Навыки metabolomics-workbench-database
🔬
metabolomics-workbench-database
Безопасно ⚙️
Внешние команды🌐
Доступ к сети📁
Доступ к файловой системе
Запрос к базе данных Metabolomics Workbench
Также доступно от: K-Dense-AI
Поиск по тысячам метаболомических исследований и данных о метаболитах из базы данных NIH. Доступ к стандартизированной номенклатуре, данным масс-спектрометрии и метаданным исследований для открытия биомаркеров и метаболических исследований.
Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
1
Скачать ZIP навыка
2
Загрузить в Claude
Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
3
Включите и начните использовать
Протестировать
Использование «metabolomics-workbench-database». Find studies containing measurements of glucose in Metabolomics Workbench
Ожидаемый результат:
- Найдено 847 исследований, содержащих измерения глюкозы
- Топ исследований: ST000001 (исследование диабета), ST000002 (метаболический синдром), ST000003 (регуляция уровня глюкозы в крови)
- Первое исследование: 156 метаболитов измерено с использованием LC-MS в положительном режиме
- Регистрационный номер глюкозы: 1590 в Metabolomics Workbench
Использование «metabolomics-workbench-database». Search for compounds with m/z value of 180.06 using M+H adduct
Ожидаемый результат:
- Возможные соединения: глюкоза (совпадение m/z в пределах 0,5 Да)
- Фруктоза (совпадение m/z в пределах 0,5 Да)
- Галактоза (совпадение m/z в пределах 0,5 Да)
- Регистрационные номера: 1590, 2313, 2088
Использование «metabolomics-workbench-database». Find human blood studies on diabetes using LC-MS
Ожидаемый результат:
- Найдено 23 исследования, соответствующих критериям
- Недавние исследования: ST000001 (базовая линия диабета), ST000002 (метаболический синдром), ST000045 (прогрессирование диабета 2 типа)
- Типы образцов: цельная кровь, плазма, сыворотка
Аудит безопасности
Безопасноv5 • 1/17/2026
Documentation-only skill containing markdown files with API reference material. No executable Python code, scripts, network calls, file operations, or environment access. The static findings are false positives triggered by markdown code block syntax and scientific terminology misidentified as security patterns.
3
Просканировано файлов
938
Проанализировано строк
3
находки
5
Всего аудитов
Факторы риска
⚙️ Внешние команды (190)
references/api_reference.md:6-8 references/api_reference.md:8-13 references/api_reference.md:13-15 references/api_reference.md:15-36 references/api_reference.md:36-37 references/api_reference.md:37-38 references/api_reference.md:38-39 references/api_reference.md:39-40 references/api_reference.md:40-41 references/api_reference.md:41-42 references/api_reference.md:42-48 references/api_reference.md:48-49 references/api_reference.md:49-50 references/api_reference.md:50-51 references/api_reference.md:51-52 references/api_reference.md:52-53 references/api_reference.md:53-54 references/api_reference.md:54-55 references/api_reference.md:55-56 references/api_reference.md:56-57 references/api_reference.md:57-58 references/api_reference.md:58-59 references/api_reference.md:59-60 references/api_reference.md:60-61 references/api_reference.md:61-62 references/api_reference.md:62-63 references/api_reference.md:63-64 references/api_reference.md:64-68 references/api_reference.md:68-83 references/api_reference.md:83-93 references/api_reference.md:93-94 references/api_reference.md:94-95 references/api_reference.md:95-96 references/api_reference.md:96-97 references/api_reference.md:97-98 references/api_reference.md:98-99 references/api_reference.md:99-100 references/api_reference.md:100-106 references/api_reference.md:106-107 references/api_reference.md:107-108 references/api_reference.md:108-109 references/api_reference.md:109-110 references/api_reference.md:110-111 references/api_reference.md:111-112 references/api_reference.md:112-113 references/api_reference.md:113-114 references/api_reference.md:114-115 references/api_reference.md:115-116 references/api_reference.md:116-117 references/api_reference.md:117-118 references/api_reference.md:118-119 references/api_reference.md:119-120 references/api_reference.md:120-124 references/api_reference.md:124-145 references/api_reference.md:145-155 references/api_reference.md:155-156 references/api_reference.md:156-157 references/api_reference.md:157-158 references/api_reference.md:158-159 references/api_reference.md:159-160 references/api_reference.md:160-161 references/api_reference.md:161-162 references/api_reference.md:162-163 references/api_reference.md:163-164 references/api_reference.md:164-165 references/api_reference.md:165-171 references/api_reference.md:171-172 references/api_reference.md:172-173 