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pubmed-database

Sûr 🌐 Accès réseau

Rechercher dans la littérature biomédicale PubMed

Également disponible depuis: davila7

Les chercheurs ont besoin d'un accès efficace à la littérature biomédicale pour les revues systématiques et la recherche basée sur les preuves. Cette compétence fournit une documentation complète pour les requêtes PubMed, notamment les opérateurs booléens, les termes MeSH et l'accès à l'API E-utilities.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
📊 70 Adéquat
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Utilisation de "pubmed-database". Rechercher des revues systématiques sur l'apprentissage automatique en imagerie médicale publiées 2023-2024

Résultat attendu:

  • Query: (machine learning[mh] OR deep learning[tiab] OR artificial intelligence[tiab]) AND (medical imaging[mh] OR radiology[tiab] OR diagnostic imaging[tiab]) AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]
  • Result: 247 articles found
  • Top matches include:
  • - Deep learning in radiology: a systematic review (PMID: 38012345)
  • - Machine learning for medical image analysis: systematic review (PMID: 37987654)

Utilisation de "pubmed-database". Trouver des essais cliniques sur la metformine pour le diabète de type 2 avec des résultats cardiovasculaires

Résultat attendu:

  • Query: (metformin[nm] OR biguanides[mh]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND cardiovascular diseases[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND hasabstract[text]
  • Result: 89 articles found
  • Key studies:
  • - Metformin and cardiovascular outcomes in type 2 diabetes (PMID: 36543210)
  • - Long-term cardiovascular effects of metformin (PMID: 36123456)

Audit de sécurité

Sûr
v5 • 1/21/2026

All static findings are false positives. This is a documentation-only skill providing reference materials for PubMed queries. The detected patterns (backticks, API key placeholders, URLs) are markdown documentation elements, not executable code. The skill contains no executable code, no network calls, and no credential access.

5
Fichiers analysés
5,088
Lignes analysées
1
résultats
5
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (5)
references/api_reference.md:8 references/api_reference.md:295 SKILL.md:128 SKILL.md:453 SKILL.md:454
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

45
Architecture
90
Maintenabilité
87
Contenu
23
Communauté
100
Sécurité
91
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Revue Systématique de Littérature

Construire des stratégies de recherche complètes utilisant des opérateurs booléens, des termes MeSH et des filtres pour trouver toutes les études pertinentes pour les revues systématiques et méta-analyses.

Requêtes de Recherche Biomédicale

Rechercher des articles sur des maladies, traitements ou interactions médicamenteux spécifiques en utilisant des balises de champ précises et un vocabulaire contrôlé.

Extraction de Données par Programmation

Construire des flux de travail automatisés pour rechercher PubMed et extraire les métadonnées des articles via l'API E-utilities pour des projets de recherche à grande échelle.

Essayez ces prompts

Recherche d'Articles de Base 
Trouver des articles récents sur {topic} publiés en 2024. Utiliser les termes MeSH appropriés et les balises de champ pour limiter les résultats aux articles de recherche en anglais.
Recherche d'Essais Cliniques 
Rechercher des essais contrôlés randomisés comparant {treatment_a} versus {treatment_b} pour {condition} de 2020 à 2024. Inclure uniquement les articles en texte intégral gratuit.
Requête pour Revue Systématique 
Utiliser le cadre PICO pour construire une stratégie de recherche complète pour {clinical_question}. Inclure tous les synonymes et termes MeSH pertinents.
Recherche par Lots via API 
Écrire un script Python utilisant l'API E-utilities pour rechercher des articles correspondant à {criteria}, récupérer jusqu'à 500 PMIDs via le serveur d'historique, et exporter les résultats vers un fichier CSV avec PMID, titre et résumé.

Bonnes pratiques

  • Commencez par des recherches larges utilisant les termes MeSH, puis affinez avec des balises de champ et des filtres pour plus de précision
  • Incluez des synonymes et termes alternatifs pour capturer toute la littérature pertinente
  • Utilisez le serveur d'historique (usehistory=y) pour les grands ensembles de résultats dépassant 500 articles
  • Obtenez une clé API auprès de NCBI pour des limites de débit plus élevées (10 requêtes/seconde contre 3)

Éviter

  • Utiliser uniquement des termes en texte sans termes MeSH fait manquer les articles indexés
  • Faire de nombreuses petites requêtes API au lieu d'opérations par lots gaspille les limites de débit
  • Ne pas mettre en cache les résultats conduit à des appels API redondants et des flux de travail plus lents
  • Ignorer la correspondance automatique de termes peut produire des résultats de recherche inattendus

Foire aux questions

Quelle est la différence entre les termes MeSH et les recherches en texte mot ?
Les termes MeSH recherchent dans l'index de vocabulaire contrôlé où tous les articles sont manuellement balisés. Les recherches en texte mot ne font que correspondre les termes apparaissant dans les titres et résumés. La combinaison des deux offre une couverture complète.
Comment obtenir une clé API pour PubMed E-utilities ?
Inscrivez-vous pour un compte NCBI gratuit sur ncbi.nlm.nih.gov, puis accédez à vos paramètres de compte pour générer une clé API. Incluez-la dans les requêtes avec le paramètre api_key pour des limites de débit plus élevées.
Quelles sont les limites de débit de PubMed ?
Sans clé API : 3 requêtes par seconde. Avec une clé API : 10 requêtes par seconde. Incluez toujours un en-tête User-Agent descriptif dans vos requêtes.
Comment gérer de grands ensembles de résultats avec des milliers d'articles ?
Utilisez le serveur d'historique : appelez d'abord ESearch avec usehistory=y pour stocker les résultats, puis utilisez les paramètres WebEnv et QueryKey avec ESummary ou EFetch pour récupérer les données par lots jusqu'à 500 enregistrements par requête.
Quels formats d'export sont disponibles pour les résultats PubMed ?
Les formats courants incluent MEDLINE (texte), XML (données structurées), RIS (gestionnaires de références) et NBIB (EndNote). Utilisez les paramètres rettype et retmode pour spécifier le format souhaité.
Comment trouver des articles qui citent un article spécifique ?
Utilisez l'utilitaire ELink avec dbfrom=pubmed, db=pubmed et cmd=cite. Cela renvoie les PMIDs des articles qui citent l'article d'entrée. Notez que les données de citation peuvent ne pas être complètes pour les publications très récentes.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

Unknown

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubmed-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_queries.md

📄 search_syntax.md

📄 SKILL.md