스킬 geo-database
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geo-database

낮은 위험 🌐 네트워크 접근⚙️ 외부 명령어📁 파일 시스템 액세스

NCBI GEO 유전자 발현 데이터 접근

또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7

연구자들은 분석을 위해 유전자 발현 데이터셋에 대한 효율적인 접근이 필요합니다. 이 스킬은 수백만 개의 유전체학 샘플을 포함하는 NCBI의 GEO 데이터베이스에서 데이터 조회, 다운로드 및 분석을 가능하게 합니다.

지원: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 68 나쁨
1

스킬 ZIP 다운로드

2

Claude에서 업로드

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3

토글을 켜고 사용 시작

테스트해 보기

"geo-database" 사용 중입니다. Search for diabetes gene expression datasets in humans

예상 결과:

  • Found 1,247 datasets matching 'diabetes AND Homo sapiens'
  • Top results:
  • - GSE12345: Type 2 diabetes gene expression (47 samples)
  • - GSE67890: Diabetic nephropathy study (32 samples)
  • - GSE11111: Insulin response time course (24 samples)

"geo-database" 사용 중입니다. Download GSE12345 and extract metadata

예상 결과:

  • Downloaded GSE12345_series_matrix.txt.gz (145 MB)
  • Dataset summary:
  • - Title: Transcriptome profiling of diabetic vs normal kidney
  • - Samples: 20 (10 diabetic, 10 control)
  • - Platform: GPL570 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0)
  • - Organism: Homo sapiens
  • - Submission date: 2023-06-15

보안 감사

낮은 위험
v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill for accessing NCBI GEO database. Static analysis flagged 256 pattern-based issues but all are false positives. The 'backtick execution' findings are markdown code block syntax, not actual shell commands. Network operations are legitimate NCBI API access. FTP downloads target public GEO data repositories. Optional API key usage follows NCBI best practices. No executable code present - only documentation.

3
스캔된 파일
1,878
분석된 줄 수
3
발견 사항
4
총 감사 수

위험 요인

🌐 네트워크 접근 (3)
SKILL.md:67-75 SKILL.md:402-408 references/geo_reference.md:11-13
⚙️ 외부 명령어 (3)
SKILL.md:61-65 SKILL.md:144-146 SKILL.md:400-408
📁 파일 시스템 액세스 (1)
SKILL.md:379-385
감사자: claude 감사 이력 보기 →

품질 점수

41
아키텍처
100
유지보수성
87
콘텐츠
29
커뮤니티
90
보안
74
사양 준수

만들 수 있는 것

질환에서 유전자 발현 분석

건강 조직과 질환 조직 샘플 간의 유전자 발현 데이터를 다운로드하고 비교하여 바이오마커를 식별합니다.

연구 간 메타 분석

여러 GEO 연구의 데이터를 결합하여 유전자 발현 변화를 탐지하기 위한 통계적 검정력을 증가시킵니다.

예측 모델 구축

GEO 발현 데이터를 활용하여 약물 반응 예측 또는 환자分层을 위한 머신러닝 모델을 훈련시킵니다.

이 프롬프트를 사용해 보세요

GEO 데이터셋 검색 
지난 5년간의 인간 유방암 유전자 발현 데이터셋을 GEO에서 검색하세요. 샘플 수와 사용된 플랫폼이 포함된 상위 5개 결과를 보여주세요.
발현 데이터 다운로드 
GSE12345의 발현 매트릭스와 메타데이터를 다운로드하세요. 파일을 ./data/에 저장하고 샘플 수와 유전자 수를 포함한 데이터셋 요약을 보여주세요.
차등 발현 
GSE12345에서 처리군과 대조군 샘플을 비교하여 차등 발현 분석을 수행하세요. limma 또는 t-test를 사용하고 가장 유의미한 상위 10개 유전자를 보여주세요.
배치 처리 
다음 3개의 GEO 시리즈를 다운로드하고 처리하세요: GSE100001, GSE100002, GSE100003. 발현 데이터를 추출하고 연구 메타데이터가 포함된 요약 테이블을 생성하세요.

모범 사례

  • NCBI E-utilities 사용 시 항상 이메일 설정 (NCBI 정책에서 요구)
  • 증가된 비율 제한을 위해 NCBI에서 무료 API 키 얻기 (10 req/s vs 3 req/s)
  • 반복 다운로드 피하기 위해 다운로드한 GEO 파일을 로컬에 캐시

피하기

  • 전체 GEO 데이터베이스를 다운로드하지 말고 접근 번호로 선택적으로 접근하세요
  • 공유되거나 버전 관리되는 코드에 API 키를 하드코딩하지 마세요
  • 발현 데이터 해석 시 샘플 메타데이터를 무시하지 마세요

자주 묻는 질문

GEO 접근에 API 키가 필요한가요?
API 키는 선택 사항이지만 권장됩니다. 키 없이: 초당 3개 요청. 키 사용: 초당 10개 요청. ncbi.nlm.nih.gov/account/에서 무료 키를 얻으세요.
GSE, GSM, GPL의 차이점은 무엇인가요?
GSE는 전체 연구(시리즈)이고, GSM은 개별 샘플이며, GPL은 마이크로어레이 또는 시퀀싱 플랫폼입니다. 전체 데이터셋에는 GSE를 사용하세요.
일부 시리즈에서 발현 데이터가 누락된 이유는 무엇인가요?
오래된 제출물은 매트릭스 파일이 없을 수 있습니다. 전체 데이터를 얻으려면 family SOFT 파일을 다운로드하거나 개별 샘플 테이블을 파싱하세요.
매우 큰 GEO 데이터셋을 어떻게 처리하나요?
대량 데이터에는 FTP 다운로드를 사용하고, 청크로 처리하며, 희소 발현 데이터에는 희소 매트릭스를 사용하여 메모리 효율성을 높이세요.
임상 연구에 GEO 데이터를 사용할 수 있나요?
네, GEO 데이터는 공공 도메인입니다. 항상 원본 연구를 인용하고 임상 적용 전에 데이터 품질을 확인하세요.
발현 데이터에 어떤 파일 형식을 사용해야 하나요?
시리즈 매트릭스 파일이 발현 값에 가장 빠릅니다. 완전한 메타데이터에는 SOFT를 사용하세요. XML 기반 처리에는 MINiML을 사용하세요.

개발자 세부 정보

작성자

K-Dense-AI

라이선스

MIT

리포지토리

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-database

참조

main

파일 구조

📁 references/

📄 geo_reference.md

📄 SKILL.md