技能 lamindb

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lamindb

Name: lamindb
Author: davila7

内容修订 r2 中风险 📁 文件系统访问🌐 网络访问🔑 环境变量⚙️ 外部命令

使用 LaminDB 管理生物数据

生物学团队需要可追溯的数据，并且这些数据在文件、工作流和注释之间仍然可查询。此技能指导 LaminDB 设置、整理、谱系跟踪和集成模式。

支持: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 50 差

使用我的智能体安装

将此请求复制给你的智能体，其中包含权威 Skill 页面和清单。

智能体请求

Review the Skillstore skill "lamindb" from https://skillstore.io/skills/davila7-lamindb.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-lamindb/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。

Agent 可读资源

当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。

Markdown 详情 GET /skills/davila7-lamindb.md 已签名 manifest GET /api/skills/davila7-lamindb/manifest 已签名 lockfile GET /api/skills/davila7-lamindb/lockfile

测试它

正在使用“lamindb”。为带有本体验证的单细胞数据规划一个 LaminDB 设置。

预期结果:

一个分阶段计划，涵盖实例设置、schema 设计、Bionty 导入、整理检查和 artifact 注册。

正在使用“lamindb”。解释如何在不加载每个文件的情况下找到所有经过处理的 PBMC 数据集。

预期结果:

一个查询优先的工作流，使用 artifact 过滤器、feature 元数据、表格预览和选择性加载。

正在使用“lamindb”。为一个小型生物学团队比较本地 SQLite 和云端 PostgreSQL 部署。

预期结果:

一份权衡总结，涵盖协作、存储持久性、性能、凭据、备份和迁移步骤。

安全审计

中风险

v9 • 2026/7/23 打开版本化报告

Most analyzer hits are false positives caused by the Python alias ln, Markdown backticks, placeholders, and documentation links. Confirmed risks include default MinIO credentials, plaintext HTTP, permissive shared-cache access, shared temporary storage, and unguarded recursive deletion. Database passwords in command arguments and unprotected database backups are additional context-level risks.

已扫描文件

3,589

分析行数

复核项

已忽略误报

已确认安全问题 (2)

中

references/setup-deployment.md:128 references/setup-deployment.md:133 references/setup-deployment.md:300

Database Passwords Exposed in Command Arguments

Database connection examples place passwords directly in command arguments. Real values can leak through shell history and process listings.

The documented commands visibly embed password fields in PostgreSQL URLs passed on the command line. The exposure mechanism is direct and well established.

中

references/setup-deployment.md:633

Database Backup Written Without Protection

The pg_dump example writes a full database backup to the current directory without restrictive permissions or encryption. Backups can contain sensitive metadata.

The command redirects the complete database dump to a local file and provides no permission, location, cleanup, or encryption safeguard.

能力复核项 (12)

这些是真实的本地能力，对此技能可能是预期行为，因此需要复核，但不会按已确认恶意行为计分。

高

references/integrations.md:49

AWS credential environment variables

export AWS_ACCESS_KEY_ID=minioadmin

The example configures MinIO with the public default minioadmin credential pair. Copying it creates a predictable account that can permit unauthorized storage access.

高

references/integrations.md:50

AWS credential environment variables

export AWS_SECRET_ACCESS_KEY=minioadmin

The example configures MinIO with the public default minioadmin credential pair. Copying it creates a predictable account that can permit unauthorized storage access.

高

references/setup-deployment.md:362

sudo privilege escalation

sudo chmod 755 /shared/cache/lamindb

The privileged command assigns mode 755 to a shared cache. All local users can traverse it, potentially exposing cached research data through permissive file modes.

高

references/setup-deployment.md:257

AWS credential environment variables

export AWS_ACCESS_KEY_ID=minioadmin

The MinIO setup repeats the public default minioadmin credential pair. A copied deployment can expose the storage account to trivial credential guessing.

