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geniml

Name: geniml
Author: davila7

Revisão do conteúdo r1 Seguro ⚡ Contém scripts📁 Acesso ao sistema de arquivos⚙️ Comandos externos🌐 Acesso à rede

Analise Intervalos Genômicos com Geniml

Projetos de intervalos genômicos precisam de pré-processamento consistente, treinamento de embeddings e construção de universos. Esta skill orienta fluxos de trabalho do Geniml para arquivos BED, dados scATAC-seq e avaliação de modelos.

Suporta: Claude Codex Code(CC)

📊 76 Adequado

Instalar com meu Agente

Copie esta solicitação para o seu Agente. Ela inclui a página canônica do Skill e o manifesto.

Solicitação do agente

Review the Skillstore skill "geniml" from https://skillstore.io/skills/davila7-geniml.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-geniml/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Seu Agente ainda deve apresentar o plano e solicitar qualquer confirmação exigida pela política de segurança.

Recursos legíveis por agentes

Use estes links quando um agente de IA, crawler ou script precisar de contexto limpo em vez de ler a página completa.

Detalhe em Markdown GET /skills/davila7-geniml.md manifest assinado GET /api/skills/davila7-geniml/manifest lockfile assinado GET /api/skills/davila7-geniml/lockfile

Testar

Usando "geniml". Um usuário pergunta como comparar centenas de arquivos BED de ATAC-seq.

Resultado esperado:

Recomendou criar um universo de consenso antes do treinamento de embeddings.
Descreveu tokenização, treinamento Region2Vec e métricas de qualidade.
Sugeriu verificações de cobertura, revisão de agrupamentos e observações sobre reprodutibilidade.

Usando "geniml". Um usuário tem dados ATAC-seq de célula única no formato AnnData.

Resultado esperado:

Mapeou a tarefa para scEmbed e integração com scanpy.
Listou as coordenadas de pico, arquivos de tokens e configurações de modelo necessários.
Sugeriu revisão de agrupamentos e UMAP após a geração dos embeddings.

Usando "geniml". Um usuário quer pesquisa com reconhecimento de metadados em coleções de arquivos BED.

Resultado esperado:

Recomendou BEDspace para embeddings conjuntos de regiões e rótulos.
Descreveu pré-processamento, treinamento de modelo, cálculo de distância e validação da pesquisa.
Indicou StarSpace como uma dependência externa a ser instalada deliberadamente.

Auditoria de segurança

Seguro

v15 • 09/07/2026 Abrir o relatório versionado

AI adjudication found no malicious intent, prompt injection, or unauthorized data exfiltration. The static findings are documentation examples, Markdown fences, public reference links, local Geniml CLI usage, and an explicit BBClient cache path for BED data.

Arquivos analisados

1,355

Linhas analisadas

Itens de revisão

Falsos positivos ignorados

Fatores de risco

⚡ Contém scripts (1)

references/utilities.md:36

📁 Acesso ao sistema de arquivos (4)

references/utilities.md:23 references/utilities.md:39 references/utilities.md:23 references/utilities.md:39

⚙️ Comandos externos (20)

🌐 Acesso à rede (4)

SKILL.md:29 SKILL.md:286 SKILL.md:287 SKILL.md:309

A auditoria estática e semântica concluída mais recente não detectou achados de segurança confirmados. Isso não comprova que a skill não tenha efeitos colaterais.

Auditado por: codex Ver histórico de auditoria →

Compartilhar e citar este relatório

Compartilhe o relatório de avaliação versionado, o badge neutro, o cartão incorporável e as citações. A Skillstore apresenta evidências sem decidir se este Skill é seguro.

Abrir o relatório versionado

Copiar link do relatório

https://skillstore.io/skills/davila7-geniml/audits/15?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Badge Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-geniml/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-geniml?utm_source=security_passport_badge)

Badge HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-geniml?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-geniml/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Cartão incorporável

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-geniml.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Citações acadêmicas (APA · BibTeX · CFF)

Citação APA

davila7. (2026). geniml security audit report (audit version 15) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-geniml/audits/15

Citação BibTeX

@techreport{davila7-davila7-geniml-2026,
  author = {davila7},
  title = {geniml security audit report (audit version 15)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {15},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-geniml/audits/15},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geniml security audit report (audit version 15)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-geniml/audits/15"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-geniml:audit:15"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Comparar variantes

2 variantes instaláveis

Cada autor permanece como um skill instalável separado. A variante recomendada é classificada pelas evidências do Skillstore.

Por que esta variante está em primeiro

Maior pontuação do Skillstore

Autor / fonte Pontuação do Skillstore Confiança das evidências Uso no Skillstore Atualizado

davila7 Recomendado Atual

davila7-geniml

Pontuação do Skillstore 76

Confiança das evidências Alto

Uso no Skillstore 9

Atualizado

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-geniml

Pontuação do Skillstore 38

Confiança das evidências Médio

Uso no Skillstore 10

Atualizado

2026-09-09

Pontuação do Skillstore

Por que esta pontuação Confiança das evidências: Alto

Arquitetura

Manutenibilidade

Conteúdo

Comunidade

Conformidade com a especificação

O que você pode criar

Treinar Embeddings de Regiões

Prepare arquivos BED, tokenize em relação a um universo e treine recursos Region2Vec para análises posteriores.

Analisar Acessibilidade de Célula Única

Use as orientações do scEmbed para criar embeddings de células, agrupar células e integrar resultados com scanpy.

Criar Coleções Genômicas Pesquisáveis

Combine embeddings BEDspace com metadados para oferecer suporte à pesquisa por similaridade entre regiões e rótulos.

Teste estes prompts

Planejar um Fluxo de Trabalho do Geniml

Tenho arquivos BED e metadados. Ajude-me a escolher um fluxo de trabalho do Geniml e liste as entradas necessárias.

Criar um Universo de Consenso

Oriente-me na criação de um universo de picos de consenso a partir de vários arquivos BED usando Geniml. Inclua escolhas de parâmetros e verificações de qualidade.

Treinar Embeddings Region2Vec

Crie um fluxo de trabalho Region2Vec para estes arquivos BED e este universo. Inclua tokenização, parâmetros de treinamento e métricas de avaliação.

Projetar um Pipeline de Pesquisa BEDspace

Projete um pipeline BEDspace avançado para pesquisa genômica com reconhecimento de metadados. Inclua pré-processamento, treinamento, cálculo de distância e validação.

Boas práticas

Confirme a montagem do genoma, os tamanhos dos cromossomos e a escolha do universo antes da tokenização.
Registre parâmetros, sementes aleatórias, versões de software e a procedência dos arquivos de entrada.
Avalie embeddings com múltiplas métricas e revisão visual antes da interpretação.