bioservices
使用 BioServices 分析生物信息学数据
生物信息学工作通常需要在彼此分离的公共数据库之间反复查询。此技能会指导 Claude、Codex 和 Claude Code 完成 BioServices 工作流，用于蛋白质、通路、化合物和标识符相关任务。
使用我的智能体安装
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Review the Skillstore skill "bioservices" from https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-bioservices/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。
Agent 可读资源
当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。
测试它
正在使用“bioservices”。 使用蛋白质、通路和 GO 工作流分析 ZAP70_HUMAN。
预期结果:
结果会识别 UniProt 条目，报告序列可用性，列出匹配的 KEGG 通路，并按 biological process、molecular function 和 cellular component 对 GO terms 分组。
正在使用“bioservices”。 将包含 UniProt accessions 的文本文件转换为 KEGG identifiers。
预期结果:
结果会描述源数据库和目标数据库、已处理的标识符总数、成功映射、失败映射，以及保存供审查的 CSV 列。
正在使用“bioservices”。 查找 Geldanamycin 的跨数据库标识符。
预期结果:
结果会总结选定的 KEGG compound、ChEBI identifier、ChEMBL identifier、分子属性以及任何相关通路引用。
安全审计
安全All 138 static findings are false positives caused by Markdown formatting, biological identifiers, harmless prose, and documented result exports. No dynamic execution, system reconnaissance, prompt injection, or malicious network intent was found. The workflows intentionally contact public biological services and may write user-selected output files.
风险因素
📁 文件系统访问 (10)
⚙️ 外部命令 (50)
🌐 网络访问 (2)
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分享版本化评估报告、中性徽章、嵌入卡片和引用。Skillstore 只报告证据，不判断该 Skill 是否安全。
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[](https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices?utm_source=security_passport_badge)HTML 徽章
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-bioservices/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>嵌入卡片
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-bioservices.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学术引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA 引用
davila7. (2026). bioservices security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9BibTeX 引用
@techreport{davila7-davila7-bioservices-2026,
author = {davila7},
title = {bioservices security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
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url = {https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "bioservices security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-bioservices:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
比较变体
2 个可安装变体每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。
为什么此变体排名第一
Skillstore 评分
评分依据 证据置信度: 高你能构建什么
表征蛋白质
查找 UniProt 条目，检索序列数据，映射通路，并收集一个蛋白质的 GO 注释。
映射研究标识符
将批量 UniProt、KEGG、Ensembl、RefSeq、PDB 和 GO 标识符转换为目标数据库 ID。
交叉引用化合物
按名称搜索化合物，并收集 KEGG、ChEBI、ChEMBL、分子式、质量和通路信息。
试试这些提示
使用 BioServices skill 查找 [protein name or UniProt ID]。返回 UniProt ID、基因名称、生物体、序列可用性和关键注释。
使用 batch identifier workflow 将我的 [source database] IDs 转换为 [target database]。说明输入格式、分块大小、输出列和失败处理方式。
对 organism code [organism code] 使用 KEGG pathway workflow。总结通路数量、相互作用类型、导出文件和速率限制注意事项。
设计一个 BioServices workflow，从 [protein, gene, or compound] 开始，映射相关数据库 ID，检索注释，并在保存结果前列出验证检查项。
最佳实践
- 搜索基因符号时使用生物体过滤器，以减少歧义匹配。
- 添加延迟并对大型批次进行分块，以遵守公共数据库限制。
- 在提交序列或电子邮件之前，审查外部数据共享要求。
避免
- 未经明确批准，不要将专有序列发送到 BLAST。
- 不要假定第一个数据库匹配项对于有歧义的名称就是正确的。
- 不要用默认输出名称覆盖重要文件。
常见问题
什么是 BioServices？
此技能涵盖哪些数据库？
它是否只在本地运行分析？
我可以将它与 Claude Code 和 Codex 一起使用吗？
它能一次转换许多标识符吗？
BLAST 是可选的吗？
开发者详情
作者
davila7许可证
MIT
Skillstore 修订
r2
版本提示
作者未声明版本。
引用
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
维护新鲜度
2026/7/24
使用量
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