brenda-database
Interroger les données enzymatiques de la base de données BRENDA
Également disponible depuis: davila7
Accédez à des données cinétiques enzymatiques complètes issues de la plus grande base de données d'enzymes au monde. Trouvez les valeurs Km, les équations de réaction, les paramètres spécifiques aux organismes et les données de spécificité des substrats pour la recherche biochimique et l'ingénierie métabolique.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "brenda-database". Obtenir les valeurs Km pour l'alcool déshydrogénase (CE 1.1.1.1) pour l'homme et la levure
Résultat attendu:
- Données cinétiques de l'Alcool Déshydrogénase (CE 1.1.1.1) :
- Homo sapiens :
- - Km moyen : 0,34 mM (éthanol)
- - pH optimal : 8,0-9,0
- - Température : 25°C (points de données : 15)
- Saccharomyces cerevisiae :
- - Km moyen : 1,2 mM (éthanol)
- - pH optimal : 7,0-8,0
- - Température : 30°C (points de données : 8)
- Cofacteurs : NAD+ requis pour les deux organismes
Audit de sécurité
Risque faibleThe brenda-database skill is a legitimate scientific tool for accessing enzyme data from the BRENDA database. All 436 static findings are false positives triggered by documentation formatting (backtick characters for code blocks), legitimate BRENDA API authentication (SHA-256 password hashing), and biochemical terminology (NAD+, ATP as cofactors, not C2 commands). The codebase performs authorized SOAP API queries to a public scientific database and exports research data. No malicious behavior, data exfiltration, or unauthorized access patterns were found.
Facteurs de risque
🌐 Accès réseau (1)
📁 Accès au système de fichiers (1)
⚡ Contient des scripts (1)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
Analyse cinétique enzymatique
Récupérer les valeurs Km et kcat pour caractériser le comportement enzymatique et comparer entre organismes.
Conception de voies métaboliques
Trouver des enzymes pour des réactions spécifiques et optimiser les conditions pour la construction de voies métaboliques.
Extraction de données de la littérature
Extraire les paramètres enzymatiques des données BRENDA publiées pour la modélisation et l'analyse computationnelle.
Essayez ces prompts
Obtenir les valeurs Km pour l'alcool déshydrogénase (CE 1.1.1.1) depuis BRENDA.
Trouver les valeurs Km pour CE 1.1.1.1 chez Escherichia coli et Homo sapiens.
Trouver toutes les réactions impliquant le glucose et leurs numéros CE d'enzymes.
Trouver la voie enzymatique pour produire du lactate à partir du pyruvate, y compris tous les cofacteurs requis.
Bonnes pratiques
- Stocker les identifiants BRENDA dans des variables d'environnement pour une authentification sécurisée
- Ajouter des délais de limitation de débit (0,5-1 seconde) entre les appels API pour éviter les limites de débit
- Utiliser des numéros CE spécifiques et des filtres par organisme pour réduire le volume de données et améliorer les temps de réponse
Éviter
- Faire des requêtes API concurrentes sans délais déclenchera la limitation de débit
- Utiliser des caractères génériques pour des recherches larges sans limiter les résultats peut retourner des ensembles de données massifs
- Ne pas mettre en cache les résultats pour les requêtes répétées gaspille le quota API et ralentit les performances
Foire aux questions
Ai-je besoin d'un compte BRENDA ?
Qu'est-ce qu'un numéro CE ?
Que représente Km ?
Combien de requests puis-je faire ?
Quels formats de données sont pris en charge ?
Puis-je rechercher par organisme ?
Détails du développeur
Auteur
K-Dense-AILicence
MIT
Dépôt
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/brenda-databaseRéf
main
Structure de fichiers