高

references/setup-deployment.md:258

AWS credential environment variables

export AWS_SECRET_ACCESS_KEY=minioadmin

The MinIO setup repeats the public default minioadmin credential pair. A copied deployment can expose the storage account to trivial credential guessing.

中

references/integrations.md:46

Hardcoded URL

lamin init --storage 's3://bucket?endpoint_url=http://minio.example.com:9000'

The MinIO example uses plaintext HTTP. Authentication headers and research data can be exposed or modified on untrusted networks.

中

references/setup-deployment.md:118

Hardcoded URL

lamin init --storage 's3://bucket?endpoint_url=http://endpoint:9000'

The storage example uses a plaintext HTTP endpoint. Credentials and stored data can be intercepted or altered when the endpoint is not locally isolated.

中

references/setup-deployment.md:260

Hardcoded URL

lamin init --storage 's3://my-bucket?endpoint_url=http://minio.example.com:9000'

The MinIO deployment example sends storage traffic over plaintext HTTP. This can expose credentials and biological data outside a trusted local network.

中

references/setup-deployment.md:499

Temp directory access

artifact.export("/tmp/export/")

The migration exports artifacts to the predictable shared /tmp/export path. This can expose biological data or collide with attacker-controlled paths on multi-user hosts.

中

references/setup-deployment.md:505

Temp directory access

for file in Path("/tmp/export/").glob("*"):

The migration imports every file found in a predictable shared temporary directory. Another local user could place unintended files into the production import.

中

references/setup-deployment.md:381

Python shutil operations

shutil.rmtree(ln.settings.cache_dir)

The example recursively deletes the configured cache without validating the resolved path or requesting confirmation. A bad setting can cause destructive deletion.

中

references/setup-deployment.md:685

Python shutil operations

shutil.rmtree(ln.settings.cache_dir)

The troubleshooting example recursively deletes the configured cache without a path guard or confirmation. Misconfiguration can turn cache cleanup into destructive deletion.

风险因素

📁 文件系统访问 (40)

🌐 网络访问 (16)

references/integrations.md:535 references/integrations.md:46 references/integrations.md:72 references/integrations.md:491 references/integrations.md:494 references/integrations.md:535 references/setup-deployment.md:118 references/setup-deployment.md:260 references/setup-deployment.md:266 references/setup-deployment.md:407 references/setup-deployment.md:423 SKILL.md:380 SKILL.md:381 SKILL.md:382 SKILL.md:383 SKILL.md:384

🔑 环境变量 (14)

references/integrations.md:49 references/integrations.md:50 references/integrations.md:612 references/integrations.md:613 references/integrations.md:620 references/setup-deployment.md:205 references/setup-deployment.md:206 references/setup-deployment.md:257 references/setup-deployment.md:258 references/setup-deployment.md:263 references/setup-deployment.md:264 references/setup-deployment.md:244 references/setup-deployment.md:206 references/setup-deployment.md:264

⚙️ 外部命令 (46)

references/setup-deployment.md:633 references/setup-deployment.md:351 references/setup-deployment.md:352 references/setup-deployment.md:362 references/setup-deployment.md:363 SKILL.md:46 SKILL.md:48 SKILL.md:51 SKILL.md:57 SKILL.md:58 SKILL.md:72 SKILL.md:95 SKILL.md:96 SKILL.md:97 SKILL.md:101 SKILL.md:114 SKILL.md:123 SKILL.md:154 SKILL.md:159 SKILL.md:160 SKILL.md:185 SKILL.md:191-218 SKILL.md:218-222 SKILL.md:222-251 SKILL.md:251-255 SKILL.md:255-281 SKILL.md:281-285 SKILL.md:285-305 SKILL.md:305-311 SKILL.md:311-313 SKILL.md:313-314 SKILL.md:314-316 SKILL.md:316-319 SKILL.md:319 SKILL.md:321-326 SKILL.md:326-331 SKILL.md:331-336 SKILL.md:336-345 SKILL.md:345-351 SKILL.md:351-361 SKILL.md:361-369 SKILL.md:369-370 SKILL.md:370-371 SKILL.md:371-372 SKILL.md:372-373 SKILL.md:373-374