references/api_reference.md:173-174 references/api_reference.md:174-175 references/api_reference.md:175-176 references/api_reference.md:176-177 references/api_reference.md:177-178 references/api_reference.md:178-179 references/api_reference.md:179-180 references/api_reference.md:180-181 references/api_reference.md:181-185 references/api_reference.md:185-203 references/api_reference.md:203-220 references/api_reference.md:220-222 references/api_reference.md:222-241 references/api_reference.md:241-256 references/api_reference.md:256-264 references/api_reference.md:264-266 references/api_reference.md:266-276 references/api_reference.md:276-278 references/api_reference.md:278-286 references/api_reference.md:286-287 references/api_reference.md:287-288 references/api_reference.md:288-289 references/api_reference.md:289-290 references/api_reference.md:290-291 references/api_reference.md:291-292 references/api_reference.md:292-293 references/api_reference.md:293-294 references/api_reference.md:294-295 references/api_reference.md:295-301 references/api_reference.md:301-302 references/api_reference.md:302-303 references/api_reference.md:303-304 references/api_reference.md:304-305 references/api_reference.md:305-306 references/api_reference.md:306-307 references/api_reference.md:307-313 references/api_reference.md:313-317 references/api_reference.md:317-332 references/api_reference.md:332-342 references/api_reference.md:342-343 references/api_reference.md:343-344 references/api_reference.md:344-345 references/api_reference.md:345-346 references/api_reference.md:346-352 references/api_reference.md:352-353 references/api_reference.md:353-354 references/api_reference.md:354-355 references/api_reference.md:355-356 references/api_reference.md:356-357 references/api_reference.md:357-358 references/api_reference.md:358-359 references/api_reference.md:359-360 references/api_reference.md:360-361 references/api_reference.md:361-362 references/api_reference.md:362-363 references/api_reference.md:363-364 references/api_reference.md:364-368 references/api_reference.md:368-377 references/api_reference.md:377-387 references/api_reference.md:387-388 references/api_reference.md:388-389 references/api_reference.md:389-390 references/api_reference.md:390-391 references/api_reference.md:391-392 references/api_reference.md:392-393 references/api_reference.md:393-394 references/api_reference.md:394-395 references/api_reference.md:395-396 references/api_reference.md:396-397 references/api_reference.md:397-403 references/api_reference.md:403-404 references/api_reference.md:404-405 references/api_reference.md:405-406 references/api_reference.md:406-407 references/api_reference.md:407-408 references/api_reference.md:408-409 references/api_reference.md:409-410 references/api_reference.md:410-411 references/api_reference.md:411-412 references/api_reference.md:412-413 references/api_reference.md:413-414 references/api_reference.md:414-415 references/api_reference.md:415-416 references/api_reference.md:416-417 references/api_reference.md:417-418 references/api_reference.md:418-419 references/api_reference.md:419-423 references/api_reference.md:423-435 references/api_reference.md:435-466 references/api_reference.md:466-494 SKILL.md:29-40 SKILL.md:40-54 SKILL.md:54-66 SKILL.md:66-79 SKILL.md:79-91 SKILL.md:91-104 SKILL.md:104-113 SKILL.md:113-127 SKILL.md:127-136 SKILL.md:136-149 SKILL.md:149-155 SKILL.md:155-164 SKILL.md:164-166 SKILL.md:166-169 SKILL.md:169-171 SKILL.md:171-174 SKILL.md:174-176 SKILL.md:176-183 SKILL.md:183-185 SKILL.md:185-190 SKILL.md:190-192 SKILL.md:192-195 SKILL.md:195-197 SKILL.md:197-204 SKILL.md:204-206 SKILL.md:206-211 SKILL.md:211-213 SKILL.md:213-216 SKILL.md:216-218 SKILL.md:218-226 SKILL.md:226 SKILL.md:226-246
🌐 Доступ к сети (105)
references/api_reference.md:472 references/api_reference.md:476 references/api_reference.md:481 references/api_reference.md:486 references/api_reference.md:491 references/api_reference.md:7 references/api_reference.md:70 references/api_reference.md:73 references/api_reference.md:76 references/api_reference.md:79 references/api_reference.md:82 references/api_reference.md:126 references/api_reference.md:129 references/api_reference.md:132 references/api_reference.md:135 references/api_reference.md:138 references/api_reference.md:141 references/api_reference.md:144 references/api_reference.md:187 references/api_reference.md:190 references/api_reference.md:193 references/api_reference.md:196 references/api_reference.md:199 references/api_reference.md:202 references/api_reference.md:243 references/api_reference.md:246 references/api_reference.md:249 references/api_reference.md:252 