Compétences brenda-database
🧬

brenda-database

Risque faible 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers🔑 Variables d’environnement

Interroger la base de données d'enzymes BRENDA pour obtenir des données cinétiques

Également disponible depuis: K-Dense-AI

Trouver les paramètres cinétiques d'enzymes dans la littérature nécessite des recherches approfondies. Cette compétence fournit un accès direct à la base de données BRENDA via une interface simple pour récupérer les valeurs de Km, les équations de réaction et les données enzymatiques spécifiques aux organismes pour la recherche biochimique.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥉 73 Bronze
1

Télécharger le ZIP du skill

2

Importer dans Claude

Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill

3

Activez et commencez à utiliser

Tester

Utilisation de "brenda-database". Get Km values for alcohol dehydrogenase in yeast

Résultat attendu:

  • Alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) in Saccharomyces cerevisiae:
  • Km for ethanol: 1.2 mM (pH 7.4, 25C)
  • Km for acetaldehyde: 0.8 mM (pH 7.0, 30C)
  • Data points available: 15 entries from literature

Audit de sécurité

Risque faible
v5 • 1/17/2026

Legitimate scientific research tool for accessing the BRENDA enzyme database via SOAP API. All static findings are false positives: markdown documentation backticks flagged as shell execution, EC numbers (enzyme classification) misidentified as IP addresses, SHA-256 password hashing is secure, and biochemistry cofactor names (NAD, NADH) flagged as C2 keywords are legitimate metabolite names. The skill only accesses environment variables for API credentials and makes documented SOAP calls to brenda-enzymes.org.

6
Fichiers analysés
4,166
Lignes analysées
3
résultats
5
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (1)
references/api_reference.md:10-12
📁 Accès au système de fichiers (1)
scripts/brenda_queries.py:761-766
🔑 Variables d’environnement (1)
SKILL.md:302-306
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

64
Architecture
100
Maintenabilité
81
Contenu
30
Communauté
90
Sécurité
74
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Recherche de paramètres cinétiques

Rechercher les valeurs de Km pour les expériences de caractérisation enzymatique

Conception de voies métaboliques

Trouver des candidats enzymatiques pour la construction de voies métaboliques

Comparaison de la littérature

Comparer les propriétés enzymatiques entre organismes pour des publications

Essayez ces prompts

Obtenir les valeurs de Km 
Get Km values for EC number 1.1.1.1 (alcohol dehydrogenase) for Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae
Trouver des enzymes 
Find enzymes that act on glucose and show their Km values and organisms
Comparer les organismes 
Compare the kinetic parameters of hexokinase (EC 2.7.1.1) across human, yeast, and E. coli
Construire une voie métabolique 
Find a pathway to produce lactate starting from glucose including all enzyme EC numbers

Bonnes pratiques

  • Mettre en cache les données enzymatiques fréquemment consultées pour réduire les appels API
  • Utiliser des filtres spécifiques d'organisme et de substrat pour affiner les résultats
  • Gérer gracieusement les données manquantes car toutes les enzymes n'ont pas d'entrées complètes
  • Implémenter des délais entre les requêtes pour respecter les limites de débit

Éviter

  • Effectuer des appels API successifs rapides sans limitation de débit
  • Supposer que tous les paramètres cinétiques existent pour chaque enzyme
  • Utiliser la compétence sans identifiants BRENDA valides
  • Exporter de grands ensembles de données sans filtrage préalable

Foire aux questions

Quelles sont les limites de débit pour l'API BRENDA ?
Maximum 5 requêtes par seconde, recommandé 1 requête par seconde pour une utilisation soutenue afin d'éviter la limitation.
Ai-je besoin d'un compte BRENDA pour utiliser cette compétence ?
Oui, vous devez vous inscrire sur brenda-enzymes.org et configurer votre email et mot de passe dans les variables d'environnement.
Puis-je exporter les données des requêtes ?
Oui, la compétence prend en charge l'exportation des données cinétiques aux formats CSV, JSON ou Excel pour une analyse ultérieure.
Mes données sont-elles sécurisées lors de l'utilisation de cette compétence ?
Oui, vos identifiants sont hachés avec SHA-256 avant transmission. Aucune autre donnée ne quitte votre environnement.
Que se passe-t-il si une enzyme n'a pas de données cinétiques ?
La compétence renvoie des résultats vides avec un message. Essayez des recherches plus larges avec des caractères génériques ou vérifiez si l'enzyme a des données dans BRENDA.
Comment cela se compare-t-il aux autres bases de données d'enzymes ?
BRENDA est la base de données d'enzymes la plus complète avec plus de 45 000 enzymes. Contrairement à UniProt ou ExPASy, elle se concentre spécifiquement sur les paramètres cinétiques issus de la littérature.

Détails du développeur

Auteur

davila7

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/brenda-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 brenda_queries.py

📄 brenda_visualization.py

📄 enzyme_pathway_builder.py

📄 SKILL.md