📦

cosmic-database

Name: cosmic-database
Author: davila7

Inhaltsrevision r2 Mittleres Risiko 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff⚙️ Externe Befehle

COSMIC-Krebsmutationsdaten erkunden

COSMIC-Daten sind umfangreich, zugriffsgeschützt und ohne die richtigen Dateipfade schwer zu navigieren. Dieser Skill unterstützt bei Downloads, der Datensatzauswahl und gängigen Analyse-Workflows in der Krebsgenomik.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)

📊 72 Angemessen

Mit meinem Agent installieren

Kopieren Sie diese Anfrage in Ihren Agent. Sie enthält die maßgebliche Skill-Seite und das Manifest.

Agent-Anfrage

Review the Skillstore skill "cosmic-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-cosmic-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ihr Agent sollte weiterhin seinen Plan anzeigen und alle von der Sicherheitsrichtlinie verlangten Bestätigungen anfordern.

Agent-lesbare Ressourcen

Verwenden Sie diese Links, wenn ein KI-Agent, Crawler oder Skript sauberen Kontext benötigt, statt die vollständige Seite zu lesen.

Markdown-Detailseite GET /skills/davila7-cosmic-database.md Signiertes manifest GET /api/skills/davila7-cosmic-database/manifest Signiertes lockfile GET /api/skills/davila7-cosmic-database/lockfile

Testen

„cosmic-database“ wird verwendet. Cancer Gene Census für GRCh38 herunterladen.

Erwartetes Ergebnis:

Verwenden Sie ein registriertes COSMIC-Konto.
Wählen Sie den GRCh38 Cancer Gene Census-Dateipfad aus.
Speichern Sie die Datei als cancer_genes.csv im Datenverzeichnis Ihres Projekts.
Dokumentieren Sie die COSMIC-Release-Version für Reproduzierbarkeit.

„cosmic-database“ wird verwendet. Finde heraus, welche Felder eine kodierende Mutation beschreiben.

Erwartetes Ergebnis:

Der Skill verweist auf Felder für Genname, COSMIC ID, Änderung der kodierenden Sequenz, Aminosäureänderung, Koordinaten, Tumorort, Histologie und PubMed-Referenzen.

„cosmic-database“ wird verwendet. Einen Workflow zur Mutationsfilterung planen.

Erwartetes Ergebnis:

Laden Sie den Mutationsexport für das gewählte Assembly herunter.
Laden Sie die komprimierte Tabelle mit pandas.
Filtern Sie nach Gensymbol, primärem Tumorort und Mutationstyp.
Bewahren Sie Lizenz- und Zitierhinweise zusammen mit den Ergebnissen auf.

Sicherheitsaudit

Mittleres Risiko

v9 • 23.7.2026 Versionsbericht öffnen

Most detections are false positives from Markdown formatting, documentation URLs, local VCF access, and expected downloader behavior. The endpoint-supplied download URL is fetched without validation, and the CLI permits passwords in process arguments. No prompt injection or malicious intent was found.

Gescannte Dateien

784

Analysierte Zeilen

Prüfelemente

Falschmeldungen ignoriert

Bestätigte Sicherheitsbedenken (1)

Mittel

scripts/download_cosmic.py:183-203

Password Accepted Through Command-Line Arguments

The CLI accepts --password, which can expose COSMIC credentials in shell history and process listings. The existing interactive getpass prompt is safer.

The argparse option directly accepts the password, while getpass is used only when the option is absent. This is a well-established local credential exposure path.

Elemente der Fähigkeitsprüfung (1)

Dies sind echte lokale Fähigkeiten, die für diese Fähigkeit erwartet werden können; daher müssen sie überprüft werden, werden jedoch nicht als bestätigtes bösartiges Verhalten gezählt.

Mittel

scripts/download_cosmic.py:93

Python HTTP libraries

file_response = requests.get(download_url, stream=True, timeout=300)

The script fetches a URL supplied by the COSMIC API response without validating its scheme or destination. A compromised or unexpected response could direct the client to an arbitrary network location.

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (10)

scripts/download_cosmic.py:66 scripts/download_cosmic.py:93 scripts/download_cosmic.py:120 scripts/download_cosmic.py:123 scripts/download_cosmic.py:57 SKILL.md:237 SKILL.md:28 SKILL.md:322 SKILL.md:323 SKILL.md:324

📁 Dateisystemzugriff (1)

scripts/download_cosmic.py:103

⚙️ Externe Befehle (50)

SKILL.md:32-34 SKILL.md:34-40 SKILL.md:40-42 SKILL.md:42-52 SKILL.md:52-56 SKILL.md:56-67 SKILL.md:67-71 SKILL.md:71-83 SKILL.md:83-91 SKILL.md:91-92 SKILL.md:92-93 SKILL.md:93-95 SKILL.md:95-102 SKILL.md:102-107 SKILL.md:107-114 SKILL.md:114-125 SKILL.md:125-132 SKILL.md:132-143 SKILL.md:143-144 SKILL.md:144-146 SKILL.md:146-153 SKILL.md:153-159 SKILL.md:159-160 SKILL.md:160-162 SKILL.md:162-169 SKILL.md:169-174 SKILL.md:174-181 SKILL.md:181-191 SKILL.md:191-197 SKILL.md:197-200 SKILL.md:200-202 SKILL.md:202 SKILL.md:212-217 SKILL.md:217-220 SKILL.md:220-224 SKILL.md:224-227 SKILL.md:227-230 SKILL.md:230-233 SKILL.md:233-239 SKILL.md:239-243 SKILL.md:243-263 SKILL.md:263-273 SKILL.md:273-276 SKILL.md:276-277 SKILL.md:277-278 SKILL.md:278-279 SKILL.md:279-280 SKILL.md:280-281 SKILL.md:281-282 SKILL.md:282-283

Geprüft von: codex Audit-Verlauf anzeigen →

Diesen Bericht teilen & zitieren

Teile den versionierten Bewertungsbericht, das neutrale Badge, die Einbettungskarte und Zitate. Skillstore berichtet Nachweise, ohne zu entscheiden, ob dieser Skill sicher ist.

