Fähigkeiten reactome-database
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reactome-database

Sicher ⚡ Enthält Skripte🌐 Netzwerkzugriff

查詢 Reactome 途徑資料庫

Auch verfügbar von: davila7

使用 Reactome 資料庫分析生物途徑和基因列表。執行途徑富集分析、將基因對應到途徑，並探索系統生物學研究中的分子交互作用。

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
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3

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Teste es

Verwendung von "reactome-database". 分析基因進行途徑富集：TP53、BRCA1、EGFR

Erwartetes Ergebnis:

  • 分析結果：
  • • 提交的基因數量：3
  • • 令牌：XXXXXX（有效期 7 天）
  • • 頂級途徑：細胞週期，有絲分裂（R-HSA-69278）
  • • p 值：0.000023，FDR：0.00156
  • • 在瀏覽器中查看：https://reactome.org/PathwayBrowser/...

Verwendung von "reactome-database". 查詢途徑 R-HSA-69278

Erwartetes Ergebnis:

  • 途徑：細胞週期，有絲分裂
  • • ID：R-HSA-69278
  • • 類型：途徑
  • • 物種：智人
  • • 描述：細胞分裂週期，由間期和有絲分裂期組成……

Verwendung von "reactome-database". 搜尋細胞凋亡途徑

Erwartetes Ergebnis:

  • 'apoptosis' 的搜尋結果：
  • • R-HSA-109606：外源性細胞凋亡途徑
  • • R-HSA-111885：內源性細胞凋亡途徑
  • • R-HSA-1234154：細胞凋亡調控
  • • R-HSA-1388673：細胞凋亡核碎片化

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Gescannte Dateien
1,257
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚡ Enthält Skripte (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
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Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

基因集富集分析

從 RNA-seq 或蛋白質體學提交基因列表，以識別富集的生物途徑

跨物種途徑對應

將小鼠或模式生物的基因對應到人類途徑以進行比較分析

途徑探索

查詢特定途徑以了解分子機制和疾病關聯

Probiere diese Prompts

基本途徑查詢 
查詢 Reactome 資料庫中的途徑 R-HSA-69278，並顯示途徑名稱、物種和描述
基因富集 
對這些基因進行途徑富集分析：TP53、BRCA1、EGFR、MYC、CDK1。顯示具有 FDR 值的顯著途徑
途徑搜尋 
搜尋 Reactome 中與細胞凋亡相關的途徑，並顯示前 10 個結果及其途徑 ID
實體查詢 
列出細胞週期途徑（R-HSA-69278）中所有參與的蛋白質和分子

Bewährte Verfahren

  • 儲存分析令牌以便稍後擷取結果，而無需重新提交基因
  • 依 FDR 閾值（預設 0.05）篩選結果，以專注於顯著途徑
  • 對非人類物種使用投影端點，將基因對應到人類途徑

Vermeiden

  • 逐一提交基因而非批次提交
  • 忽略 7 天令牌有效期限以進行結果擷取
  • 分析跨物種資料時未檢查物種相容性

Häufig gestellte Fragen

Reactome 接受哪些識別符格式？
UniProt 存取编号、基因符號、Ensembl ID、EntrezGene ID、用於小分子的 ChEBI。
分析令牌的有效期是多久？
分析令牌有效期為 7 天。請儲存它們以無需重新提交即可擷取結果。
我可以分析非人類基因嗎？
可以，使用投影端點將小鼠、大鼠或其他物種對應到人類途徑。
輸出格式是什麼？
包含途徑、p 值、FDR、實體計數和用於瀏覽器視覺化的令牌的 JSON。
此技能可以離線使用嗎？
不行，此技能需要網際網路連線才能查詢 Reactome REST API。
Reactome 中有多少條途徑？
Reactome 包含 2,825 條以上人類途徑，16,000 條以上反應和 11,000 種以上蛋白質。

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md