Навыки metabolomics-workbench-database
📦

metabolomics-workbench-database

Ревизия содержимого r2 Безопасно 🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе⚙️ Внешние команды

Запрос данных Metabolomics Workbench

Исследователям метаболомики нужен быстрый доступ к публичным исследованиям, записям о соединениях и стандартизированным названиям. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять запросы к REST API и интерпретировать результаты.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 75 Адекватно

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента
Review the Skillstore skill "metabolomics-workbench-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Протестировать

Использование «metabolomics-workbench-database». Найди публичные исследования, которые включают измерения глюкозы в образцах крови человека.

Ожидаемый результат:

  • Краткий список исследований с ID исследований, заболеваниями, источниками образцов и доступными типами результатов.
  • Примечания о том, какие endpoints использовались и какие термины могут потребовать стандартизации RefMet.
  • Рекомендация проверить дизайн исследования перед объединением наборов данных.

Использование «metabolomics-workbench-database». Стандартизируй цитрат и объясни его классификацию.

Ожидаемый результат:

Ответ содержит сопоставленное название RefMet, основные поля классификации, полезные идентификаторы и предупреждения о синонимах.

Использование «metabolomics-workbench-database». Выполни поиск m/z 180.06 с M+H и допуском 0.5 Da.

Ожидаемый результат:

Ответ перечисляет кандидатные записи соединений, источник базы данных, контекст допуска и практические шаги подтверждения.

Аудит безопасности

Безопасно

The skill documents expected read-only queries to the fixed NIH Metabolomics Workbench HTTPS API; no credential access, arbitrary destination, prompt injection, or covert exfiltration was found. Most alerts are safe API examples or Markdown syntax. One medium filesystem issue remains because download examples can overwrite structure.png without confirmation.

2
Просканировано файлов
749
Проанализировано строк
1
Пункты проверки
0
Ложные срабатывания проигнорированы
Пункты проверки возможностей (1)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Средний
Python file write/append
with open('structure.png', 'wb') as f:
The example opens structure.png in write-binary mode and therefore overwrites an existing file without confirmation. This is a real local filesystem side effect even though the downloaded content comes from the documented API.

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (50)
references/api_reference.md:472 references/api_reference.md:476 references/api_reference.md:481 references/api_reference.md:486 references/api_reference.md:491 references/api_reference.md:7 references/api_reference.md:70 references/api_reference.md:73 references/api_reference.md:76 references/api_reference.md:79 references/api_reference.md:82 references/api_reference.md:126 references/api_reference.md:129 references/api_reference.md:132 references/api_reference.md:135 references/api_reference.md:138 references/api_reference.md:141 references/api_reference.md:144 references/api_reference.md:187 references/api_reference.md:190 references/api_reference.md:193 references/api_reference.md:196 references/api_reference.md:199 references/api_reference.md:202 references/api_reference.md:243 references/api_reference.md:246 references/api_reference.md:249 references/api_reference.md:252 references/api_reference.md:255 references/api_reference.md:319 references/api_reference.md:322 references/api_reference.md:325 references/api_reference.md:328 references/api_reference.md:331 references/api_reference.md:370 references/api_reference.md:373 references/api_reference.md:376 references/api_reference.md:425 references/api_reference.md:428 references/api_reference.md:431 references/api_reference.md:434 references/api_reference.md:472 references/api_reference.md:476 references/api_reference.md:481 references/api_reference.md:486 references/api_reference.md:491 SKILL.md:33 SKILL.md:36 SKILL.md:39 SKILL.md:56
📁 Доступ к файловой системе (1)
⚙️ Внешние команды (31)
Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет
Оценка безопасности

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-metabolomics-workbench-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). metabolomics-workbench-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-metabolomics-workbench-database-2026, author = {davila7}, title = {metabolomics-workbench-database security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "metabolomics-workbench-database security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-metabolomics-workbench-database/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-metabolomics-workbench-database:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore
davila7 Рекомендуется Текущий

davila7-metabolomics-workbench-database

Оценка Skillstore 75
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 10
Обновлено

2026-09-09

k-dense-ai-metabolomics-workbench-database

Оценка Skillstore 71
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 10
Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий
41
Архитектура
85
Сопровождаемость
87
Контент
74
Сообщество
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Найти сопоставимые исследования

Находите публичные исследования по метаболиту, заболеванию, источнику образца, аналитическому методу или исследователю перед планированием анализа.

Стандартизировать названия метаболитов

Сопоставляйте распространенные названия метаболитов с названиями RefMet и полями классификации для более чистых последующих наборов данных.

Идентифицировать кандидатов MS

Ищите возможные соединения по значениям m/z с выбранными базами данных, ионными аддуктами и допусками по массе.

Попробуйте эти промпты

Найти соединение
Используй навык Metabolomics Workbench, чтобы найти информацию о соединении для глюкозы. Кратко изложи идентификаторы, формулу, точную массу и полезные перекрестные ссылки.
Проанализировать публичные исследования
Найди публичные исследования Metabolomics Workbench, связанные с кровью человека и диабетом. Сравни ID исследований, источники образцов, аналитические методы и доступные типы данных.
Поиск по m/z
Найди кандидатные метаболиты для m/z 180.06, используя положительный режим M+H и допуск 0.5 Da. Объясни вероятные следующие шаги валидации.
Построить рабочий процесс извлечения данных
Спроектируй воспроизводимый рабочий процесс для цитрата. Стандартизируй название с помощью RefMet, найди связанные исследования, извлеки сводку одного исследования и перечисли проверки кэширования и валидации.