审计者: codex 查看审计历史 →

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[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-lamindb/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-lamindb?utm_source=security_passport_badge)

HTML 徽章

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嵌入卡片

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-lamindb.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学术引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). lamindb security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-lamindb/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-lamindb-2026,
  author = {davila7},
  title = {lamindb security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-lamindb/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "lamindb security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-lamindb/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-lamindb:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比较变体

2 个可安装变体

每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。

为什么此变体排名第一

Skillstore 评分最高

作者 / 来源 Skillstore 评分证据置信度 Skillstore 使用量已更新

K-Dense-AI 推荐

k-dense-ai-lamindb

Skillstore 评分 75

证据置信度高

Skillstore 使用量 13

已更新

2026-09-09

davila7 当前

davila7-lamindb

Skillstore 评分 50

证据置信度高

Skillstore 使用量 10

已更新

2026-09-09

Skillstore 评分

评分依据证据置信度: 高

架构

可维护性

内容

社区

规范符合性

你能构建什么

整理单细胞数据集

验证 AnnData 元数据、标准化细胞类型，并保存可追溯的 artifacts 以便后续查询。

构建受治理的数据目录

定义 features、schemas 和本体术语，使研究数据集保持可搜索和可复现。

规划生产部署

比较本地、云端、PostgreSQL、存储、缓存和工作流集成模式，以供团队使用。

试试这些提示

启动 LaminDB 项目

帮助我为我的生物学数据集规划一个 LaminDB 项目。包括存储、schema 和首个 artifact 步骤。

设计验证 schemas

为我的 AnnData 元数据设计一种 LaminDB 验证方法。包括必填字段和本体检查。

查询研究数据

展示如何按组织、条件、创建者、日期和 feature 注释查询 LaminDB artifacts。

设计团队部署架构

审查一个团队使用云存储、PostgreSQL、Git 同步和工作流管理器的 LaminDB 部署。

最佳实践

在注册大型已整理数据集之前，先定义 schemas 和本体映射。
在保存派生 artifacts 之前，使用谱系元数据跟踪分析。
为云部署使用明确经过用户批准的凭据和存储设置。

避免

不要在通过元数据查询缩小结果范围之前加载大型 artifacts。
不要在共享示例、notebooks 或日志中存储真实云密钥。
不要在没有明确确认的情况下清除缓存或更改系统目录。

常见问题

LaminDB 用于什么？

LaminDB 使用可查询元数据、谱系、验证和基于本体的注释来组织生物数据集。

此技能会安装 LaminDB 吗？

不会。它解释设置命令和工作流模式，用户可以在运行前进行审查。

它能帮助处理单细胞数据吗？

可以。它包括 AnnData、MuData、SpatialData、本体验证和 artifact 跟踪模式。

它支持云存储规划吗？

支持。它涵盖 S3、GCS、S3-compatible storage、PostgreSQL、缓存设置和部署权衡。

应如何处理凭据？

使用用户批准的密钥管理，并避免将真实密钥粘贴到 prompts、示例、日志或共享文件中。

它能替代数据治理审查吗？

不能。它提供技术指导，但受监管的生物数据仍然需要本地合规审查。

开发者详情

作者

davila7

许可证

MIT

Skillstore 修订

版本提示

作者未声明版本。

仓库

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/lamindb

引用

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

维护新鲜度

2026/7/24

使用量

6 次下载 · 519 次浏览

文件结构

📁 references/

📄 annotation-validation.md

📄 core-concepts.md

📄 data-management.md

📄 integrations.md

📄 ontologies.md

📄 setup-deployment.md

📄 SKILL.md