Habilidades dnanexus-integration

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dnanexus-integration

Name: dnanexus-integration
Author: davila7

Revisión del contenido r2 Riesgo medio ⚙️ Comandos externos🔑 Variables de entorno🌐 Acceso a red

Crear flujos de trabajo de genómica con DNAnexus

Los equipos de genómica a menudo necesitan patrones de código de DNAnexus sin buscar en varias referencias. Esta skill proporciona orientación sobre apps, datos, flujos de trabajo y dxpy para Claude, Codex y Claude Code.

Compatible con: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 50 Deficiente

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Copia esta solicitud en tu Agente. Incluye la página canónica del Skill y el manifiesto.

Solicitud de agente

Review the Skillstore skill "dnanexus-integration" from https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-dnanexus-integration/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Tu Agente debe seguir mostrando su plan y solicitar cualquier confirmación exigida por la política de seguridad.

Recursos legibles por agentes

Usa estos enlaces cuando un agente de IA, crawler o script necesite contexto limpio en vez de leer la página completa.

Detalle Markdown GET /skills/davila7-dnanexus-integration.md Manifest firmado GET /api/skills/davila7-dnanexus-integration/manifest Lockfile firmado GET /api/skills/davila7-dnanexus-integration/lockfile

Pruébalo

Usando "dnanexus-integration". Crear un applet de DNAnexus para filtrado de calidad de archivos FASTQ pareados.

Resultado esperado:

Un diseño conciso de applet con nombres de entradas y salidas, clases de archivos y supuestos de recursos.
Una lista de verificación de desarrollo que cubra pruebas locales, pruebas en la plataforma, registros y validación de resultados.
Una revisión de permisos que solicite solo el acceso a red y proyecto necesario.

Usando "dnanexus-integration". Planificar la organización de datos para salidas de RNA-seq en varios proyectos.

Resultado esperado:

Una estrategia de carpetas y metadatos para datos sin procesar, archivos intermedios, resultados finales e informes.
Un plan de operaciones orientado a dxpy para búsqueda, copia, etiquetado y actualizaciones de registros.
Una lista de verificación de revisión para niveles de acceso, auditabilidad y exposición accidental de datos.

Usando "dnanexus-integration". Convertir tres applets en un flujo de trabajo de DNAnexus monitoreado.

Resultado esperado:

Un orden de pasos con dependencias de trabajos, salidas esperadas y puntos de reintento.
Un plan de monitoreo para estado de trabajos, registros, fallos y recopilación de salidas finales.

Auditoría de seguridad

Riesgo medio

v9 • 23/7/2026 Abrir el informe versionado

All 45 static alerts are false positives caused by inert documentation, Markdown formatting, placeholders, and legitimate DNAnexus examples. No prompt injection or malicious data-exfiltration intent was found. Three medium-risk documentation issues remain concerning permissions, destructive cloud operations, and bearer token handling.

Archivos escaneados

2,610

Líneas analizadas

Elementos de revisión

Falsos positivos ignorados

Preocupaciones de seguridad confirmadas (3)

Medio

references/configuration.md:442-452

Overbroad DNAnexus Access Example

The configuration example combines unrestricted internet, project write, cross-project read, and developer access. Copying it can grant unnecessary privileges.

The permissions are explicitly combined in one copyable example. Each listed permission expands the app's authority beyond a minimal default.

Medio

references/data-operations.md:275-285 references/data-operations.md:319-330 references/job-execution.md:310-320

Sensitive Cloud Operations Lack Confirmation Guidance

The references show user invitations, permanent file deletion, and job termination without requiring target checks or explicit confirmation. Mistakes can alter access or lose work.

The cited examples directly perform privileged or destructive remote actions. No adjacent instruction requires impact review or user confirmation.

Medio

references/python-sdk.md:28-44

Bearer Token Placement in Examples

Authentication examples place token placeholders directly in Python and a shell export. Replacing them with real tokens can expose secrets through source or shell history.

The examples visibly assign a bearer token literal in code and a shell command. Placeholders reduce immediate exposure but encourage unsafe substitution.

Factores de riesgo

Auditado por: codex Ver historial de auditorías →

Compartir y citar este informe

Comparte el informe de evaluación versionado, la insignia neutral, la tarjeta insertable y las citas. Skillstore presenta evidencias sin decidir si este Skill es seguro.

