 語法和最佳實踐而苦惱。此技能提供矩陣操作、可視化和數值分析的綜合參考文檔。
latchbio-integration
安全 70使用 Latch SDK 建構生物資訊學管線
由 K-Dense-AI
無需管理基礎設施即可部署生產級生物資訊學工作流程。使用 Python 裝飾器建立無伺服器管線,支援自動容器化、GPU 整合與雲端儲存。
lamindb
安全 71使用 LaminDB 管理生物學資料
由 K-Dense-AI
生物學研究會產生複雜的資料集,這些資料難以追蹤、查詢和重現。LaminDB 提供了一個統一的框架來管理生物學資料,具有自動譜系追蹤、基於本體論的註釋,以及與工作流程管理器的無縫整合。
hmdb-database
安全 68搜尋人類代謝體資料庫
由 K-Dense-AI
此技能提供對人類代謝體資料庫的存取,該資料庫包含超過 220,000 筆代謝物條目。研究人員可以透過化學名稱、結構或 ID 進行搜尋,以取得代謝體學研究的特性、光譜和生物標記數據。
histolab
安全 72處理數位病理學的全切片影像
由 K-Dense-AI
Histolab 自動化從數十億像素的全切片影像中進行組織偵測和 tiles 擷取。它處理 WSI 檔案,為深度學習管線和醫學研究提取資訊豐富的 tiles。
gwas-database
安全 69查詢 GWAS 目錄以獲取 SNP 性狀關聯
由 K-Dense-AI
存取來自 NHGRI-EBI GWAS 目錄的全基因組關聯研究資料。透過 rs ID、性狀或基因進行變異搜尋,以檢索遺傳研究所需的 p 值、效應量和摘要統計資料。
gtars
安全 71分析基因組區間和覆蓋軌跡
由 K-Dense-AI
處理和分析基因組區間數據以進行生物資訊學研究。Gtars 提供高效能工具,用於重疊檢測、覆蓋分析和基因組序列的機器學習標記化。
gget
安全 78查詢基因組資料庫以獲取基因資訊和序列
由 K-Dense-AI
gget 透過簡單的 CLI 或 Python 介面,提供對 20 多個基因組資料庫的統一存取。查詢基因資訊、檢索序列、執行 BLAST 搜尋,以及執行富集分析,無需管理多個 API 連線。
get-available-resources
低風險 69偵測科學運算的系統資源
由 K-Dense-AI
科學運算任務需要硬體資訊以選擇最佳計算策略。此技能會自動偵測 CPU 核心數、GPU 可用性、記憶體與磁碟空間,並產生平行處理與 GPU 加速的建議。
geopandas
安全 70處理地理空間向量資料
由 K-Dense-AI
GeoPandas 擴展了 pandas 的地理空間操作功能。它可以讀取 shapefile、GeoJSON 和 PostGIS 資料。執行空間連接、緩衝分析、座標轉換,並透過 matplotlib 整合創建分級填色圖。
flowio
安全 69讀取和寫入 FCS 流式細胞術檔案
由 K-Dense-AI
流式細胞術資料需要專業的檔案處理。FlowIO 能解析 FCS 檔案、將事件資料擷取為 NumPy 陣列,並可轉換為 CSV 格式以供下游分析管線使用。
fda-database
安全 76查詢FDA藥品和醫療器材數據庫
由 K-Dense-AI
透過官方openFDA API存取全面的FDA監管數據,包括藥品不良事件、醫療器材召回和安全資訊。使用Python建立藥物警戒和監管研究工作流程。
exploratory-data-analysis
安全 80自動分析科學數據檔案
由 K-Dense-AI
科學數據檔案有數百種格式。此技能可自動偵測檔案類型、提取元數據、評估數據品質,並產生帶有格式特定分析建議的綜合 markdown 報告。
drugbank-database
安全 77存取 DrugBank 藥物資料庫資訊
由 K-Dense-AI
DrugBank 是一個包含詳細藥物資訊的綜合生物資訊學資料庫。此技能可程式化地存取藥物特性、交互作用、標靶、路徑和化學結構,用於藥理學研究和藥物發現。
deeptools
安全 79使用 deepTools 分析 NGS 資料
由 K-Dense-AI
處理並視覺化下一代定序資料。將 BAM 轉換為 bigWig、產生品質控制圖表,並為 ChIP-seq、RNA-seq 和 ATAC-seq 實驗建立可發表的熱圖。