Habilidades geo-database

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geo-database

Revisão do conteúdo r1 Seguro 🌐 Acesso à rede⚙️ Comandos externos📁 Acesso ao sistema de arquivos🔑 Variáveis de ambiente

Explore dados genômicos do GEO

Os conjuntos de dados públicos do GEO são difíceis de pesquisar, baixar e preparar de forma consistente. Esta skill orienta Claude, Codex e Claude Code nos fluxos de trabalho de pesquisa, recuperação e análise transcriptômica do NCBI GEO.

Suporta: Claude Codex Code(CC)

📊 73 Adequado

📊 73 Adequado

Instalar com meu Agente

Copie esta solicitação para o seu Agente. Ela inclui a página canônica do Skill e o manifesto.

Solicitação do agente

Review the Skillstore skill "geo-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-geo-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Seu Agente ainda deve apresentar o plano e solicitar qualquer confirmação exigida pela política de segurança.

Recursos legíveis por agentes

Use estes links quando um agente de IA, crawler ou script precisar de contexto limpo em vez de ler a página completa.

Detalhe em Markdown GET /skills/davila7-geo-database.md manifest assinado GET /api/skills/davila7-geo-database/manifest lockfile assinado GET /api/skills/davila7-geo-database/lockfile

Testar

Usando "geo-database". Pesquise estudos de perfil de expressão relacionados ao diabetes humano.

Resultado esperado:

Uma lista priorizada de estudos do GEO, filtros de pesquisa, restrições de organismo, observações sobre plataformas e próximas etapas de revisão.

Usando "geo-database". Resuma uma série do GEO antes do download.

Resultado esperado:

Um resumo conciso do estudo com contagens de amostras, grupos experimentais, identificadores de acesso das plataformas, tipos de arquivo e questões relacionadas à qualidade.

Usando "geo-database". Planeje uma análise de expressão diferencial com base em uma matriz do GEO.

Resultado esperado:

Um fluxo de trabalho que abrange download de dados, revisão de metadados, definição de grupos, verificações de normalização, testes estatísticos e lembretes de citação.

Auditoria de segurança

Seguro

v15 • 09/07/2026 Abrir o relatório versionado

The static scanner over-reported many Markdown code fence, identifier, and placeholder patterns. I confirmed only the FTP transport findings because the skill documents unauthenticated ftp:// downloads from NCBI; no prompt injection or credential exfiltration intent was found.

2

Arquivos analisados

1,640

Linhas analisadas

7

Itens de revisão

0

Falsos positivos ignorados

Itens de revisão de capacidade (7)

Estas são capacidades locais reais que podem ser esperadas para esta habilidade, portanto exigem revisão, mas não são contabilizadas como comportamento malicioso confirmado.

Médio

references/geo_reference.md:504

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE{nnn}nnn/GSE{xxxxx}/

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

references/geo_reference.md:541

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM{nnn}nnn/GSM{xxxxx}/

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

references/geo_reference.md:551

FTP protocol

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL{nnn}nnn/GPL{xxxxx}/

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

FTP protocol

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/matrix/GSE123456_series_matrix.txt.gz

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

FTP protocol

wget -r -np -nd ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/suppl/

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

FTP protocol

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/soft/GSE123456_family.soft.gz

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Médio

FTP protocol

- **GEO FTP Site:** ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

The skill documents ftp:// access to NCBI GEO over unauthenticated FTP. Public data reduces impact, but downloaded content can be tampered with in transit; prefer HTTPS or checksum verification.

Fatores de risco

🌐 Acesso à rede (26)

⚙️ Comandos externos (39)

📁 Acesso ao sistema de arquivos (2)

SKILL.md:381 SKILL.md:378

🔑 Variáveis de ambiente (1)

Auditado por: codex Ver histórico de auditoria →

Compartilhar e citar este relatório

Compartilhe o relatório de avaliação versionado, o badge neutro, o cartão incorporável e as citações. A Skillstore apresenta evidências sem decidir se este Skill é seguro.

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Avaliação de Segurança

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https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database/audits/15?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

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[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-geo-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database?utm_source=security_passport_badge)

Badge HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-geo-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Cartão incorporável

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-geo-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Citações acadêmicas (APA · BibTeX · CFF)

Citação APA

davila7. (2026). geo-database security audit report (audit version 15) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database/audits/15

Citação BibTeX

@techreport{davila7-davila7-geo-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {geo-database security audit report (audit version 15)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {15},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database/audits/15},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geo-database security audit report (audit version 15)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-geo-database/audits/15"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-geo-database:audit:15"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Comparar variantes

2 variantes instaláveis

Cada autor permanece como um skill instalável separado. A variante recomendada é classificada pelas evidências do Skillstore.