references/api_reference.md:255 references/api_reference.md:319 references/api_reference.md:322 references/api_reference.md:325 references/api_reference.md:328 references/api_reference.md:331 references/api_reference.md:370 references/api_reference.md:373 references/api_reference.md:376 references/api_reference.md:425 references/api_reference.md:428 references/api_reference.md:431 references/api_reference.md:434 references/api_reference.md:458 references/api_reference.md:459 references/api_reference.md:472 references/api_reference.md:476 references/api_reference.md:481 references/api_reference.md:486 references/api_reference.md:491 skill-report.json:6 SKILL.md:33 SKILL.md:36 SKILL.md:39 SKILL.md:56 SKILL.md:59 SKILL.md:62 SKILL.md:65 SKILL.md:81 SKILL.md:84 SKILL.md:87 SKILL.md:90 SKILL.md:106 SKILL.md:109 SKILL.md:112 SKILL.md:129 SKILL.md:132 SKILL.md:135 SKILL.md:151 SKILL.md:154 SKILL.md:165 SKILL.md:170 SKILL.md:175 SKILL.md:184 SKILL.md:191 SKILL.md:196 SKILL.md:205 SKILL.md:212 SKILL.md:217 SKILL.md:33 SKILL.md:36 SKILL.md:39 SKILL.md:56 SKILL.md:59 SKILL.md:62 SKILL.md:65 SKILL.md:81 SKILL.md:84 SKILL.md:87 SKILL.md:90 SKILL.md:106 SKILL.md:109 SKILL.md:112 SKILL.md:129 SKILL.md:132 SKILL.md:135 SKILL.md:151 SKILL.md:154 SKILL.md:165 SKILL.md:170 SKILL.md:175 SKILL.md:184 SKILL.md:191 SKILL.md:196 SKILL.md:205 SKILL.md:212 SKILL.md:217
📁 Доступ к файловой системе (1)
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →
Оценка качества
41
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
20
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации
Что вы можете построить
Идентификация метаболитов из данных масс-спектрометрии
Поиск по базам данных соединений по значениям m/z для идентификации неизвестных метаболитов из экспериментов масс-спектрометрии.
Поиск исследований биомаркеров заболеваний
Фильтрация метаболомических исследований по типу заболевания, источнику образца и аналитическому методу для исследования биомаркеров.
Стандартизация названий соединений
Использование RefMet для преобразования общих названий метаболитов в стандартизированную номенклатуру для последовательной отчетности.
Попробуйте эти промпты
Базовый поиск метаболита
Find studies in Metabolomics Workbench containing measurements of [metabolite_name]
Идентификация соединения
Search for compounds with m/z value of [mz_value] using [adduct_type] adduct and tolerance of [tolerance] Da
Поиск исследований заболеваний
Find human blood studies on [disease_name] using LC-MS positive mode in Metabolomics Workbench
Полный рабочий процесс
Standardize the metabolite name [metabolite], find all related studies, retrieve experimental data from the most relevant study, and identify compounds from my MS data with m/z of [mz_value]
Лучшие практики
- Всегда стандартизируйте названия метаболитов через RefMet перед поиском для обеспечения последовательной номенклатуры
- Используйте соответствующие типы ионных аддуктов для вашего аналитического метода (M+H для положительной ESI, M-H для отрицательной ESI)
- Устанавливайте разумные значения допуска по массе в зависимости от разрешения вашего прибора (0,5 Да для низкого разрешения, 0,01 Да для высокого разрешения масс-спектрометрии)
Избегать
- Использование непоследовательных названий метаболитов в запросах без стандартизации
- Игнорирование метаданных исследований при выборе наборов данных для анализа
- Неспособность перекрестно проверить идентификаторы метаболитов в нескольких базах данных
Часто задаваемые вопросы
Какие инструменты ИИ поддерживают этот навык?
Навык работает с Claude, Codex и Claude Code. Установка через npx claude-code-templates@latest --skill metabolomics-workbench-database.
Сколько исследований доступно?
Более 4200 обработанных исследований, из которых 3790+ общедоступны. Доступ к метаданным исследований, экспериментальным данным и спискам метаболитов.
Могу ли я интегрировать это с аналитическими конвейерами?
Да. Используйте эндпоинты REST API с Python requests, пакет Python mwtab или пакет R metabolomicsWorkbenchR.
Безопасны ли мои данные при использовании этого навыка?
Этот навык предоставляет только документацию API. Никакие данные не хранятся и не передаются. Все запросы идут напрямую на серверы NIH.
Почему мои запросы не возвращают результатов?
Проверьте правописание названий метаболитов, используйте стандартизацию RefMet, убедитесь, что фильтры исследований не слишком ограничительны, или попробуйте более широкие поисковые термины.
Как это сравнивается с PubChem или HMDB?
Metabolomics Workbench фокусируется на экспериментальных метаболомических исследованиях. PubChem и HMDB предоставляют более широкие базы данных соединений с большим объемом структурной информации.