metabolomics-workbench-database
Запрос к базе данных Metabolomics Workbench
Также доступно от: davila7
Поиск и получение метаболомных данных из базы данных NIH Metabolomics Workbench, содержащей более 4200 исследований. Доступ к структурам метаболитов, метаданным исследований, номенклатуре RefMet и выполнение поиска масс-спектрометрии.
Скачать ZIP навыка
Загрузить в Claude
Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
Включите и начните использовать
Протестировать
Использование «metabolomics-workbench-database». Find all studies containing tyrosine
Ожидаемый результат:
- Найдено 47 исследований, содержащих тирозин:
- ST000001 - Комплексный метаболомный анализ метаболизма аминокислот
- ST000015 - Метаболические пути тирозина в ткани печени
- ST000042 - Профилирование аминокислот сыворотки при метаболических нарушениях
- Резюме исследования: Metabolomics Workbench содержит 47 исследований с измерениями тирозина в различных тканях, видах и состояниях заболеваний.
Использование «metabolomics-workbench-database». Search for compounds with m/z 180.06 using M+H adduct
Ожидаемый результат:
- Лучшие совпадения для m/z 180.06 (M+H, допуск 0.5 Да):
- Регистр 11: Глюкоза (C6H12O6) - точная масса 179.058
- Регистр 156: Фруктоза (C6H12O6) - точная масса 179.058
- Регистр 203: Манноза (C6H12O6) - точная ма��са 179.058
- Примечание: Эти моносахариды имеют одинаковую молекулярную формулу
Аудит безопасности
БезопасноAll 344 static findings are FALSE POSITIVES. The analyzer misidentified markdown documentation code blocks as shell commands, mass spectrometry ion adduct notation (M+H, M-H) as weak cryptographic algorithms, and legitimate database API calls as suspicious network activity. This is a documentation-only skill for the NIH Metabolomics Workbench - a legitimate scientific research database. No executable code exists.
Факторы риска
🌐 Доступ к сети (2)
⚙️ Внешние команды (2)
📁 Доступ к файловой системе (1)
Оценка качества
Что вы можете построить
Найти исследования для метаболита
Поиск всех метаболомных исследований, содержащих измерения конкретного метаболита, например глюкозы или цитрата.
Идентификация соединений по данным МС
Введите значения m/z из масс-спектрометрии для идентификации потенциальных кандидатов-метаболитов, соответствующих вашим данным.
Фильтрация исследований по заболеванию
Найти метаболомные исследования для конкретных заболеваний, таких как диабет или рак, с использованием определенных аналитических платформ.
Попробуйте эти промпты
Найти все исследования в Metabolomics Workbench, содержащие измерения [metabolite_name]. Верните идентификаторы исследований и краткие описания.
Найти соединения в Metabolomics Workbench, соответствующие m/z [value] с аддуктом [M+H] и допуском 0.5 Да. Перечислите лучшие совпадения.
Используйте RefMet для стандартизации названия метаболита [common_name]. Верните стандартизированное название и иерархию классификации.
Найти исследования метаболитов крови человека при заболевании [disease_name] с использованием аналитического метода [LCMS или GCMS или NMR].
Лучшие практики
- Используйте RefMet для стандартизации названий метаболитов перед поиском исследований для получения согласованных результатов
- Установите соответствующий допуск по массе в зависимости от разрешения вашего прибора (0.5 Да для МС низкого разрешения, 0.01 Да для МС высокого разрешения)
- Кэшируйте базу RefMet локально при выполнении множества запросов для уменьшения количества обращений к API
Избегать
- Поиск метаболитов без использования стандартизации RefMet может привести к пропуску соответствующих исследований
- Использование чрезмерного допуска по массе возвращает слишком много ложноположительных совпадений
- Выполнение быстрых последовательных запросов без задержек может привести к срабатыванию ограничения скорости