技能 reactome-database
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使用 Reactome 資料庫分析生物途徑和基因列表。執行途徑富集分析、將基因對應到途徑，並探索系統生物學研究中的分子交互作用。
支援: Claude Codex Code(CC)
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「reactome-database」。 分析基因進行途徑富集：TP53、BRCA1、EGFR
預期結果:
- 分析結果：
- • 提交的基因數量：3
- • 令牌：XXXXXX（有效期 7 天）
- • 頂級途徑：細胞週期，有絲分裂（R-HSA-69278）
- • p 值：0.000023，FDR：0.00156
- • 在瀏覽器中查看：https://reactome.org/PathwayBrowser/...
正在使用「reactome-database」。 查詢途徑 R-HSA-69278
預期結果:
- 途徑：細胞週期，有絲分裂
- • ID：R-HSA-69278
- • 類型：途徑
- • 物種：智人
- • 描述：細胞分裂週期，由間期和有絲分裂期組成……
正在使用「reactome-database」。 搜尋細胞凋亡途徑
預期結果:
- 'apoptosis' 的搜尋結果：
- • R-HSA-109606：外源性細胞凋亡途徑
- • R-HSA-111885：內源性細胞凋亡途徑
- • R-HSA-1234154：細胞凋亡調控
- • R-HSA-1388673：細胞凋亡核碎片化
安全審計
安全v4 • 1/17/2026
Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.
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已掃描檔案
1,257
分析行數
2
發現項
4
審計總數
風險因素
⚡ 包含腳本 (1)
🌐 網路存取 (1)
審計者: claude 查看審計歷史 →
品質評分
64
架構
100
可維護性
85
內容
30
社群
100
安全
83
規範符合性
你能建構什麼
基因集富集分析
從 RNA-seq 或蛋白質體學提交基因列表，以識別富集的生物途徑
跨物種途徑對應
將小鼠或模式生物的基因對應到人類途徑以進行比較分析
途徑探索
查詢特定途徑以了解分子機制和疾病關聯
試試這些提示
基本途徑查詢
查詢 Reactome 資料庫中的途徑 R-HSA-69278，並顯示途徑名稱、物種和描述
基因富集
對這些基因進行途徑富集分析：TP53、BRCA1、EGFR、MYC、CDK1。顯示具有 FDR 值的顯著途徑
途徑搜尋
搜尋 Reactome 中與細胞凋亡相關的途徑，並顯示前 10 個結果及其途徑 ID
實體查詢
列出細胞週期途徑（R-HSA-69278）中所有參與的蛋白質和分子
最佳實務
- 儲存分析令牌以便稍後擷取結果，而無需重新提交基因
- 依 FDR 閾值（預設 0.05）篩選結果，以專注於顯著途徑
- 對非人類物種使用投影端點，將基因對應到人類途徑
避免
- 逐一提交基因而非批次提交
- 忽略 7 天令牌有效期限以進行結果擷取
- 分析跨物種資料時未檢查物種相容性
常見問題
Reactome 接受哪些識別符格式？
UniProt 存取编号、基因符號、Ensembl ID、EntrezGene ID、用於小分子的 ChEBI。
分析令牌的有效期是多久？
分析令牌有效期為 7 天。請儲存它們以無需重新提交即可擷取結果。
我可以分析非人類基因嗎？
可以，使用投影端點將小鼠、大鼠或其他物種對應到人類途徑。
輸出格式是什麼？
包含途徑、p 值、FDR、實體計數和用於瀏覽器視覺化的令牌的 JSON。
此技能可以離線使用嗎？
不行，此技能需要網際網路連線才能查詢 Reactome REST API。
Reactome 中有多少條途徑？
Reactome 包含 2,825 條以上人類途徑，16,000 條以上反應和 11,000 種以上蛋白質。
開發者詳情
作者
K-Dense-AI授權
MIT
儲存庫
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database引用
main
檔案結構