Лучшие практики

  • Стандартизируйте названия метаболитов с помощью RefMet перед поиском записей исследований.
  • Фиксируйте endpoint, параметры, формат вывода и дату извлечения для воспроизводимости.
  • Кэшируйте стабильные справочные данные и добавляйте задержки при выполнении повторных запросов к публичному API.

Избегать

  • Не рассматривайте совпадения m/z как подтвержденную идентификацию соединений без ортогональных доказательств.
  • Не объединяйте исследования без проверки источника образца, платформы, полярности и метаданных заболевания.
  • Не выполняйте крупные массовые запросы без кэширования, задержек и четкого намерения пользователя.

Часто задаваемые вопросы

Какой источник данных использует этот навык?
Он использует публичный REST API NIH Metabolomics Workbench и его документированные endpoints для исследований, соединений, RefMet, metstat, генов, белков и m/z.
Может ли он получать доступ к частным данным исследований?
Нет. Навык документирует доступ к публичному API и не включает аутентификацию для ограниченных наборов данных.
Возвращает ли он необработанные экспериментальные измерения?
Он может помогать с запросами к endpoints данных исследований, когда публичные данные доступны. Пользователи должны проверять возвращенные таблицы на качество и контекст.
Может ли он стандартизировать названия метаболитов?
Да. Он описывает запросы RefMet match, name, formula, exact mass и classification для согласованной номенклатуры.
Подходит ли это для масс-спектрометрической аннотации?
Он может помочь находить кандидатов по m/z, аддукту, базе данных и допуску. Финальные аннотации требуют экспериментальной валидации.
Какие ассистенты могут его использовать?
В отчете указана поддержка Claude, Codex и Claude Code.

Сведения для разработчиков

Автор

davila7

Лицензия

MIT

Ревизия Skillstore

r2

Примечание о версии

Автор не указал версию.

Ссылка

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

Актуальность поддержки

26.07.2026

Использование

7 загрузок · 490 просмотров

Структура файлов

Больше от davila7

Показать все
📦

content-creator

87

Создавайте маркетинговый контент, готовый для SEO

Маркетинговым командам нужен понятный контент, который соответствует голосу бренда и поисковым целям. Этот навык предоставляет шаблоны, скрипты анализа и рекомендации по платформам для повторяемого производства контента.

Письмо и контент Просмотр
📦

treatment-plans

86

Создание структурированных планов медицинского лечения

Клинические планы лечения часто оказываются непоследовательными, слишком объемными или сложными для проверки. Этот навык предоставляет специализированные шаблоны, измеримые цели, временные рамки и локальные средства контроля качества.

Документация Просмотр
📦

clinical-reports

86

Создание структурированных клинических отчетов

Клиническим командам нужны понятные отчеты, соответствующие медицинским и регуляторным стандартам. Этот навык предоставляет шаблоны, чек-листы и рекомендации по валидации для описаний клинических случаев, диагностических отчетов, исследований и заметок о пациентах.

Документация Просмотр
📦

exploratory-data-analysis

85

Анализ файлов научных данных

Файлы научных данных сложно исследовать, поскольку каждый формат по-разному хранит структуру и метаданные. Этот навык определяет форматы, оценивает качество данных и создает практические отчеты по разведочному анализу данных в формате markdown.

Данные и аналитика Просмотр
📦

diffdock

85

Запуск рабочих процессов молекулярного докинга DiffDock

Настройка молекулярного докинга часто завершается неудачей, поскольку сложно согласовать входные данные, параметры и оценки уверенности. Этот навык помогает выполнять рабочие процессы DiffDock от подготовки до анализа результатов.

Исследования и обучение Просмотр
Показать все
📦

matchms

73

Сравнение масс-спектров в метаболомике

от K-Dense-AI

Командам, работающим в метаболомике, нужны надежные способы очищать спектры и сравнивать неизвестные соединения с библиотеками. Этот навык проводит Claude, Codex и Claude Code через рабочие процессы matchms для фильтрации, оценки сходства и идентификации соединений.

Данные и аналитика Просмотр
📦

pyopenms

72

Анализ данных масс-спектрометрии с PyOpenMS

от K-Dense-AI

Рабочие процессы масс-спектрометрии требуют точной работы с файлами, обработки сигналов и этапов идентификации. Этот навык помогает выстраивать рабочие процессы PyOpenMS для протеомики, метаболомики, обнаружения признаков и количественного анализа.

Данные и аналитика Просмотр
📦

gget

38

Запросы к геномным базам данных с помощью gget

от K-Dense-AI

Биоинформатическая работа часто требует данных из множества постоянно меняющихся геномных сервисов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code использовать gget для поиска генов, получения последовательностей, запросов к структурам и анализа обогащения.

Данные и аналитика Просмотр
📦

hmdb-database

71

Исследование данных о метаболитах в HMDB

от K-Dense-AI

Исследования в области метаболомики часто требуют быстрого поиска по идентификаторам, спектрам, биомаркерам и путям. Этот навык помогает выполнять поиск в HMDB, загрузку данных и рабочие процессы интерпретации для исследовательских задач и задач клинической химии.

Исследования и обучение Просмотр
📦

clinical-decision-support

38

Генерация отчетов поддержки клинических решений

от K-Dense-AI

Командам клинических исследований нужны согласованные сводки доказательств, анализы биомаркеров и алгоритмы лечения. Этот навык создает структурированные отчеты CDS со статистикой, оценкой уровня доказательности GRADE и готовым к публикации форматированием LaTeX.

Исследования и обучение Просмотр
📦

data-processing

84

Обработка данных JSON, YAML и TOML

от 0xDarkMatter

Структурированные конфигурационные данные бывает сложно просматривать в файлах JSON, YAML и TOML. Этот навык помогает составлять запросы jq и yq для извлечения, фильтрации, преобразования и обновления данных.

Данные и аналитика Просмотр