Por que esta variante está em primeiro

Maior pontuação do Skillstore

Autor / fonte Pontuação do Skillstore Confiança das evidências Uso no Skillstore Atualizado

davila7 Recomendado Atual

davila7-geo-database

Pontuação do Skillstore 73

Confiança das evidências Alto

Uso no Skillstore 16

Atualizado

2026-09-09

k-dense-ai-geo-database

Pontuação do Skillstore 71

Confiança das evidências Alto

Uso no Skillstore 12

Atualizado

2026-09-09

Pontuação do Skillstore

Por que esta pontuação Confiança das evidências: Alto

41

Arquitetura

85

Manutenibilidade

87

Conteúdo

73

Comunidade

74

Conformidade com a especificação

O que você pode criar

Encontrar estudos de expressão

Pesquisar estudos no GEO por doença, organismo, plataforma, data de publicação ou identificador de acesso.

Preparar conjuntos de dados para análise

Baixar arquivos de séries do GEO e convertê-los em matrizes de expressão com metadados das amostras.

Comparar coortes públicas

Planejar o controle de qualidade, a análise de expressão diferencial, o agrupamento e a meta-análise entre estudos do GEO.

Teste estes prompts

Pesquisar estudos

Encontre estudos públicos no GEO sobre RNA-seq de câncer de mama humano. Retorne termos de pesquisa úteis, prováveis identificadores de acesso e filtros para revisão.

Resumir uma série

Use o fluxo de trabalho do GEO para inspecionar GSE123456. Resuma o desenho do estudo, os grupos de amostras, a plataforma e os arquivos disponíveis.

Planejar a extração de dados

Crie um plano seguro para baixar uma matriz de séries do GEO e analisar os valores de expressão com GEOparse. Inclua limites de requisições e verificações de armazenamento.

Elaborar uma meta-análise

Compare vários estudos do GEO quanto à expressão de TP53. Planeje a seleção de identificadores de acesso, o mapeamento de plataformas, as verificações de normalização, a avaliação de efeitos de lote e a validação dos resultados.

Boas práticas

Defina Entrez.email e respeite os limites de requisições do NCBI antes de executar consultas em lote.
Prefira HTTPS ou downloads por bibliotecas oficiais quando disponíveis e verifique downloads grandes antes da análise.
Verifique os metadados das amostras, a anotação da plataforma e a normalização antes de comparar valores de expressão.

Evitar

Não insira chaves reais da API do NCBI diretamente em notebooks ou scripts compartilhados.
Não execute downloads recursivos em massa sem limites de armazenamento ou um planejamento dos arquivos.
Não compare estudos sem verificar efeitos de lote, diferenças entre plataformas ou métodos de processamento.

Perguntas frequentes

Quais bancos de dados esta skill abrange?

Ela se concentra em NCBI GEO DataSets, GEO Profiles, séries, amostras, plataformas e formatos de arquivo relacionados ao GEO.

Ela pode baixar arquivos brutos e processados?

Sim. Ela explica GEOparse, E-utilities, arquivos de matriz de séries, arquivos SOFT, arquivos MINiML e downloads complementares.

Ela realiza análises estatísticas automaticamente?

Não. Ela fornece exemplos de fluxos de trabalho para controle de qualidade, expressão diferencial, agrupamento e meta-análise.

Preciso de uma chave de API do NCBI?

Não. Uma chave de API é opcional, mas pode aumentar os limites de requisições de E-utilities quando configurada com segurança.

Isso é adequado para decisões clínicas?

Não. Os dados do GEO e as análises de exemplo precisam de validação científica e clínica independente antes do uso.

O que devo verificar antes de baixar os dados?

Verifique os tamanhos esperados dos arquivos, a capacidade de armazenamento, os metadados das amostras, a anotação da plataforma e as diretrizes de uso do NCBI.

Detalhes do desenvolvedor

Autor

Licença

MIT

Revisão da Skillstore

r1

Aviso de versão

O autor não declarou uma versão.

Repositório

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/geo-database

Referência

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

Atualidade da manutenção

27/07/2026

Uso

9 downloads · 432 visualizações

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 geo_reference.md