スキル cosmic-database

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cosmic-database

Name: cosmic-database
Author: davila7

安全 ⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス

從 COSMIC 資料庫下載癌症突變資料

こちらからも入手できます: K-Dense-AI

癌症研究人員需要以程式化方式存取全球最大的體細胞突變資料庫。此技能可透過驗證下載 COSMIC 癌症基因體資料,包括突變、基因註釋和臨床變異,用於研究和精準腫瘤學。

対応: Claude Codex Code(CC)

🥉 75 ブロンズ

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オンにして利用開始

テストする

「cosmic-database」を使用しています。下載 GRCh38 的 Cancer Gene Census

期待される結果:

使用提供的憑證通過 COSMIC 驗證
已下載 cancer_gene_census.csv(723 個癌症基因)
檔案包含專家精選的基因註釋,包括角色、突變類型和組織關聯
資料包括 356 個癌基因和 367 個腫瘤抑制基因

「cosmic-database」を使用しています。取得 TP53 基因的最新 COSMIC 突變

期待される結果:

已下載 CosmicMutantExport.tsv.gz(壓縮後 3.2 GB)
檔案包含所有癌症類型的 870 萬個體細胞突變
TP53 在 COSMIC 中記錄了 47,823 個獨特突變
資料包括基因體座標、胺基酸變化和腫瘤類型關聯

「cosmic-database」を使用しています。下載突變特徵定義

期待される結果:

從 COSMIC signatures 目錄檢索 signatures.tsv
檔案包含 67 個 SBS 特徵的 96 通道配置檔
包括將特徵連結到突變過程的病因註釋
與 SigProfiler 和 deconstructSigs 分析工具相容

セキュリティ監査

安全

v5 • 1/17/2026

This skill is safe for publication. Static analysis flagged 116 potential issues, but manual review confirms these are false positives. The skill provides legitimate functionality for downloading cancer genomics data from the COSMIC database via authenticated API. All detected patterns are either documentation examples in markdown files or legitimate scientific data operations.

スキャンされたファイル

1,073

解析された行数

検出結果

総監査数

リスク要因

⚙️ 外部コマンド (72)

🌐 ネットワークアクセス (16)

references/cosmic_data_reference.md:7 references/cosmic_data_reference.md:16 references/cosmic_data_reference.md:19 references/cosmic_data_reference.md:217 references/cosmic_data_reference.md:218 scripts/download_cosmic.py:66 scripts/download_cosmic.py:93 scripts/download_cosmic.py:120 scripts/download_cosmic.py:123 scripts/download_cosmic.py:57 skill-report.json:6 SKILL.md:237 SKILL.md:28 SKILL.md:322 SKILL.md:323 SKILL.md:324

📁 ファイルシステムへのアクセス (5)

scripts/download_cosmic.py:103 skill-report.json:116 skill-report.json:116 skill-report.json:116 skill-report.json:116

監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

アーキテクチャ

100

保守性

コンテンツ

コミュニティ

100

セキュリティ

仕様準拠

作れるもの

下載突變資料集進行分析

檢索特定癌症類型或基因的全面體細胞突變資料,以支援研究和發表。

建立癌症基因體資料處理流程

將 COSMIC 資料下載整合到自動化生物資訊學工作流程中,用於變異註釋和臨床解讀。

存取抗藥性突變資料

下載臨床註釋的抗藥性突變和基因普查資料,以支援治療決策和生物標記發現。

これらのプロンプトを試す

下載突變資料

使用我的憑證下載最新的 GRCh38 COSMIC 編碼突變檔案

存取 Cancer Gene Census

下載 Cancer Gene Census 檔案並顯示癌基因與腫瘤抑制基因

取得結構變異

下載最新版本的 COSMIC 基因融合資料,並提取涉及 NTRK 基因的融合

下載抗藥性突變

下載 COSMIC 抗藥性突變檔案,並篩選與酪胺酸激酶抑制劑抗藥性相關的突變

ベストプラクティス

除非需要重現性而要求特定版本,否則請始終使用最新版本以取得當前資料
驗證基因體組裝版本與您的分析流程匹配,以避免座標不符
盡可能使用資料類型快捷方式,以簡化下載指令並減少錯誤

回避

不要在腳本中硬編碼密碼或在版本控制系統中分享憑證
當基因特定查詢即可滿足需求時,避免下載完整的突變匯出檔案
不要在新專案中使用 GRCh37 組裝版本,因為 GRCh38 是目前的標準

よくある質問

使用此技能需要 COSMIC 帳號嗎?

是的。學術用戶可在 cancer.sanger.ac.uk/cosmic/register 註冊後免費使用。商業用戶需要 QIAGEN 授權。

COSMIC 資料檔案有多大?

完整的突變匯出可能有數 GB。特定資料集如 Cancer Gene Census 較小(小於 1 MB)。請檢查可用磁碟空間。

我應該使用哪個基因體組裝版本?

建議新專案使用 GRCh38,因為這是目前的標準。僅在需要與舊版分析流程相容時才使用 GRCh37。

COSMIC 資料多久更新一次?

COSMIC 每季更新一次。在檔案路徑中使用 latest 可始終取得最新版本,或指定版本號以確保重現性。

我可以只下載特定基因的資料嗎?

此技能下載完整檔案。下載後使用 pandas 或命令列工具按基因篩選。CosmicMutantExportCensus.tsv.gz 僅包含 Cancer Gene Census 基因。

COSMIC 提供哪些檔案格式?

表格資料使用 TSV 和 CSV,變異使用 VCF。所有檔案都經過 gzip 壓縮。可使用 pandas、pysam、bcftools 或標準解壓縮工具讀取。

開発者の詳細

作成者

davila7

ライセンス

MIT

リポジトリ

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/cosmic-database

参照

main

ファイル構成

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 SKILL.md