Compétences benchling-integration
🔬
benchling-integration
Sûr ⚡
Contient des scripts🌐
Accès réseau🔑
Variables d’environnement⚙️
Commandes externes📁
Accès au système de fichiers
Intégrer la plateforme R&D Benchling
Également disponible depuis: davila7
Automatisez les flux de travail en laboratoire et gérez les données biologiques en intégrant la plateforme R&D Benchling. Accédez aux séquences d'ADN, aux données protéiques, aux inventaires et aux cahiers de laboratoire électroniques via le SDK Python ou l'API REST.
Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
1
Télécharger le ZIP du skill
2
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
3
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "benchling-integration". Comment configurer l'authentification avec Benchling en utilisant des variables d'environnement ?
Résultat attendu:
- Utilisez os.environ pour récupérer les identifiants depuis les variables d'environnement pour une authentification sécurisée.
- Approche recommandée : Stockez votre clé API dans BENCHLING_API_KEY et l'URL du tenant dans BENCHLING_TENANT_URL.
- Exemple : api_key = os.environ.get('BENCHLING_API_KEY')
- Cela garde les identifiants hors de votre code source et soutient les pratiques de déploiement sécurisé.
Utilisation de "benchling-integration". Montrez-moi comment créer une séquence d'ADN et l'enregistrer dans le registre Benchling
Résultat attendu:
- Utilisez DnaSequenceCreate avec le paramètre entity_registry_id pour enregistrer lors de la création.
- Exemple : Définissez naming_strategy='NEW_IDS' pour la génération automatique d'ID de registre.
- Liez aux entrées de cahier en utilisant benchling.entry_links.create() avec entry_id et entity_id.
- Le SDK gère la pagination automatiquement avec une itération basée sur des générateurs.
Audit de sécurité
Sûrv4 • 1/17/2026
This is a documentation-only skill containing reference materials for the Benchling R&D platform API. Static analysis flagged 476 patterns in markdown files, but ALL findings are FALSE POSITIVES. The scanner detected markdown code formatting (backticks), example URLs, and placeholder credentials in documentation examples - not actual executable code with security implications.
6
Fichiers analysés
5,064
Lignes analysées
5
résultats
4
Total des audits
Facteurs de risque
⚡ Contient des scripts (3)
🌐 Accès réseau (43)
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🔑 Variables d’environnement (46)
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⚙️ Commandes externes (336)
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📁 Accès au système de fichiers (1)
Audité par: claude Voir l’historique des audits →
Score de qualité
45
Architecture
100
Maintenabilité
87
Contenu
20
Communauté
100
Sécurité
91
Conformité aux spécifications
Ce que vous pouvez construire
Automatiser l'enregistrement de séquences
Importer en masse des séquences d'ADN et de protéines à partir de fichiers FASTA directement dans le registre Benchling avec un nommage approprié et des champs personnalisés.
Suivi d'inventaire
Surveiller les emplacements des échantillons, suivre les transferts de conteneurs et auditer les changements d'inventaire à travers les emplacements de congélateurs et les unités de stockage.
Analyses de recherche
Exporter les données expérimentales du Data Warehouse pour les rapports de conformité et l'intégration avec des outils BI externes.
Essayez ces prompts
Connexion basique
Montrez-moi comment m'authentifier auprès de Benchling en utilisant une clé API et créer une connexion à mon tenant.
Opérations sur les séquences
Comment puis-je créer une nouvelle séquence d'ADN, l'enregistrer dans le registre et la lier à une entrée de cahier ?
Gestion d'inventaire
Créez un flux de travail pour transférer des conteneurs entre des emplacements et suivre l'historique des mouvements.
Script d'automatisation
Écrivez un script pour trouver toutes les séquences avec un schéma spécifique et exporter leurs noms, bases et dates de création au format CSV.
Bonnes pratiques
- Stockez les identifiants API dans des variables d'environnement ou des gestionnaires de secrets, ne les codez jamais en dur dans les scripts
- Utilisez HTTPS pour toutes les connexions API - Benchling nécessite une communication sécurisée
- Implémentez une gestion d'erreurs appropriée avec une logique de nouvelle tentative pour les limites de débit et les échecs transitoires
Éviter
- Ne committez pas de clés API ou d'identifiants dans les systèmes de contrôle de version
- Évitez de faire des requêtes sans vérifier les limites de débit ou sans implémenter de stratégies de recul (backoff)
- Ne codez pas en dur les URL de tenant - utilisez plutôt des fichiers de configuration ou des variables d'environnement
Foire aux questions
Comment puis-je obtenir mes identifiants API Benchling ?
Connectez-vous à Benchling, allez dans les Paramètres du profil et générez une clé API. Stockez-la en toute sécurité car elle ne s'affiche qu'une seule fois.
Quelle version de Python est requise ?
Le SDK Benchling nécessite Python 3.7 ou supérieur. Vérifiez votre version avec python --version.
Puis-je utiliser cette compétence hors ligne ?
Non, cette compétence nécessite une connexion Internet active pour communiquer avec l'API Benchling.
Comment gérer les limites de débit ?
Le SDK réessaie automatiquement sur les erreurs 429 avec un recul exponentiel. Configurez max_retries dans RetryStrategy si nécessaire.
Quelles méthodes d'authentification sont supportées ?
Authentification par clé API pour les scripts et OAuth 2.0 Client Credentials pour les applications multi-utilisateurs.
Cette compétence inclut-elle le SDK ?
Non, vous devez installer le paquet benchling-sdk séparément en utilisant pip ou poetry.