技能 sragent

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sragent

Name: sragent
Author: ArcInstitute

內容修訂 r2 高風險 🌐 網路存取📁 檔案系統存取🔑 環境變數⚙️ 外部命令

使用 SRAgent 分析 SRA 中繼資料

SRA 和 GEO 研究通常需要手動轉換登錄號、檢查中繼資料，以及查詢論文。此技能會引導 SRAgent 工作流程，用於資料集分析、下載和單細胞定序審查。

支援: Claude Codex Code(CC)

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智能體請求

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Agent 可讀資源

當 AI Agent、爬蟲或腳本需要乾淨脈絡、而不是讀取完整頁面時，請使用這些連結。

Markdown 詳情 GET /skills/arcinstitute-sragent.md 已簽名 manifest GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest 已簽名 lockfile GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

測試它

正在使用「sragent」。 Convert GSE121737 to SRX accessions.

預期結果:

結果會列出連結至 GEO series 的 SRA study。
接著會列出相關的 SRX experiment 登錄號，以供下游中繼資料檢查。
回應會說明 GEO、SRA study、experiment 和 run 識別碼之間的關係。

正在使用「sragent」。 Is SRX4967527 single-cell RNA-seq data?

預期結果:

回應會摘要來自 SRA 中繼資料和研究描述的證據。
它會識別可能的文庫製備技術和定序平台。
當中繼資料欄位不完整或互相衝突時，它會註明不確定性。

正在使用「sragent」。 Download papers for accessions in a CSV file.

預期結果:

工作流程會檢查登錄號欄位並執行 SRAgent 論文擷取。
結果會回報 PubMed ID、DOI 值、下載路徑和失敗項目。
它會將不可用或付費牆後的論文與成功下載項目分開。

安全審計

高風險

v9 • 2026/7/23 開啟版本化報告

Most matches are false positives caused by Markdown syntax, official URLs, placeholder credentials, and legitimate scientific database queries. Confirmed risks include secret disclosure, mutable source installation, predictable temporary files, command-line credentials, and silent file overwrite. No prompt injection or malicious exfiltration intent was found.

已掃描檔案

2,011

分析行數

複核項目

已忽略的誤報

已確認的安全問題 (1)

高

references/quick-reference.md:353

Environment file access

cat .env

The command prints the entire .env file, which commonly contains API keys and other credentials. Its output can be captured by logs or model context.

能力複核項目 (10)

這些是真實的本機能力，對此技能而言可能是預期行為，因此需要複核，但不會按已確認的惡意行為計分。

高

README.md:115

Generic API/secret keys

- Check API keys: `echo $ANTHROPIC_API_KEY`

The troubleshooting command expands and prints the full ANTHROPIC_API_KEY. This can disclose a live credential through terminal output, logs, or agent context.

高

references/quick-reference.md:344

Generic API/secret keys

env | grep -E "API_KEY|EMAIL|DYNACONF"

The env and grep command prints the full values of every matching API key. This exposes credentials to terminal output, logs, and any observing agent.

高

SKILL.md:31-42

Ruby/shell backtick execution

```bash

This command block clones the mutable default branch and runs uv pip install . without pinning or integrity verification. Installation can execute repository-controlled build code.

高

SKILL.md:69-73

Ruby/shell backtick execution

Prompt the user to provide the environment variables if they are not already set as environment vari

The instruction tells the agent to prompt users for environment-variable values, including API secrets. Entering them in chat exposes credentials to model context and logs.

高

SKILL.md:414-425

Ruby/shell backtick execution

```bash

This executable block passes CORE_API_KEY as a command-line option. Shell expansion exposes the secret in process arguments and possibly execution telemetry.

高

SKILL.md:430-437

Ruby/shell backtick execution

```bash

The troubleshooting block runs uv pip install . from a local SRAgent checkout without verifying its revision or contents. Package installation may execute untrusted build hooks.

高

SKILL.md:422

Generic API/secret keys

--core-api-key "$CORE_API_KEY" \

The shell expands CORE_API_KEY into a command-line argument. Other local processes and execution telemetry may capture the secret from the process argument list.

中

references/usage-examples.md:198

Temp directory access

SRAgent entrez "Convert GSE196830 to SRX accessions" > /tmp/srx_list.txt

The workflow writes a predictable shared /tmp filename with shell redirection. An attacker could pre-create a symlink and redirect or corrupt the output on shared systems.

中

references/usage-examples.md:206

Temp directory access

done < /tmp/srx_list.txt > /tmp/metadata.txt

The workflow reads and overwrites predictable shared /tmp filenames. Another local user could replace the input or exploit a symlink to affect output.

中

SKILL.md:260-276

Ruby/shell backtick execution

```bash

This example uses cat > accessions.csv, which silently overwrites an existing file in the working directory. Agent execution could destroy user data without confirmation.

