ensembl-database
Consultar la base de datos genómica Ensembl para más de 250 especies
También disponible en: K-Dense-AI
Los investigadores genómicos necesitan acceso a secuencias de genes, variantes y datos comparativos entre especies. Esta habilidad consulta la API REST de la base de datos Ensembl para recuperar información genética, secuencias de ADN, predicciones de variantes, ortólogos y características regulatorias para más de 250 especies de vertebrados.
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Pruébalo
Usando "ensembl-database". Busca el gen BRCA2 en humanos
Resultado esperado:
- Gen: BRCA2 (ENSG00000139618)
- Ubicación: Cromosoma 13:32,315,086-32,400,268
- Cadena: Positiva (+)
- Biotipo: protein_coding
- Número de transcripciones: 4
- Transcripción canónica: ENST00000380152
Usando "ensembl-database". Predecir efectos de la variante rs699
Resultado esperado:
- Variante: rs699 (gen AGT)
- Consecuencia más grave: missense_variant
- Transcripción afectada: ENST00000366667
- Cambio de aminoácido: Met268Thr
- Predicción SIFT: tolerated
- Significancia clínica: Asociada con susceptibilidad a hipertensión
Usando "ensembl-database". Encontrar ortólogos de ratón para BRCA2 humano
Resultado esperado:
- Gen humano: BRCA2 (ENSG00000139618)
- Ortólogo de ratón: Brca2 (ENSMUSG00000041147)
- Tipo de ortología: ortholog_one2one
- Ubicación en ratón: Cromosoma 5:150,537,213-150,627,056
- Identidad de secuencia proteica: 72.4%
- Confianza: high
Auditoría de seguridad
SeguroThis skill provides legitimate access to the Ensembl genomics database REST API. All detected patterns are false positives. The backtick patterns flagged as Ruby shell execution are actually Markdown code blocks in documentation files. The Cobalt Strike and weak crypto patterns are generic terms in API documentation that have no malicious context. The Python script contains only standard HTTP requests to official Ensembl endpoints with proper rate limiting.
Problemas de riesgo bajo (1)
Factores de riesgo
🌐 Acceso a red (2)
Puntuación de calidad
Lo que puedes crear
Análisis del impacto de variantes genéticas
Predecir consecuencias funcionales de variantes genéticas usando VEP y recuperar datos de frecuencia poblacional para investigación clínica
Genómica comparativa entre especies
Encontrar ortólogos entre especies y comparar estructuras genéticas para estudiar conservación evolutiva y función genética
Pipeline automatizado de recuperación de secuencias
Construir pipelines que obtengan secuencias de ADN, transcripciones o proteínas para listas de genes con limitación de tasa y manejo de errores adecuados
Prueba estos prompts
Busca el gen BRCA2 en humanos y muéstrame el ID de Ensembl, la ubicación cromosómica y el número de transcripciones
Recupera la secuencia de ADN genómico para el gen TP53 en formato FASTA y guárdala en un archivo
Usa el Variant Effect Predictor para analizar la variante rs699 y dime las consecuencias funcionales predichas y los genes afectados
Encuentra todos los ortólogos de ratón para el gen humano ENSG00000139618 y compara sus secuencias proteicas para identificar dominios conservados
Mejores prácticas
- Respetar los límites de tasa de la API de 15 solicitudes por segundo e implementar retroceso exponencial para reintentos
- Usar endpoints por lotes al consultar múltiples genes o variantes para reducir el total de llamadas a la API
- Almacenar en caché los resultados de acceso frecuente localmente para minimizar consultas redundantes y mejorar el rendimiento
Evitar
- Hacer llamadas secuenciales rápidas a la API sin limitación de tasa activará errores 429 y bloqueos temporales
- Ignorar códigos de error HTTP como 404 puede llevar a suposiciones incorrectas sobre la existencia de genes o variantes
- Consultar datos GRCh37 usando el endpoint principal de la API en lugar de grch37.rest.ensembl.org devuelve resultados incorrectos