📦

cosmic-database

Name: cosmic-database
Author: davila7

Ревизия содержимого r2 Средний риск 🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе⚙️ Внешние команды

Изучение данных COSMIC о мутациях при раке

Данные COSMIC велики по объему, требуют аутентификации, и в них трудно ориентироваться без правильных путей к файлам. Этот skill помогает с загрузками, выбором наборов данных и типичными рабочими процессами анализа в онкогеномике.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

📊 72 Адекватно

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента

Review the Skillstore skill "cosmic-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-cosmic-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Markdown-детали GET /skills/davila7-cosmic-database.md Подписанный manifest GET /api/skills/davila7-cosmic-database/manifest Подписанный lockfile GET /api/skills/davila7-cosmic-database/lockfile

Протестировать

Использование «cosmic-database». Загрузить Cancer Gene Census для GRCh38.

Ожидаемый результат:

Используйте зарегистрированную учетную запись COSMIC.
Выберите путь к файлу GRCh38 Cancer Gene Census.
Сохраните его как cancer_genes.csv в каталоге data вашего проекта.
Запишите версию выпуска COSMIC для воспроизводимости.

Использование «cosmic-database». Найдите, какие поля описывают кодирующую мутацию.

Ожидаемый результат:

Skill указывает на поля названия гена, COSMIC ID, изменения кодирующей последовательности, изменения аминокислоты, координат, локализации опухоли, гистологии и ссылки PubMed.

Использование «cosmic-database». Спланировать рабочий процесс фильтрации мутаций.

Ожидаемый результат:

Загрузите экспорт мутаций для выбранной сборки.
Загрузите сжатую таблицу с помощью pandas.
Отфильтруйте по символу гена, первичному очагу и типу мутации.
Сохраните вместе с результатами примечания о лицензии и цитировании.

Аудит безопасности

Средний риск

v9 • 23.07.2026 Открыть версионный отчет

Most detections are false positives from Markdown formatting, documentation URLs, local VCF access, and expected downloader behavior. The endpoint-supplied download URL is fetched without validation, and the CLI permits passwords in process arguments. No prompt injection or malicious intent was found.

Просканировано файлов

784

Проанализировано строк

Пункты проверки

Ложные срабатывания проигнорированы

Подтверждённые проблемы безопасности (1)

Средний

scripts/download_cosmic.py:183-203

Password Accepted Through Command-Line Arguments

The CLI accepts --password, which can expose COSMIC credentials in shell history and process listings. The existing interactive getpass prompt is safer.

The argparse option directly accepts the password, while getpass is used only when the option is absent. This is a well-established local credential exposure path.

Пункты проверки возможностей (1)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Средний

scripts/download_cosmic.py:93

Python HTTP libraries

file_response = requests.get(download_url, stream=True, timeout=300)

The script fetches a URL supplied by the COSMIC API response without validating its scheme or destination. A compromised or unexpected response could direct the client to an arbitrary network location.

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (10)

scripts/download_cosmic.py:66 scripts/download_cosmic.py:93 scripts/download_cosmic.py:120 scripts/download_cosmic.py:123 scripts/download_cosmic.py:57 SKILL.md:237 SKILL.md:28 SKILL.md:322 SKILL.md:323 SKILL.md:324

📁 Доступ к файловой системе (1)

scripts/download_cosmic.py:103

⚙️ Внешние команды (50)

SKILL.md:32-34 SKILL.md:34-40 SKILL.md:40-42 SKILL.md:42-52 SKILL.md:52-56 SKILL.md:56-67 SKILL.md:67-71 SKILL.md:71-83 SKILL.md:83-91 SKILL.md:91-92 SKILL.md:92-93 SKILL.md:93-95 SKILL.md:95-102 SKILL.md:102-107 SKILL.md:107-114 SKILL.md:114-125 SKILL.md:125-132 SKILL.md:132-143 SKILL.md:143-144 SKILL.md:144-146 SKILL.md:146-153 SKILL.md:153-159 SKILL.md:159-160 SKILL.md:160-162 SKILL.md:162-169 SKILL.md:169-174 SKILL.md:174-181 SKILL.md:181-191 SKILL.md:191-197 SKILL.md:197-200 SKILL.md:200-202 SKILL.md:202 SKILL.md:212-217 SKILL.md:217-220 SKILL.md:220-224 SKILL.md:224-227 SKILL.md:227-230 SKILL.md:230-233 SKILL.md:233-239 SKILL.md:239-243 SKILL.md:243-263 SKILL.md:263-273 SKILL.md:273-276 SKILL.md:276-277 SKILL.md:277-278 SKILL.md:278-279 SKILL.md:279-280 SKILL.md:280-281 SKILL.md:281-282 SKILL.md:282-283

Аудитор:: codex Посмотреть историю аудитов →

Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cosmic-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cosmic-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-cosmic-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). cosmic-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-cosmic-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {cosmic-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "cosmic-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-cosmic-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore

Автор / источник Оценка Skillstore Достоверность доказательств Использование в Skillstore Обновлено

K-Dense-AI Рекомендуется

k-dense-ai-cosmic-database

Оценка Skillstore 76

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 8

Обновлено

2026-09-09

davila7 Текущий

davila7-cosmic-database

Оценка Skillstore 72

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 10

Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий

Архитектура

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Загрузка исследовательских наборов данных

Загрузите наборы данных по соматическим мутациям и Cancer Gene Census для формирования гипотез и когортного анализа.

Подготовка биоинформатических пайплайнов

Выберите пути к файлам COSMIC, сборки и версии выпусков перед добавлением загрузок в рабочий процесс обработки данных.

Обзор онкологических доказательств

Изучите наборы данных по мутациям, слияниям, резистентности и сигнатурам перед последующим анализом прецизионной онкологии.

Попробуйте эти промпты

Загрузить набор данных COSMIC

Помогите мне загрузить COSMIC Cancer Gene Census для GRCh38. Покажите самый безопасный подход к аутентификации и куда сохранить файл.

Выбрать правильный файл

Мне нужны данные COSMIC о мутациях TP53 при раке легкого. Какой набор данных мне загрузить и какие поля следует изучить?

Спланировать рабочий процесс анализа

Разработайте рабочий процесс для загрузки данных COSMIC о мутациях, их загрузки с помощью pandas и сравнения числа мутаций по первичному очагу.

Построить воспроизводимый пайплайн

Создайте воспроизводимый план для загрузки закрепленных версий COSMIC, проверки целостности файлов и документирования лицензионных ограничений для командного пайплайна.

Лучшие практики

Используйте запрос пароля или менеджер секретов вместо размещения паролей в общих notebook.
Закрепляйте версии выпусков COSMIC, когда результаты должны быть воспроизводимыми.
Проверяйте правила лицензирования COSMIC перед использованием данных в коммерческой работе.

Избегать

Не добавляйте загруженные файлы COSMIC или учетные данные в систему контроля версий.
Не используйте latest для регулируемых анализов без записи разрешенной версии выпуска.
Не рассматривайте аннотации COSMIC как самостоятельные клинические рекомендации.