技能 scanpy
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scanpy
內容修訂 r1 安全 📁 檔案系統存取⚙️ 外部命令🌐 網路存取
使用 Scanpy 分析單細胞 RNA-Seq
單細胞 RNA-seq 工作流程需要謹慎的 QC、正規化、分群與文件化。此技能提供 Scanpy 工作流程、指令碼、範本與參考資料，用於可重現的分析。
支援: Claude Codex Code(CC)
使用我的智慧代理安裝
將此請求複製給你的智慧代理，其中包含權威 Skill 頁面和清單。
智能體請求
Review the Skillstore skill "scanpy" from https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-scanpy/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.你的智慧代理仍應顯示其計畫，並依安全政策請求必要確認。
Agent 可讀資源
當 AI Agent、爬蟲或腳本需要乾淨脈絡、而不是讀取完整頁面時，請使用這些連結。
測試它
正在使用「scanpy」。 使用者要求對 PBMC h5ad 檔案進行 QC。
預期結果:
回應列出 QC 指標、圖表名稱、閾值範圍、篩選步驟和已儲存的篩選後資料輸出。
正在使用「scanpy」。 使用者詢問如何註釋分群。
預期結果:
回應建議標記基因、dot plots、UMAP 檢查、分群到細胞類型對照表和驗證備註。
正在使用「scanpy」。 使用者要求發表用圖表。
預期結果:
回應提出 UMAP、heatmap、dot plot、violin plot 和用於圖表就緒檔案的匯出設定。
安全審計
安全v9 • 2026/7/23 開啟版本化報告
The flagged Ruby or shell execution patterns are Markdown code fences, inline documentation, or user-run examples. The filesystem and network findings are expected local output creation and public documentation links.
6
已掃描檔案
1,690
分析行數
0
複核項目
0
已忽略的誤報
風險因素
📁 檔案系統存取 (2)
⚙️ 外部命令 (50)
SKILL.md:27-36 SKILL.md:36-40 SKILL.md:40-50 SKILL.md:50-56 SKILL.md:56-67 SKILL.md:67-75 SKILL.md:75-90 SKILL.md:90-93 SKILL.md:93-95 SKILL.md:95-99 SKILL.md:99-121 SKILL.md:121-125 SKILL.md:125-139 SKILL.md:139-143 SKILL.md:143-151 SKILL.md:151-155 SKILL.md:155-166 SKILL.md:166-170 SKILL.md:170-189 SKILL.md:189-193 SKILL.md:193-200 SKILL.md:200-206 SKILL.md:206-228 SKILL.md:228-230 SKILL.md:230-234 SKILL.md:234-243 SKILL.md:243-247 SKILL.md:247-253 SKILL.md:253-257 SKILL.md:257-262 SKILL.md:262-266 SKILL.md:266-271 SKILL.md:271-276 SKILL.md:276-277 SKILL.md:277-278 SKILL.md:278-281 SKILL.md:281-284 SKILL.md:284-285 SKILL.md:285 SKILL.md:288-289 SKILL.md:289-292 SKILL.md:292-296 SKILL.md:296-301 SKILL.md:301-310 SKILL.md:310-313 SKILL.md:313-332 SKILL.md:332 SKILL.md:333-334 SKILL.md:334-335 SKILL.md:335-357
🌐 網路存取 (3)
最近一次完成的靜態與語意稽核未偵測到已確認的安全發現。這並不能證明該 Skill 沒有副作用。
審計單位: codex 檢視審計紀錄 →
分享與引用此報告
分享版本化評估報告、中性徽章、嵌入卡片與引用。Skillstore 只報告證據，不判斷該 Skill 是否安全。
複製報告連結
https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdown 徽章
[](https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy?utm_source=security_passport_badge)HTML 徽章
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scanpy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>嵌入卡片
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-scanpy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>學術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA 引用
davila7. (2026). scanpy security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9BibTeX 引用
@techreport{davila7-davila7-scanpy-2026,
author = {davila7},
title = {scanpy security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "scanpy security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-scanpy/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-scanpy:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
比較變體
2 個可安裝變體每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。
為何此變體排名第一
Skillstore 評分最高
作者 / 來源 Skillstore 評分 證據置信度 Skillstore 使用量 已更新
Skillstore 評分
評分依據 證據置信度: 高 82
架構
85
可維護性
85
內容
74
社群
83
規範符合度
你可以打造什麼
執行初始資料集 QC
對新的 10X 或 h5ad 資料集執行品質控制和分群。
建立可重現工作流程
建立具有儲存輸出和已記錄參數的 Scanpy 工作流程。
準備分析圖表
在準備圖表前比較標記、軌跡和條件效應。
試試這些提示
執行初始 QC
使用 Scanpy skill 為我的 h5ad 檔案規劃 QC。包含指標、閾值、圖表和預期輸出。
建立標準工作流程
建立一個 Scanpy 工作流程，用於載入 10X 資料、正規化細胞、分群並儲存結果。解釋每個分析選擇。
調整分群選擇
檢視我的 Scanpy 結果，並建議接下來要測試的分群解析度、PCA 維度和鄰近設定。包含驗證檢查。
準備發表分析
設計進階 Scanpy 分析計畫，包含標記排序、註釋驗證、差異表現分析、軌跡檢查和發表用圖表。
最佳實務
- 在篩選基因前儲存原始計數。
- 依據資料集特定圖表調整 QC 閾值。
- 使用多個標記基因驗證註釋。
避免
- 不要在未檢查資料品質的情況下重用閾值。
- 不要將分群編號視為生物學標籤。
- 不要在長工作流程中跳過中間輸出。
常見問題
它支援哪些資料格式？
範例涵蓋 h5ad、10X HDF5、10X MTX 目錄和 CSV 檔案。
它可以自動執行 QC 嗎？
可以。內建 QC 指令碼會載入本機資料、製作圖表、篩選細胞和基因，並寫入篩選後的 h5ad 檔案。
它會安裝 Scanpy 嗎？
不會。你必須提供包含 Scanpy 及其相依套件的 Python 環境。
它可以註釋細胞類型嗎？
它支援使用標記基因進行手動註釋。最終標籤應由領域專家驗證。
它會使用網路服務嗎？
沒有任何分析步驟會呼叫遠端服務。文件會連結到公開的 Scanpy 資源。
它可以處理大型資料集嗎？
可以，但記憶體和執行時間取決於本機電腦和資料集大小。
開發者詳細資訊
作者
davila7授權
MIT
Skillstore 修訂
r1
版本提示
作者未聲明版本。
引用
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
維護新鮮度
2026/7/25
使用量
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檔案結構