Fähigkeiten cosmic-database
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cosmic-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Zugriff auf COSMIC-Krebsmutationsdatenbank

Auch verfügbar von: davila7

Krebsforscher benötigen umfassende Mutationsdaten für Studien. Diese Fähigkeit bietet programmatischen Zugriff auf die COSMIC-Datenbank mit Millionen von somatischen Mutationen, kuratierten Krebsgenlisten und Mutationssignaturen für die Präzisionsonkologie-Forschung.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "cosmic-database". Das Cancer Gene Census aus COSMIC herunterladen

Erwartetes Ergebnis:

  • Cancer Gene Census-Dateipfad: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • download_cosmic.py mit --data-type gene_census verwenden
  • Enthält mehr als 700 kuratierte Krebsgene mit Rollen (Onkogen, TSG, Fusion)
  • Hergeladene Datei kann mit pandas.read_csv() gelesen werden

Verwendung von "cosmic-database". TP53-Mutationen in Lungenkrebs finden

Erwartetes Ergebnis:

  • CosmicMutantExport.tsv.gz von GRCh38/cosmic/latest/ herunterladen
  • Mutationen filtern, wo 'Genname' gleich 'TP53' ist
  • Weiter filtern, wo 'Primärstelle' gleich 'lung' ist
  • 847 TP53-Mutationen in Lungenkrebsproben gefunden
  • Top-Varianten: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Gescannte Dateien
1,242
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
99
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Mutationsmuster analysieren

Somatische Mutationsdaten herunterladen, um wiederkehrende Mutationen in bestimmten Krebsarten für Forschungsstudien zu identifizieren.

Annotations-Pipelines erstellen

COSMIC-Daten in Bioinformatik-Workflows integrieren, um Patienten-Varianten mit Krebsbedeutung zu annotieren.

Medikamentenresistenz erforschen

Resistenzmutationsdaten abfragen, um Präzisionsmedizin-Entscheidungen für die Krebsbehandlung zu informieren.

Probiere diese Prompts

Mutationen herunterladen 
Zeige mir, wie ich das Cancer Gene Census aus COSMIC mit dem Skript download_cosmic.py herunterladen kann. Welchen Dateipfad sollte ich verwenden?
Nach Gen abfragen 
Welche Datei enthält TP53-Mutationen in COSMIC und wie filtere ich die heruntergeladenen Daten für ein bestimmtes Gen?
Mutationssignaturen 
Wie lade ich COSMIC-Mutationssignaturen herunter und arbeite mit ihnen? Welche Dateipfade sollte ich für SBS-Signaturen verwenden?
Mit VCF integrieren 
Zeige mir, wie ich eine heruntergeladene CosmicCodingMuts.vcf.gz-Datei mit pysam lese und Datensätze für Chromosom 17 extrahiere.

Bewährte Verfahren

  • GRCh38-Assembly für neue Projekte verwenden und genome_assembly='GRCh38' in Funktionsaufrufen angeben
  • 'latest' in Dateipfaden für die neueste COSMIC-Version verwenden oder spezifische Versionen für Reproduzierbarkeit festlegen
  • Anmeldeinformationen sicher mit Umgebungsvariablen speichern und Passwörter niemals in Skripten fest kodieren

Vermeiden

  • GRCh37 für neue Projekte verwenden, wenn GRCh38 der aktuelle Standard-Referenzgenom ist
  • Die gesamte Datenbank herunterladen, wenn spezifische Teilmengen für Ihre Analyseanforderungen ausreichen
  • Authentifizierungsverifizierung vor Downloads überspringen

Häufig gestellte Fragen

Ist der COSMIC-Zugriff kostenlos?
Akademische Benutzer erhalten kostenlosen Zugang mit Registrierung. Kommerzielle Benutzer benötigen eine QIAGEN-Lizenz.
Welches Genom-Assembly sollte ich verwenden?
GRCh38 für neue Projekte verwenden. GRCh37 ist für Legacy-Pipeline-Kompatibilität verfügbar.
Wie groß sind COSMIC-Dateien?
Mutationsdateien können mehrere Gigabyte groß sein. Das Skript zeigt den Download-Fortschritt für große Dateien an.
Welche Dateiformate sind verfügbar?
TSV-, CSV- und VCF-Formate. TSV und CSV verwenden gzip-Kompression. VCF ist das Standardformat für Variantendaten.
Wie oft wird COSMIC aktualisiert?
COSMIC wird vierteljährlich aktualisiert. 'latest' in Dateipfaden für die aktuellste Version verwenden.
Kann ich dies mit anderen Tools verwenden?
Ja, COSMIC-Daten integrieren sich mit VEP, pysam, pandas und Standard-Bioinformatik-Workflows.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md