Fähigkeiten cosmic-database
🧬

cosmic-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Доступ к базе данных мутаций рака COSMIC

Auch verfügbar von: davila7

Исследователям рака необходимы комплексные данные о мутациях для исследований. Этот навык предоставляет программный доступ к базе данных COSMIC, содержащей миллионы соматических мутаций, курируемые списки генов рака и мутационные сигнатуры для исследований точной онкологии.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "cosmic-database". Загрузить Cancer Gene Census из COSMIC

Erwartetes Ergebnis:

  • Путь к файлу Cancer Gene Census: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • Используйте download_cosmic.py с параметром --data-type gene_census
  • Содержит 700+ курируемых генов рака с ролями (онкоген, TSG, слияние)
  • Загруженный файл можно прочитать с помощью pandas.read_csv()

Verwendung von "cosmic-database". Найти мутации TP53 в раке легких

Erwartetes Ergebnis:

  • Загрузите CosmicMutantExport.tsv.gz из GRCh38/cosmic/latest/
  • Отфильтруйте мутации, где 'Gene name' равно 'TP53'
  • Дополнительно отфильтруйте, где 'Primary site' равно 'lung'
  • Найдено 847 мутаций TP53 в образцах рака легких
  • Основные варианты: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Gescannte Dateien
1,242
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
99
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Анализ паттернов мутаций

Загрузить данные о соматических мутациях для выявления рекуррентных мутаций в конкретных типах рака для исследовательских работ.

Создание аннотационных конвейеров

Интегрировать данные COSMIC в биоинформатические рабочие процессы для аннотирования вариантов пациентов значимостью для рака.

Исследование лекарственной устойчивости

Запрашивать данные о мутациях устойчивости для информирования решений о точной медицине при лечении рака.

Probiere diese Prompts

Загрузка мутаций 
Покажите мне, как загрузить Cancer Gene Census из COSMIC с помощью скрипта download_cosmic.py. Какой путь к файлу я должен использовать?
Запрос по гену 
Какой файл содержит мутации TP53 в COSMIC и как отфильтровать загруженные данные для конкретного гена?
Мутационные сигнатуры 
Как загрузить и работать с мутационными сигнатурами COSMIC? Какие пути к файлам следует использовать для сигнатур SBS?
Интеграция с VCF 
Покажите мне, как прочитать файл CosmicCodingMuts.vcf.gz с помощью pysam и извлечь записи для хромосомы 17.

Bewährte Verfahren

  • Используйте сборку GRCh38 для новых проектов и указывайте genome_assembly='GRCh38' в вызовах функций
  • Используйте 'latest' в путях к файлам для получения последнего выпуска COSMIC или фиксируйте конкретные версии для воспроизводимости
  • Храните учетные данные безопасно с использованием перем��нных окружения и никогда не прописывайте пароли в скриптах

Vermeiden

  • Использование GRCh37 для новых проектов, когда GRCh38 является текущим стандартным референсным геномом
  • Загрузка всей базы данных, когда конкретные подмножества соответствуют вашим аналитическим потребностям
  • Пропуск проверки аутентификации перед попыткой загрузки

Häufig gestellte Fragen

Бесплатен ли доступ к COSMIC?
Академические пользователи получают бесплатный доступ при регистрации. Коммерческим пользователям нужна лицензия QIAGEN.
Какую геномную сборку следует использовать?
Используйте GRCh38 для новых проектов. GRCh37 доступен для совместимости с устаревшими конвейерами.
Насколько велики файлы COSMIC?
Файлы мутаций могут достигать нескольких гигабайт. Скрипт показывает прогресс загрузки для больших файлов.
Какие форматы файлов доступны?
Форматы TSV, CSV и VCF. TSV и CSV используют сжатие gzip. VCF является стандартом для данных вариантов.
Как часто обновляется COSMIC?
COSMIC обновляется ежеквартально. Используйте 'latest' в путях к файлам для получения самой актуальной версии.
Можно ли использовать это с другими инструментами?
Да, данные COSMIC интегрируются с VEP, pysam, pandas и стандартными биоинформатическими конвейерами.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md