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https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Insignia Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-dnanexus-integration/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration?utm_source=security_passport_badge)

Insignia HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-dnanexus-integration/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Tarjeta para insertar

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-dnanexus-integration.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Citas académicas (APA · BibTeX · CFF)

Cita APA

davila7. (2026). dnanexus-integration security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9

Cita BibTeX

@techreport{davila7-davila7-dnanexus-integration-2026,
  author = {davila7},
  title = {dnanexus-integration security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "dnanexus-integration security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-dnanexus-integration:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Comparar variantes

2 variantes instalables

Cada autor sigue siendo un skill instalable independiente. La variante recomendada se ordena según la evidencia de Skillstore.

Por qué esta variante es la primera

Mayor puntuación de Skillstore

Autor / fuente Puntuación de Skillstore Confianza de la evidencia Uso en Skillstore Actualizado

K-Dense-AI Recomendado

k-dense-ai-dnanexus-integration

Puntuación de Skillstore 71

Confianza de la evidencia Alto

Uso en Skillstore 7

Actualizado

2026-09-09

davila7 Actual

davila7-dnanexus-integration

Puntuación de Skillstore 50

Confianza de la evidencia Alto

Uso en Skillstore 7

Actualizado

2026-09-09

Puntuación de Skillstore

Por qué esta puntuación Confianza de la evidencia: Alto

Arquitectura

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Crear un applet de genómica

Diseñar un applet de DNAnexus para alineamiento de FASTQ con entradas tipadas, salidas, recursos y pasos de despliegue.

Organizar datos de proyecto

Planificar cargas de archivos, registros, metadatos, carpetas y transferencias de proyectos con operaciones de datos de dxpy.

Automatizar ejecuciones de flujos de trabajo

Crear un plan de flujo de trabajo de DNAnexus de varios pasos con monitoreo de trabajos y gestión de salidas.

Prueba estos prompts

Iniciar un applet de DNAnexus

Ayúdame a crear un applet de DNAnexus para [analysis goal]. Incluye entradas, salidas, opciones de recursos y un plan de prueba simple.

Planificar operaciones de datos

Diseña un flujo de trabajo de gestión de datos de DNAnexus para [project]. Incluye carga, metadatos, carpetas, búsqueda y pasos de copia segura.

Crear un flujo de trabajo de varios pasos

Crea un plan de flujo de trabajo de DNAnexus para [pipeline]. Incluye dependencias de trabajos, enlaces de salida, monitoreo y gestión de fallos.

Revisar configuración de producción

Revisa mi diseño de app de DNAnexus para producción. Comprueba configuraciones de dxapp, dependencias, permisos, costos, registros y riesgos de seguridad.

Mejores prácticas

Use permisos de DNAnexus de privilegio mínimo y solicite acceso amplio a la red solo cuando sea necesario.
Valide los comandos generados, los IDs de objetos y las rutas de proyectos antes de ejecutarlos en datos protegidos.
Pruebe los applets con archivos pequeños representativos antes de escalar a cohortes completas o flujos de trabajo de producción.

Evitar

No codifique de forma fija tokens de DNAnexus, secretos de proyectos ni identificadores de muestras protegidas en el código generado.
No copie IDs de proyectos, IDs de applets ni nombres de archivos de marcador de posición en producción sin revisión.
No conceda permisos de todos los proyectos o de desarrollador cuando sea suficiente una configuración de acceso de app más restringida.

Preguntas frecuentes

¿Esta skill se conecta automáticamente a DNAnexus?

No. Proporciona orientación y ejemplos, pero el usuario debe ejecutar comandos autenticados de DNAnexus.

¿Puede ayudar a escribir scripts de dxpy?

Sí. Cubre patrones comunes de dxpy para archivos, registros, proyectos, trabajos, flujos de trabajo y manejo de errores.

¿Es adecuada para datos genómicos protegidos?

Puede apoyar flujos de trabajo con datos protegidos, pero los usuarios deben seguir las políticas de su organización y revisar las configuraciones de acceso generadas.

¿Qué áreas de DNAnexus cubre?

Cubre desarrollo de apps, operaciones de datos, ejecución de trabajos, uso de dxpy y configuración de apps.

¿Reemplaza la documentación oficial de DNAnexus?

No. Resume patrones prácticos y debe comprobarse con la documentación oficial para conocer los detalles actuales de la plataforma.

¿Puede estimar el costo en la nube?

Puede sugerir configuraciones conscientes del costo, pero las estimaciones finales de costo requieren precios de DNAnexus y mediciones específicas de la carga de trabajo.