Versionsbericht öffnen

Berichtslink kopieren

https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdown-Badge

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cosmic-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database?utm_source=security_passport_badge)

HTML-Badge

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cosmic-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Einbettungskarte

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-cosmic-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Wissenschaftliche Zitate (APA · BibTeX · CFF)

APA-Zitat

davila7. (2026). cosmic-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9

BibTeX-Zitat

@techreport{davila7-davila7-cosmic-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {cosmic-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "cosmic-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-cosmic-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-cosmic-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Varianten vergleichen

2 installierbare Varianten

Jeder Autor bleibt ein eigener installierbarer Skill. Die empfohlene Variante wird nach Skillstore-Nachweisen bewertet.

Warum diese Variante zuerst steht

Höchster Skillstore-Score

Autor / Quelle Skillstore-Score Evidenzvertrauen Skillstore-Nutzung Aktualisiert

K-Dense-AI Empfohlen

k-dense-ai-cosmic-database

Skillstore-Score 76

Evidenzvertrauen Hoch

Skillstore-Nutzung 8

Aktualisiert

2026-09-09

davila7 Aktuell

davila7-cosmic-database

Skillstore-Score 72

Evidenzvertrauen Hoch

Skillstore-Nutzung 10

Aktualisiert

2026-09-09

Skillstore-Score

Warum dieser Score Evidenzvertrauen: Hoch

Architektur

Wartbarkeit

Inhalt

Gemeinschaft

Spezifikationskonformität

Was Sie erstellen können

Forschungsdatensätze herunterladen

Somatische Mutations- und Cancer Gene Census-Datensätze für Hypothesengenerierung und Kohortenanalyse herunterladen.

Bioinformatik-Pipelines vorbereiten

COSMIC-Dateipfade, Assemblies und Release-Versionen auswählen, bevor Downloads zu einem Daten-Workflow hinzugefügt werden.

Onkologische Evidenz prüfen

Mutations-, Fusions-, Resistenz- und Signaturdatensätze vor nachgelagerten Analysen in der Präzisionsonkologie prüfen.

Diese Prompts ausprobieren

Einen COSMIC-Datensatz herunterladen

Hilf mir, den COSMIC Cancer Gene Census für GRCh38 herunterzuladen. Zeige den sichersten Authentifizierungsansatz und wo die Datei gespeichert werden sollte.

Die richtige Datei auswählen

Ich brauche COSMIC-Daten für TP53-Mutationen bei Lungenkrebs. Welchen Datensatz sollte ich herunterladen, und welche Felder sollte ich prüfen?

Einen Analyse-Workflow planen

Entwirf einen Workflow, um COSMIC-Mutationsdaten herunterzuladen, sie mit pandas zu laden und Mutationszahlen nach primärem Tumorort zu vergleichen.

Eine reproduzierbare Pipeline erstellen

Erstelle einen reproduzierbaren Plan zum Herunterladen festgelegter COSMIC-Versionen, zur Validierung der Dateiintegrität und zur Dokumentation von Lizenzierungsbeschränkungen für eine Team-Pipeline.

Bewährte Praktiken

Verwenden Sie die Passwortabfrage oder einen Secret Manager, statt Passwörter in geteilten Notebooks abzulegen.
Fixieren Sie COSMIC-Release-Versionen, wenn Ergebnisse reproduzierbar sein müssen.
Prüfen Sie die COSMIC-Lizenzregeln, bevor Sie Daten in kommerzieller Arbeit verwenden.

Vermeiden

Committen Sie keine heruntergeladenen COSMIC-Dateien oder Zugangsdaten in die Versionskontrolle.
Verwenden Sie "latest" nicht für regulierte Analysen, ohne das aufgelöste Release zu dokumentieren.
Behandeln Sie COSMIC-Annotationen nicht als eigenständige klinische Anleitung.

Häufig gestellte Fragen

Enthält dieser Skill COSMIC-Daten?

Nein. Er bietet Anleitung und ein Hilfsskript zum Herunterladen von Daten aus COSMIC mit Ihrem Konto.

Benötige ich ein COSMIC-Konto?

Ja. COSMIC erfordert eine Registrierung, und kommerzielle Nutzer benötigen möglicherweise eine Lizenz.

Kann ich ihn mit Claude, Codex und Claude Code verwenden?

Ja. Der Skill ist für Claude-, Codex- und Claude Code-Workflows aufgeführt.

Welche Genom-Assemblies werden abgedeckt?

Die Hilfspfade decken GRCh37 und GRCh38 ab, wobei GRCh38 als Standard verwendet wird.

Gibt dieser Skill medizinische Empfehlungen?

Nein. Er unterstützt Zugriff auf Forschungsdaten und Analyseplanung, nicht klinische Diagnosen oder Behandlungsentscheidungen.

Wie sollte ich mit Passwörtern umgehen?

Verwenden Sie eine interaktive Abfrage oder einen Secret Manager. Vermeiden Sie es, Passwörter in Befehlen, Notebooks oder committeten Dateien abzulegen.