風險因素

🌐 網路存取 (8)

README.md:10 SKILL.md:33 SKILL.md:441 SKILL.md:479 SKILL.md:481 SKILL.md:482 SKILL.md:483 SKILL.md:480

📁 檔案系統存取 (8)

README.md:54 README.md:55 README.md:109 README.md:54 README.md:55 README.md:109 references/usage-examples.md:198 references/usage-examples.md:206

🔑 環境變數 (22)

⚙️ 外部命令 (50)

SKILL.md:23-25 SKILL.md:25-29 SKILL.md:29-31 SKILL.md:31-42 SKILL.md:42-45 SKILL.md:45-47 SKILL.md:47-52 SKILL.md:52-54 SKILL.md:54-56 SKILL.md:56-58 SKILL.md:58-60 SKILL.md:60-62 SKILL.md:62-64 SKILL.md:64-66 SKILL.md:66-69 SKILL.md:69-73 SKILL.md:73-81 SKILL.md:81-87 SKILL.md:87-93 SKILL.md:93-140 SKILL.md:140-150 SKILL.md:150-159 SKILL.md:159-161 SKILL.md:161-177 SKILL.md:177-189 SKILL.md:189-191 SKILL.md:191-200 SKILL.md:200-201 SKILL.md:201 SKILL.md:202-205 SKILL.md:205-220 SKILL.md:220-223 SKILL.md:223-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-236 SKILL.md:236-245 SKILL.md:245-248 SKILL.md:248-257 SKILL.md:257-260 SKILL.md:260-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-288 SKILL.md:288-296 SKILL.md:296-314 SKILL.md:314-320 SKILL.md:320-337 SKILL.md:337-342 SKILL.md:342 SKILL.md:343

審計單位: codex 檢視審計紀錄 →

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Markdown 徽章

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HTML 徽章

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學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

ArcInstitute. (2026). sragent security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{arcinstitute-arcinstitute-sragent-2026,
  author = {ArcInstitute},
  title = {sragent security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "sragent security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "ArcInstitute"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:arcinstitute-sragent:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Skillstore 評分

評分依據證據置信度: 中

架構

可維護性

內容

社群

規範符合度

你可以打造什麼

轉換登錄號以進行資料集審查

在進行更深入分析前，轉換 GSE、SRP、PRJNA、SRX 和 SRR 識別碼。

驗證單細胞實驗中繼資料

檢查定序實驗的生物體、平台、文庫製備和單細胞技術。

為 SRA 研究收集論文

尋找連結的出版物、擷取 DOI 資訊，並為登錄號清單下載可用手稿。

試試這些提示

轉換單一登錄號

Convert GSE121737 to SRX accessions and explain the relationship between the identifiers.

摘要實驗中繼資料

Summarize SRX4967527 with organism, sequencing platform, library strategy, and likely assay type.

尋找資料集出版物

Find publications linked to PRJNA498286 and report PubMed IDs, DOI status, and available manuscript downloads.

批次註解研究

For all SRX accessions from GSE196830, create a metadata table with technology, organism, paper links, and download status.

最佳實務

在執行登錄號或論文工作流程前，確認已安裝 SRAgent。
對祕密資訊使用存在性檢查，並避免印出 API 金鑰值。
限制批次並行數，以遵守 NCBI、CORE、PubMed 和出版社的速率限制。

避免

請勿將 API 金鑰、服務帳戶檔案或 .env 內容貼到聊天中。
在未確認輸出路徑和預期檔案數量前，請勿執行批次下載。
在未檢查開放取用可用性前，請勿將缺少論文下載視為資料集錯誤。

常見問題

此技能可協助查詢哪些資料庫？

它著重於 SRA、GEO、ENA 相關登錄號、PubMed 連結，以及相關的基因體學中繼資料來源。

此技能會自動安裝 SRAgent 嗎？

不會。它會為本機 SRAgent 安裝提供設定與命令指引。

可能需要哪些 API 金鑰？

模型呼叫可能需要 OpenAI 或 Anthropic 金鑰。部分工作流程可選用 NCBI、CORE 和 Google Cloud 金鑰。

它可以在沒有 BigQuery 的情況下運作嗎？

可以。文件會說明在 Google Cloud 憑證不可用時，基於 Entrez 的後備工作流程。

它可以下載每一篇連結的論文嗎？

不可以。下載取決於開放取用可用性、出版社存取權限，以及第三方服務限制。

這只適用於 single-cell RNA-seq 嗎？

不是。它可以檢查許多定序實驗，並針對單細胞技術識別提供額外指引。

開發者詳細資訊

作者

ArcInstitute

授權

MIT

Skillstore 修訂

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/ArcInstitute/SRAgent/tree/main/claude-skill/

引用

89edfdc710d0846129dcee6a929477b04f08052c

維護新鮮度

2026/7/26

使用量

7 次下載 · 524 次瀏覽

檔案結構

📄 README.md

📁 references/

📄 example-settings.yml

📄 metadata-fields.md

📄 quick-reference.md

📄 usage-examples.md

📄 SKILL.md

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查詢 NCBI Gene 資料

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基因查詢通常需要重複呼叫 NCBI API，並謹慎設定生物體篩選條件。此技能提供用於搜尋、擷取與批次處理基因註釋的腳本和工作流程。

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bioservices

使用 BioServices 分析生物資訊資料

由 davila7

生物資訊工作經常需要在彼此分散的公共資料庫之間反覆查詢。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 執行 BioServices 工作流程，處理蛋白質、路徑、化合物和識別碼。

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分析 DrugBank 資料以進行研究

由 davila7

DrugBank 研究通常需要謹慎的 XML 解析、版本化資料存取，以及結構化的藥理學查詢。此技能為在 Claude、Codex 和 Claude Code 中進行 DrugBank 分析提供聚焦的指引與輔助模式。

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查詢 KEGG 生物資訊學資料

由 davila7

生物資訊學工作經常需要來自 KEGG 的路徑、基因、化合物和藥物對應關係。此技能可協助 Claude、Codex 和 Claude Code 查詢 KEGG REST API 並解讀結果。

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路徑分析需要精確的 Reactome 端點和有效的資料格式。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 進行查詢、富集分析與結果解讀。

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sragent

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風險因素

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BibTeX 引用

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Skillstore 評分

你可以打造什麼

轉換登錄號以進行資料集審查

驗證單細胞實驗中繼資料

為 SRA 研究收集論文

試試這些提示

最佳實務

避免

常見問題

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