🧬

gget

Name: gget
Author: K-Dense-AI

Безопасно 🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе

Запрос геномных баз данных для получения информации о генах и последовательностях

Также доступно от: davila7

gget обеспечивает унифицированный доступ к более чем 20 геномным базам данных через простой интерфейс командной строки или Python. Запрашивайте информацию о генах, извлекайте последовательности, выполняйте поиск BLAST и проводите обогащающий анализ без управления несколькими API-соединениями.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

🥈 78 Серебро

Скачать ZIP навыка

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «gget». Search for BRCA1 gene in human

Ожидаемый результат:

Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
Description: BRCA1 DNA repair associated
UniProt ID: P38398
Chromosome: 17q21.31
Biotype: protein coding

Использование «gget». Get tissue expression for ACE2

Ожидаемый результат:

Kidney: median expression 245.3
Testis: median expression 189.7
Small intestine: median expression 156.2
Bladder: median expression 98.4

Аудит безопасности

Безопасно

v4 • 1/17/2026

This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).

Просканировано файлов

3,490

Проанализировано строк

находки

Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (2)

references/database_info.md:22 SKILL.md:866-868

📁 Доступ к файловой системе (3)

scripts/gene_analysis.py:55-61 scripts/enrichment_pipeline.py:24-25 scripts/batch_sequence_analysis.py:97-98

Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

Архитектура

100

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

100

Безопасность

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Быстрый поиск генов

Быстро получайте информацию о генах, последовательности и аннотации из Ensembl, UniProt и NCBI во время исследовательского поиска.

Обогащающий анализ

Проводите обогащающий анализ генной онтологии и путей для списков генов для выявления биологических паттернов и функциональных ассоциаций.

Сравнение последовательностей

Выполняйте поиск BLAST и получайте структуры протеинов для анализа и сравнения последовательностей.

Попробуйте эти промпты

Базовый поиск гена

Используйте gget для поиска гена TP53 у человека и верните его Ensembl ID, описание и UniProt ID.

Получение последовательности

Получите нуклеотидные и протеиновые последовательности для гена Ensembl ENSG00000139618 в формате FASTA с помощью gget.

Поиск BLAST

Выполните поиск BLAST с помощью gget для поиска похожих последовательностей на 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Используйте базу данных nr и верните топ-5 результатов.

Обогащающий анализ

Запустите gget enrichr для списка генов ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] в базе данных KEGG Pathways и покажите топ-10 обогащённых терминов.

Лучшие практики

Поддерживайте gget в актуальном состоянии в соответствии с изменением структур баз данных
Используйте флаг -csv для вывода командной строки для упрощения парсинга
Ограничивайте большие запросы, чтобы избежать ошибок таймаута сервера

Избегать

Выполнение тысяч запросов без ограничения скорости
Использование невыпущенных версий баз данных в воспроизводимых рабочих процессах
Пропуск проверки результатов, когда качество данных важно для последующего анализа

Часто задаваемые вопросы

К каким базам данных gget выполняет запросы?

gget запрашивает более 20 баз данных, включая Ensembl, UniProt, NCBI, PDB, KEGG, AlphaFold и ARCHS4.

Требуется ли аутентификация для gget?

Нет, gget запрашивает общедоступные геномные базы данных, которые не требуют ключей API для стандартного использования.

Можно ли использовать gget в Python-скриптах?

Да, gget работает как инструмент командной строки и как Python-пакет. Импортируйте gget и вызывайте gget.module() напрямую.

Как gget обрабатывает ограничения скорости?

gget включает встроенное ограничение скорости запросов. Для запросов с большим объёмом рекомендуется добавлять задержки между запросами.

Какие виды поддерживаются?

gget поддерживает все виды в Ensembl, включая человека, мышь, крысу, муху, червя, дрожжи и многие другие.

Насколько точны результаты обогащения?

Enrichr обеспечивает статистическое обогащение с использованием гипергеометрического теста. Настраивайте пороговые значения p-value в соответствии с вашими аналитическими потребностями.