Rechercher des composés ZINC pour la découverte de médicaments
La recherche de composés disponibles à l'achat et d'analogues utiles dans ZINC peut nécessiter une syntaxe de requête spécialisée. Cette compétence fournit des conseils pour les recherches, les téléchargements, le filtrage et la préparation à l'amarrage moléculaire.
Review the Skillstore skill "zinc-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-zinc-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-zinc-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.
エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
Review found no malicious intent, prompt injection, secret access, or data exfiltration. Subprocess examples use argument lists without shell expansion; URL, database, and reconnaissance detections are documentation or file-format false positives. Network access remains an expected dependency on public ZINC services.
Sélectionner un sous-ensemble ZINC, récupérer les identifiants et les structures, puis organiser les fichiers pour l'amarrage moléculaire.
Trouver des analogues disponibles à l'achat
Effectuer une recherche autour du SMILES d'un composé actif et comparer les composés correspondants, les fournisseurs, les tranches et leur disponibilité.
Créer un pipeline de données sur les composés
Exécuter des requêtes ZINC par lots, analyser les réponses tabulaires, mettre les résultats en cache et préparer des enregistrements validés pour l'analyse.
これらのプロンプトを試す
Rechercher un composé
Trouve l'identifiant ZINC {zinc_id}. Renvoie son SMILES, sa tranche, ses codes fournisseurs, ses catalogues et toute réserve concernant sa disponibilité.
Trouver des composés similaires
Recherche dans ZINC22 des analogues du SMILES {smiles} en utilisant la distance {distance}. Renvoie {count} correspondances disponibles à l'achat avec leurs identifiants ZINC, leurs SMILES et leurs fournisseurs.
Créer un échantillon de criblage
Crée un plan pour récupérer {count} composés du sous-ensemble {subset} depuis ZINC22. Demande uniquement les champs relatifs à l'identifiant ZINC, au SMILES, à la tranche et au fournisseur.
Préparer un workflow d'amarrage moléculaire
Conçois un workflow ZINC22 pour la cible {target}. Inclus la sélection des requêtes, les filtres de tranche, les téléchargements 3D, la validation, les limites de débit et la préparation à l'amarrage moléculaire.
ベストプラクティス
Commencez par des requêtes exactes ou de petite taille avant de lancer des recherches de similarité étendues et des téléchargements en masse.
Demandez uniquement les champs nécessaires, traitez les identifiants par lots, mettez les résultats en cache et respectez la capacité du service.
Validez les structures, la stéréochimie, la disponibilité auprès des fournisseurs et les licences avant toute utilisation expérimentale ou commerciale.
回避
Ne lancez pas de téléchargements récursifs de dépôts sans limites de stockage ni périmètre de tranches préalablement vérifié.
Ne considérez pas les enregistrements ZINC comme des preuves garanties de qualité, de sécurité ou de disponibilité.
Ne transmettez pas directement des URLs non fiables à des wrappers curl ou à d'autres commandes externes.
よくある質問
Qu'est-ce que la base de données ZINC ?
ZINC est une base de données publique de composés disponibles à l'achat, utilisée pour la découverte de ligands, le criblage virtuel et l'amarrage moléculaire.
Cette compétence peut-elle effectuer des recherches par SMILES ?
Oui. Elle documente les recherches exactes et de similarité utilisant SMILES avec des paramètres de distance configurables.
Peut-elle récupérer des structures 3D ?
Elle explique comment localiser et télécharger les fichiers de structures ZINC organisés par tranche.
Garantit-elle la disponibilité des composés ?
Non. Les catalogues des fournisseurs et les enregistrements de composés peuvent changer ; la disponibilité doit donc être vérifiée indépendamment.
Quels outils externes peuvent être nécessaires ?
Les workflows peuvent nécessiter curl, wget, pandas, RDKit, OpenBabel, DOCK ou AutoDock Vina.
Peut-elle valider des composés pour des expériences ?
Non. Effectuez des vérifications chimio-informatiques indépendantes, vérifiez les informations auprès des fournisseurs et obtenez l'approbation de votre établissement avant tout travail expérimental.