zinc-database
Pesquisar no banco de dados ZINC por compostos
Também disponível em: davila7
O banco de dados ZINC contém 230M+ compostos químicos comercializáveis para pesquisa em descoberta de fármacos. Esta skill fornece acesso programático para pesquisar por ZINC ID, SMILES ou código de fornecedor, recuperar estruturas 3D e realizar buscas por similaridade para triagem virtual e estudos de acoplamento molecular.
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Ative e comece a usar
Testar
A utilizar "zinc-database". Search for ZINC000000000001 and find similar compounds with distance 3
Resultado esperado:
- ZINC ID: ZINC000000000001
- SMILES: [displayed structure]
- Available from: [catalogs]
- Similar compounds found: 142
- Top matches: ZINC000000000002, ZINC000000000003, ...
A utilizar "zinc-database". Get 100 random lead-like compounds with MW 250-350
Resultado esperado:
- Retrieved 100 compounds from ZINC22
- Property range: MW 250-350, lead-like subset
- Tranche codes: H##P###M### format
- Each entry includes ZINC ID, SMILES, and supplier information
Auditoria de Segurança
SeguroAll 389 static findings are false positives. The skill is legitimate scientific documentation for accessing the public ZINC database maintained by UCSF. subprocess.run calls use array syntax with hardcoded ZINC API endpoints. C2 keyword flags are common programming terms (command, control, execute) used in legitimate documentation context. The scanner misinterpreted cheminformatics terminology (MD5/SHA checksums) and DOCK database format files (.db2) as security concerns. No malicious behavior patterns detected.
Fatores de risco
🌐 Acesso à rede (2)
⚙️ Comandos externos (1)
Pontuação de qualidade
O Que Você Pode Construir
Construir bibliotecas de docking
Consultar o ZINC para obter compostos drug-like, baixar estruturas 3D e preparar bibliotecas para triagem com DOCK6 ou AutoDock Vina.
Encontrar compostos análogos
Pesquisar por similaridade de SMILES para descobrir análogos comercializáveis de compostos ativos conhecidos para estudos de relação estrutura-atividade.
Configuração de triagem virtual
Gerar conjuntos aleatórios de compostos filtrados por peso molecular, LogP ou doadores de H para campanhas iniciais de triagem virtual.
Tente Estes Prompts
Search the ZINC database for compound ZINC000000000001 and show its SMILES, supplier codes, and catalogs.
Find compounds similar to Ibuprofen (CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O) using a Tanimoto distance of 3. Return ZINC IDs, SMILES, and available catalogs.
Generate a list of 1000 random drug-like compounds from ZINC22 with MW 350-500. Show ZINC IDs, SMILES, and tranche codes.
Find 50 lead-like analogs (MW 250-350) of a hit compound with SMILES CCCc1ccc(cc1)C(C)N. Return purchasable options with supplier codes.
Melhores Práticas
- Use primeiro correspondências exatas de SMILES e depois expanda para buscas por similaridade com parâmetros de distância
- Limite os campos de saída apenas aos dados necessários para reduzir o tamanho da resposta e melhorar o desempenho
- Faça cache local dos dados de compostos acessados com frequência para reduzir chamadas repetidas à API
Evitar
- Fazer solicitações rápidas consecutivas sem intervalos - respeite os limites de taxa do servidor
- Solicitar todos os campos de saída quando apenas alguns são necessários
- Ignorar a análise de propriedades de tranche - elas codificam MW, LogP e contagens de doadores de H úteis para filtragem
Perguntas Frequentes
O que é o banco de dados ZINC?
Preciso de uma chave de API?
Quais formatos de arquivo estão disponíveis?
Como faço para baixar estruturas 3D?
O que é uma tranche?
Posso usar isso para pesquisa comercial?
Detalhes do Desenvolvedor
Autor
K-Dense-AILicença
MIT
Repositório
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/zinc-databaseReferência
main
Estrutura de arquivos