스킬 geo-database
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geo-database
안전 ⚙️
외부 명령어🌐
네트워크 접근📁
파일 시스템 액세스🔑
환경 변수
NCBI GEO에서 유전자 발현 데이터 검색 및 다운로드
또한 다음에서 사용할 수 있습니다: K-Dense-AI
유전자 발현 데이터셋을 찾고 처리하려면 복잡한 데이터베이스 구조와 파일 형식을 탐색해야 합니다. 이 스킬은 GEO 마이크로어레이 및 RNA-seq 데이터를 검색, 다운로드, 분석하기 위한 즉시 사용 가능한 코드 패턴을 제공합니다.
지원: Claude Codex Code(CC)
1
스킬 ZIP 다운로드
2
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
3
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"geo-database" 사용 중입니다. 50개 이상의 샘플이 있는 인간 폐암 데이터셋을 GEO에서 검색
예상 결과:
- GEO DataSets에서 234개 일치하는 데이터셋 발견
- 최상위 결과: GSE31210 - 폐선암종의 유전자 발현 프로파일
- 생물종: Homo sapiens, 플랫폼: GPL570, 샘플: 246개
- 전체 메타데이터를 가져오고 발현 데이터를 다운로드하는 Python 코드 제공
"geo-database" 사용 중입니다. GSE54460을 다운로드하고 샘플 그룹화 표시
예상 결과:
- 시리즈 매트릭스 파일 다운로드 완료 (압축 시 45MB)
- 시리즈에는 3개 조건에 걸친 106개 샘플 포함
- 그룹: 정상 전립선(17개), 원발성 종양(51개), 전이성(38개)
- 발현 매트릭스: 22,283개 프로브 x 106개 샘플, 분석 준비 완료
보안 감사
안전v5 • 1/17/2026
This skill provides documentation and code examples for accessing NCBI's Gene Expression Omnibus database. All 258 static findings are false positives caused by pattern matching against markdown code blocks (triple backticks), bioinformatics terminology (SAM samples, ch2 channels), legitimate NCBI API URLs, and GEO accession number patterns.
3
스캔된 파일
1,831
분석된 줄 수
4
발견 사항
5
총 감사 수
위험 요인
⚙️ 외부 명령어 (163)
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🌐 네트워크 접근 (28)
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📁 파일 시스템 액세스 (2)
🔑 환경 변수 (2)
감사자: claude 감사 이력 보기 →
품질 점수
41
아키텍처
100
유지보수성
87
콘텐츠
20
커뮤니티
100
보안
74
사양 준수
만들 수 있는 것
암 유전자 발현 데이터셋 다운로드
유방암 RNA-seq 연구를 검색하고, 발현 매트릭스를 다운로드하며, 차등 발현 분석을 위한 데이터를 준비합니다.
발표된 연구 데이터 접근
논문의 GEO 접근 번호에서 보조 데이터를 검색하여 발표된 분석을 재현하거나 확장합니다.
유전자 발현 메타 분석 파이프라인 구축
여러 관련 연구를 일괄 다운로드하고 플랫폼 간 발현 데이터를 결합하여 메타 분석을 수행합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
기본 GEO 검색
지난 2년간의 인간 유방암 RNA-seq 데이터셋을 GEO에서 검색하고 메타데이터를 가져오는 방법을 보여주세요.
발현 데이터 다운로드
GSE123456에서 GEOparse를 사용하여 발현 매트릭스를 다운로드하고 샘플 정보를 보여주세요.
플랫폼 어노테이션 매핑
GPL570 플랫폼의 발현 데이터가 있습니다. 프로브 ID를 基因 심볼로 매핑하는 것을 도와주세요.
차등 발현 분석 워크플로우
GSE123456을 처리군과 대조군 샘플과 함께 다운로드했습니다. 차등 발현 분석 워크플로우를 설정해주세요.
모범 사례
- NCBI 정책을 준수하기 위해 E-utilities 사용 전 항상 Entrez.email 설정
- 반복 다운로드 및 비율 제한 존중을 위해 다운로드한 GEO 파일을 로컬에 캐시
- 제출 이후 基因 심볼이 업데이트되었을 수 있으므로 플랫폼 어노테이션이 최신인지 확인
피하기
- 지연 없이 빠르게 반복 요청 - 이는 NCBI 비율 제한을 위반하며 차단될 수 있음
- 모든 발현 값이 비교 가능하다고 가정 - 원시, 정규화 또는 로그 변환 데이터인지 확인
- 여러 연구 또는 플랫폼의 데이터를 결합할 때 배치 효과 무시
자주 묻는 질문
GSE, GSM, GPL 접근 번호의 차이점은 무엇입니까?
GSE는 시리즈(완전한 실험), GSM은 샘플(단일 데이터 포인트), GPL은 플랫폼(어레이/시퀀싱 기술 정의)입니다.
NCBI 요청 비율 제한을 어떻게 높이나요?
ncbi.nlm.nih.gov/account에서 무료 NCBI API 키를 등록하면 초당 3개에서 10개 요청으로 증가합니다.
GEO에 접근하기 위해 어떤 Python 라이브러리를 사용해야 하나요?
GEO 데이터 다운로드 및 파싱에는 GEOparse를, 메타데이터 검색을 위한 E-utilities에는 Biopython을 권장합니다.
메모리 오류를 일으키는 대규모 GEO 데이터셋은 어떻게 처리하나요?
데이터를 청크로 처리하거나, 발현 값에 float64 대신 float32를 사용하거나, 필요한 샘플만 다운로드하세요.
GEO에서 원시 시퀀싱 데이터를 다운로드할 수 있나요?
원시 시퀀싱 파일은 SRA에 저장됩니다. GEO는 SRA 접근 번호에 연결됩니다. SRA 툴킷이나 download_sra=True와 함께 GEOparse를 사용하세요.
발현 분석을 위해 어떤 파일 형식을 다운로드해야 하나요?
시리즈 매트릭스 파일은 발현 데이터를 가져오는 가장 빠릅니다. SOFT 파일에는 전체 메타데이터가 포함됩니다. 둘 다 GEOparse에서 지원됩니다.