技能 scikit-bio

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scikit-bio

Name: scikit-bio
Author: davila7

內容修訂 r2 安全 ⚙️ 外部命令🌐 網路存取

使用 scikit-bio 分析生物資料

生物資訊學工作通常需要正確的序列、樹、多樣性與排序分析工作流程。這項技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 使用 scikit-bio API。

支援: Claude Codex Code(CC)

📊 74 尚可

Maintain this Skill? Claim it 📊 74 尚可

使用我的智慧代理安裝

將此請求複製給你的智慧代理，其中包含權威 Skill 頁面和清單。

智能體請求

Review the Skillstore skill "scikit-bio" from https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-scikit-bio/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智慧代理仍應顯示其計畫，並依安全政策請求必要確認。

Agent 可讀資源

當 AI Agent、爬蟲或腳本需要乾淨脈絡、而不是讀取完整頁面時，請使用這些連結。

Markdown 詳情 GET /skills/davila7-scikit-bio.md 已簽名 manifest GET /api/skills/davila7-scikit-bio/manifest 已簽名 lockfile GET /api/skills/davila7-scikit-bio/lockfile

測試它

正在使用「scikit-bio」。我有一個 BIOM 表格、樣本 metadata 和一棵樹。我該如何檢定群組差異？

預期結果:

一個會檢查計數 ID、計算 UniFrac 距離、執行 PCoA、套用 PERMANOVA，並註記離散度檢查的工作流程。

正在使用「scikit-bio」。我需要讀取 FASTQ 記錄、移除 gaps、翻譯序列，並匯出 FASTA。

預期結果:

使用 scikit-bio readers、grammared sequence classes、degap operations、translation 與明確輸出格式設定的序列處理計畫。

正在使用「scikit-bio」。在 UniFrac 分析前，我的 tree tips 和 feature IDs 不相符。

預期結果:

用於比較 ID、找出缺失標籤、修剪樹並確認表格對齊的疑難排解清單。

安全審計

安全

v9 • 2026/7/23 開啟版本化報告

All 39 static findings are false positives caused by Markdown code fences, inline code formatting, documentation links, or benign scientific terminology. The skill contains educational scikit-bio examples and no command-execution logic, network requests, reconnaissance behavior, or prompt injection.

已掃描檔案

1,182

分析行數

複核項目

已忽略的誤報

最近一次完成的靜態與語意稽核未偵測到已確認的安全發現。這並不能證明該 Skill 沒有副作用。

審計單位: codex 檢視審計紀錄 →

分享與引用此報告

分享版本化評估報告、中性徽章、嵌入卡片與引用。Skillstore 只報告證據，不判斷該 Skill 是否安全。

開啟版本化報告

複製報告連結

https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdown 徽章

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scikit-bio/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio?utm_source=security_passport_badge)

HTML 徽章

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scikit-bio/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

嵌入卡片

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-scikit-bio.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). scikit-bio security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-scikit-bio-2026,
  author = {davila7},
  title = {scikit-bio security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "scikit-bio security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-scikit-bio/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-scikit-bio:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比較變體

2 個可安裝變體

每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。

為何此變體排名第一

Skillstore 評分最高

作者 / 來源 Skillstore 評分證據置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推薦目前

davila7-scikit-bio

Skillstore 評分 74

證據置信度高

Skillstore 使用量 11

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-scikit-bio

Skillstore 評分 71

證據置信度高

Skillstore 使用量 19

已更新

2026-09-09

Skillstore 評分

評分依據證據置信度: 高

架構

可維護性

內容

社群

規範符合度

你可以打造什麼

建立微生物組多樣性工作流程

為樣本計數資料規劃 alpha diversity、beta diversity、排序分析與 PERMANOVA 步驟。

處理生物序列檔案

為 FASTA、FASTQ、GenBank 與比對格式選擇 scikit-bio 類別與檔案讀取器。

審查系統發育樹分析

為演化問題選擇樹建構、修剪、定根、遍歷與距離方法。

試試這些提示

選擇序列工作流程

使用 scikit-bio skill，推薦一個用於讀取 DNA 序列、檢查品質 metadata、尋找基序並寫入結果的工作流程。

規劃微生物組統計

使用 scikit-bio skill，為我的樣本計數與 metadata 設計 alpha diversity、beta diversity、PCoA 與 PERMANOVA 工作流程。

比較系統發育樹

使用 scikit-bio skill，針對我的分類群比較樹建構選項、定根需求、修剪步驟與樹距離指標。

最佳化大型分析

使用 scikit-bio skill，審查我的大型微生物組工作流程中的記憶體風險、generator 使用、BIOM 儲存與快取中間結果。

最佳實務

當 DNA、RNA 或蛋白質資料需要字母表驗證時，使用 grammared sequence classes。
對大型輸入使用 generators 與 BIOM HDF5 檔案，以降低記憶體壓力。
在解讀距離矩陣中的群組差異時，將 PERMANOVA 與離散度檢查搭配使用。

避免

不要將相對豐度用於需要整數計數資料的指標。
在確認 tree tips 與 feature IDs 相符之前，不要執行系統發育多樣性指標。
當 streaming readers 可以逐筆增量處理記錄時，不要將大型序列檔案載入記憶體。

常見問題

這項技能會安裝 scikit-bio 嗎？

不會。它說明 scikit-bio 工作流程並包含安裝範例，但由使用者控制套件安裝。

它涵蓋哪些檔案格式？

它涵蓋 scikit-bio 描述的序列、比對、樹、表格、距離矩陣、排序分析、metadata、BLAST 與 GFF3 格式。

它可以協助微生物組分析嗎？

可以。它涵蓋 alpha diversity、beta diversity、UniFrac、排序分析、PERMANOVA、ANOSIM 與相關的微生物組工作流程。

它可以分析蛋白質 embeddings 嗎？

可以。它描述 scikit-bio embedding objects、距離轉換、排序分析，以及匯出到 array 或 dataframe 結構。

它可以取代科學審查嗎？

不會。它支援方法選擇與 API 使用，但生物學解讀仍需要專家審查。

它與 Claude Code 和 Codex 相容嗎？

可以。報告列出對 Claude、Codex 和 Claude Code 的支援。

開發者詳細資訊

作者

davila7

授權

MIT

Skillstore 修訂

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/scikit-bio

引用

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

維護新鮮度

2026/7/28

使用量

5 次下載 · 360 次瀏覽

檔案結構

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md

scikit-bio

使用我的智慧代理安裝

Agent 可讀資源

測試它

安全審計

風險因素

複製報告連結

Markdown 徽章

HTML 徽章

嵌入卡片

APA 引用

BibTeX 引用

CITATION.cff

比較變體

Skillstore 評分

你可以打造什麼

建立微生物組多樣性工作流程

處理生物序列檔案

審查系統發育樹分析

試試這些提示

最佳實務

避免

常見問題

開發者詳細資訊