スキル biorxiv-database
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biorxiv-database

安全 🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス

キーワード、著者、日付でbioRxivのプレプリントを検索

こちらからも入手できます: davila7

研究者は関連するプレプリントを見つけるためにbioRxivを手動で何時間も検索しています。このスキルは、キーワード、著者、日付範囲、科学カテゴリでの精密なフィルタリングにより、文献発見を自動化します。

対応: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 ブロンズ
1

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2

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3

オンにして利用開始

テストする

「biorxiv-database」を使用しています。 Search for COVID-19 vaccine papers from 2021

期待される結果:

  • Found 342 papers matching your criteria
  • Top result: 'mRNA vaccine efficacy against variants' by Smith et al.
  • DOI: 10.1101/2021.03.15.123456
  • Published: March 15, 2021
  • Abstract: We analyzed vaccine effectiveness...
  • PDF available for download

「biorxiv-database」を使用しています。 Find neuroscience papers by author 'Yong' from 2024

期待される結果:

  • Found 8 papers
  • Recent: 'Neural circuit mapping in vivo' by Yong et al.
  • Date: 2024-08-20
  • Category: neuroscience
  • PDF ready for download

セキュリティ監査

安全
v4 • 1/17/2026

The static analyzer flagged 248 issues, but all are false positives. Markdown documentation backticks were misidentified as shell command execution. The Python script is a straightforward bioRxiv API client that makes legitimate requests to https://api.biorxiv.org, saves results to files, and optionally supports API key authentication. No malicious intent, data exfiltration, or suspicious behavior patterns found.

4
スキャンされたファイル
1,425
解析された行数
2
検出結果
4
総監査数

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (1)
scripts/biorxiv_search.py:23
📁 ファイルシステムへのアクセス (1)
scripts/biorxiv_search.py:255
監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

64
アーキテクチャ
100
保守性
87
コンテンツ
21
コミュニティ
100
セキュリティ
91
仕様準拠

作れるもの

論文のための文献レビュー

分野内の最近のプレプリントを検索し、関連する論文をダウンロードし、包括的な文献レビューのために引用を追跡します。

競合研究のモニタリング

特定の著者やラボによる出版物を追跡し、分野内の競合研究的最新情報を入手します。

生命科学におけるトレンド分析

時間経過に伴う出版パターンを分析し、新興の研究トレンドとホットスポットを特定します。

これらのプロンプトを試す

基本的なキーワード検索 
Search bioRxiv for preprints about CRISPR gene editing published in the last 30 days and save results to crispr_recent.json
著者トラッキング 
Find all preprints by author 'Zhang F' from 2023-2024 and download the PDFs
カテゴリフィルタリング 
Search for machine learning papers in the neuroscience category from the last 6 months, include abstracts
体系的なレビュー 
Search bioRxiv for papers matching keywords: 'single-cell RNA-seq', 'spatial transcriptomics', 'multi-omics' published between 2022-2024, filter by bioinformatics category, and export complete metadata

ベストプラクティス

  • カテゴリフィルタを使用して結果を絞り込み、検索精度を向上させる
  • 同じクエリに対するAPI呼び出しを繰り返すのを避けるためにキャッシュを実装する
  • 一括操作の間に遅延を追加してレート制限を尊重する

回避

  • 日付範囲なしで検索しない - これらは過剰な結果を返す
  • 同時リクエストを作成しない - これはbioRxivのレート制限に違反する
  • DOIsをスクリプトにハードコードしない - 常に検索結果を動的に使用する

よくある質問

medRxivのプレプリントも検索できますか？
いいえ、このスキルは生命科学のプレプリントに対してのみbioRxivを検索します。MedRxivには個別のAPIアクセスが必要です。
一度に何件の論文をダウンロードできますか？
APIは検索ごとに最大100件の論文を返します。リクエスト間で0.5秒の遅延でPDFを一度に1件ずつダウンロードしてください。
全文コンテンツを検索できますか？
検索はタイトル、要約、著者名のみをスキャンします。全文検索にはPDFを別途ダウンロードする必要があります。
どのような日付形式が受け入れられますか？
YYYY-MM-DD形式を使用してください（例：2024-01-15）。相対的な日付には--days-backも使用できます。
出版された論文は含まれますか？
結果には出版ステータスに関係なくすべてのbioRxivプレプリントが含まれます。ジャーナル情報を確認するには'published'フィールドをチェックしてください。
このツールで見つけた論文を引用するにはどうすればよいですか？
各結果にはDOI、著者、タイトル、日付が含まれます。適切な引用を参考文献管理ツールで生成するにはDOIを使用してください。

開発者の詳細

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

MIT

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biorxiv-database

参照

main

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 biorxiv_search.py

📄 SKILL.md